К концу XIII века гавельбергский и бранденбургский епископы получили статус князей империи. Это стало возможным потому, что территориальные владения епископов большей частью состояли из дарений императора и верховным правам маркграфам не подчинялись [199, s, 212]. Но епископам не удалось освободиться от опеки маркграфов. Маркграфы в силу своего положения «господ земли» собирали регулярные и нерегулярные подати (petitio, exactio), могли их и повышать, ссылаясь на нужды обороны марки. Нуждаясь в средствах для ведения широких военных предприятий, маркграфы упорядочивали налоговое обложение и при этом не останавливались перед нарушением налоговых привилегий церкви. В обмен на владения в Новой марке бранденбургскому епископу предоставлялись земли в Левенберге и обещалась защита церковных владений. За это епископ уплачивал маркграфу дополнительно 100 марок серебра. Принудительный обмен епископских владений преследовал цель повышений влияния Асканиев на церковные дела в Новой марке, на территории которой размещались владения шести диоцезов. В 1289 г. к договору о защите присоединилось гавельбергское епископство. Оно в марке, в отличии от бранденбургского епископства, особой роли не играло. Диоцезы оказались связанными договорами о защите. При этом они еще и понесли материальные убытки.
Епископы не согласились с ущемлением их прав маркграфами и обратились с жалобой в Рим. Папа поручил бременскому и магдебургскому архиепископам и любекскому епископу примирить местных епископов с маркграфами. После длительных переговоров, проходивших при посредничестве Генриха II Мекленбургского, удалось достигнуть взаимоприемлемого соглашения с бранденбургским епископом. При этом маркграф Оттон IV был вынужден отказаться от некоторых притязаний по отношению к местной церкви и в компенсацию за нанесенный духовенству ущерб выдал бранденбургскому епископу 1000 марок, а гавельбергскому — 600 марок серебра. Бранденбургского епископа подобное соглашение удовлетворило, а с гавельбергским епископом сумел окончательно примириться маркграф Оттон V, подарив ему бург, город и землю Ленцен [92, № 1695]. Таким образом, в конце XIII века маркграфы стали облагать церковные владения налогами и другими повинностями и ограничивать церковную юрисдикцию.
В результате раздела марки между братьями-маркграфами в церковной политике успехов добились лишь маркграфы старшей линии. К 1290 г. насчитывалось 19 членов семейства Асканиев мужского пола. Маркграфы старшей линии были представлены 11 членами фамилии [92, № 1508] Двое из них занимали высокие должности в местной церковной организации: Эрих был магдебургским архиепископом, а Иоганн — главой гавельбергского диоцеза. Таким образом, маркграфы старшей линии Асканиев контролировали не только гавельбергское епископство, но и всю магдебургскую митрополию. Магдебургский архиепископ Эрих Асканский много сделал для усиления влияния маркграфов в Новой марке. В то же время не заметно особых достижений в деле упрочения влияния маркграфов на положение местной церкви во владениях младшей линии дома Асканиев. В целом раздел марки не способствовал объединению усилий маркграфов обеих линий дома Асканиев в проведении ими политики усиления влияния в местной церковной организации.
Таким образом, одним из рычагов формирования территориальной княжеской власти было подчинение местной церкви. В Бранденбурге подчинение местной церкви маркграфами началось практически с момента основания марки. Привилегии, которые имело духовенство в других областях империи, местным епископам приходилось вырывать по частям в трудной борьбе с могущественными маркграфами. Местные епископы и думать не могли о том, чтобы создавать компактные территориальные комплексы в своих владениях. В случае, когда епископы пытались округлить свои владения, маркграфы проводили принудительный обмен земель. Став имперскими князьями, бранденбургский и гавельбергский епископы владели территориями, подаренными им, в основном, императором. Маркграфы если и давали церкви земли, то малозаселенные и не представляющие большой хозяйственной ценности. Эти дарения, как правило, являлись лишь компенсацией за причиненный церкви ущерб.
Используя пограничное положение марки, маркграфы забирали значительную часть десятины для военных целей, прикрываясь при этом лозунгом «борьбы с язычниками». Епископы были вынуждены постоянно жаловаться в Рим на притеснения со стороны маркграфов. Исход споров между местным духовенством марки и светской властью зависел, прежде всего, от соотношения сил между империей и папством в каждом конкретном случае. Если все же папство одерживало верх над императорской властью, то маркграфы все равно не спешили с выполнением папских директив. Даже вопрос о выплате маркграфами десятин в пользу церкви был окончательно решен только в середине XIII века. В конце того же века маркграфы, испытывая все возрастающую денежную нужду в связи с многочисленными войнами, вводили налоги на территориях, принадлежащих церкви, связав епископства договором о защите их владений. По мере укрепления положения марки в империи маркграфы все более подчиняли себе местную церковь.