Кризис рабовладельческого хозяйства меньше затронул Восточную Империю, что было связано с восходящими к эллинистической эпохе традициями свободного (хотя и зависимого от государства) труда на значительной части ее территории. На селе в азиатских провинциях безусловным преобладанием пользовалась крестьянская общинная собственность. В Сирии и Египте, правда, с ней сосуществовало крупное частное землевладение местной знати, основанное на труде колонов. За счет императорских пожалований начинает складываться церковное землевладение.
Иной была ситуация на Балканском полуострове, на островах, а также в сплошь эллинизированных западных областях Малой Азии. На этих землях прочно укоренились традиции классического рабства античной эпохи. Зависимые только от государства общины свободных крестьян, ветеранов, федератов были особенно многочисленны в приграничных областях. Значительную часть земель занимали большие (хотя и не настолько, как на Западе) поместья знати. Обрабатывались они трудом рабов и колонов. Впрочем, в Восточной Империи рабы, как правило, помещались на землю и наделялись большими, чем на Западе, правами.
Однако это, конечно, не делало социальную ситуацию безоблачной. Большая масса рабов, в основном иноплеменников, была резервом для любого внешнего вторжения. Обездоленные слои населения, преимущественно неграждане — рабы и колоны — восставали против угнетения. Ярким примером этого на Балканах явилось движение скамаров. Отряды скамаров, объединившись в Иллирике под главенством гепида Мунда, опираясь на союз с остроготами, создали там к началу VI в. собственное королевство. Восстановить здесь власть Империи оказалось трудно, а прежний социальный строй — вовсе невозможно.
Восставали против налогового бремени и государственных повинностей и свободные. Наиболее грозной была нараставшая оппозиция масс свободного, в том числе зажиточного населения в крупных городах, где организующей силой выступали димы — структуры полисного самоуправления.
Социальная и политическая борьба внутри свободного населения, как и на Западе, переплеталась с религиозной и этнической. Арианство на Востоке было фактически целиком разгромлено. «Варварская» арианская партия не проявляла себя после убийства временщика Аспара, алана-арианина, в 471 г. по приказу Зинона. Но на смену арианской шла другая церковная смута.
На Эфесском соборе 431 г. было осуждено учение константинопольского патриарха Нестория, утверждавшего раздельное происхождение человеческой и божественной природ во Христе и именовавшего Деву Марию «человекородицей». На этом, однако, христологические споры не кончились. Константинопольская богословская школа полагала дискуссию завершенной, тогда как александрийцы настаивали на более радикальном осуждении «несторианствующих». В конце концов, сформировалось несколько оттенков учения, которое получило название монофизитства (одноестественничества). Оно утверждало не соединение, а полное слияние человеческого и божественного во Христе. Своих противников, толковавших эфесскую формулу более умеренно, «монофизиты» обвиняли в «четверении Троицы» и внесении «новшеств». Вопрос обрел крайнюю остроту и вылился в догматический спор. На втором Эфесском соборе 449 г. монофизиты взяли верх. Но в 451 г. в Халкидоне они потерпели полное поражение.
Вопрос, однако, не был закрыт, перейдя в этнополитическую плоскость. В Александрии и Антиохии многие восприняли победу «диофизитов» как торжество греков над сирийцами и коптами. Произошел церковный раскол, за сирийские и египетские епископские кафедры развернулась ожесточенная борьба с участием властей. Диофизитская Церковь позже получила на востоке Империи прозвище «мелькитской» (царской). А монофизитство стало религиозным знаменем для армянского, сирийского и копто-египетского сепаратизма. В греческих городах с религиозной борьбой переплеталась социально-политическая. К началу VI в. димы объединяются в т. н. «цирковые партии», именовавшиеся по цветам лент своих колесниц на ипподроме. Самыми влиятельными становятся партии венетов («голубых») и прасинов («зеленых»). Обычно считается, что венетами верховодили представители сенатской знати, а прасинами — торговые круги. Многие прасины исповедовали монофизитство, тогда как венеты были ревностными поборниками православия. Обе стороны имели вооруженные отряды, регулярно дестабилизировавшие обстановку в городах и в Империи в целом.