Маркграфство Бранденбург делилось на отдельные, сложившиеся исторически области, присоединение которых происходило в разное время и различными путями. Это были: Старая, Средняя, Передняя, Новая и Укрская марки. Кроме того, маркграфам удалось утвердиться и в марке Лужицы. Основной была Средняя марка, главный город которой Бранденбург одновременно являлся и столицей всего маркграфства. В документах часто упоминаются и отдельные районы: Више, Тангермюнде, Гавелянд, Цаухе и т. д. Необходимо подчеркнуть, что деление маркграфства на отдельные марки было чисто условным. В организационном отношении все земли делились на фогтства, число которых доходило до тридцати.
Около середины XIII века произошел раздел владений между братьями-маркграфами. В старости братья-маркграфы Иоанн I и Оттон III, до этого выступавшие как соправители, пошли на раздел территорий. Все земли были разделены между старшей (стендальской) и младшей (зальцведельской) линиями дома Асканиев. Исследователи единодушно подчеркивают, что между обеими линиями Асканиев существовало полное взаимопонимание и они выступали совместно по всем основным вопросам внешней и внутренней политики [См.: 139, s. 207]. 3. Вильгош отмечает значительно большую активность в проведении восточной экспансии старшей линии дома Асканиев [См.: 155, s. 125]. Раздел владений повлек за собой усложнение и без того громоздкой административной системы маркграфства. Число фогтств удвоилось. В целом административная система марки была несовершенна и постоянно подвергалась некоторым изменениям.
Во второй половине XII века сложился административный аппарат марки, непосредственно подчинявшийся маркграфу. Все делопроизводство велось в маркграфской канцелярии, возглавлявшейся должностными лицами маркграфов. Об этом свидетельствуют списки лиц, подтверждающих подлинность различных документов. Служба в маркграфской канцелярии давала возможность сделать карьеру как светским, так и духовным лицам. Например, только из Новой марки было привлечено к работе в маркграфской канцелярии до 30 человек преимущественно лиц духовного звания. Имелись и придворные должности. На содержание двора шли большие суммы, истощавшие маркграфскую казну. Кроме того, церковными владениями управляли фогты епископов. Административная система управления диоцезами также подвергалась изменениям. Например, в Новой марке в конце XIII века была проведена реформа управления церковными владениями. Главы диоцезов также имели собственные канцелярии, возглавлявшиеся их должностными лицами.
В XIII веке маркграфы предстают не только как владельцы многих верховных прав и регалий, но и как лица, теряющие их в результате закладов или продажи. В конце XIII века, нуждаясь в средствах, маркграфы продавали монетную регалию [См.: 76, s. 104]. Отчуждались и другие регалии, в частности, рыночное право. В начале XIII века в землях марки известны торговые дома, которые, пользуясь денежной нуждой маркграфов, выкупали у них рыночные права. Например, торговый дом города Стендаля выкупил в середине XIII века рыночное право во Франкфурте. Маркграфы продавали и закладывали купеческим корпорациям не только рыночное право в городах, но и те регалии, которые они имели как локаторы этих населенных пунктов.
Отчуждали маркграфы право на владение водами [92, № 1696], продавали и закладывали земли горожанам, духовенству и частным лицам [92, № 1505, 1571; 1512]. В грамотах не всегда указывается, что регалии были именно проданы, обычно говорится, что «подарены», «предоставлены привилегии». Но, учитывая дефицит денежных средств маркграфов, видимо, следует усматривать за всеми этими «дарениями» отчуждение за деньги принадлежащих маркграфам регалий.
Отчуждались кабацкий [92, № 1525] и мельничный банн. В 1300 г. право «воды и ветра» (мельничный банн) получил монастырь в Цинне. Заповедная миля с ее мельничным банном обогащала монастырь. Мельничный банн давался городам [92, № 1511]. В результате продажи мельничной регалии к 1337 г. в Новой марке маркграфам принадлежало еще только 56 мельниц, а к концу XIV века, по мнению X. Хельбига, в Старой, Средней и Укрской марках регалий на мельничный банн у маркграфов практически не осталось [76, s. 14].