Несмотря на то что история с разоблачением «заговора» царевича Алексея Петровича привела к дальнейшему усилению позиций А. Д. Меншикова в окружении Петра I, Петр Голицын не стал сворачивать разбирательство финансовых махинаций светлейшего князя. В 1719 году растревоженный Александр Данилович обратился к царю с просьбой прекратить возбужденные в отношении него уголовные дела («чтоб я от всех канцелярей, где следуютца по моим делам, был свободен, и дабы никто ничем до меня не касались»), В первую очередь светлейший князь просил аннулировать решение следственной канцелярии П. М. Голицына о взыскании с него астрономического начета в 285 тысяч 17 рублей{311}".
15 марта 1719 года Петр I указал принять в производство канцелярии П. М. Голицына уголовные дела уже упоминавшейся следственной канцелярии Г. И. Кошелева{312}. Поскольку объем этих дел был весьма значителен, князь Петр Михайлович стал, по-видимому, добиваться отмены указа. В итоге глава государства переменил решение: он сохранил бывшую канцелярию Герасима Кошелева, назначив в нее 10 апреля 1719 года нового руководителя — гвардии майора М. А. Матюшкина{313}.
Промежуточные итоги деятельности следственной канцелярии П. М. Голицына оказались подведены через три года после ее создания. В декабре 1720 года царь ознакомился с докладом Петра Михайловича о результатах расследования дел А. Д. Меншикова, В. Н. и Я. Н. Римских-Корсаковых, К. А. Нарышкина и С. И. Путятина. Вынесенные тогда Петром I решения по этим уголовным делам{314} доныне в научный оборот не вводились.
К началу 1720-х годов князь Петр Михайлович, подобно братьям Дмитрию и Михаилу-старшему, прочно вошел в окружение царя. Учитывая последующие карьеры других старших офицеров гвардии, выслуживших чины на фронтах Великой Северной войны, Петр Голицын имел вполне реальные перспективы стать генерал-аншефом или генерал-фельдмаршалом, сенатором или же генерал-губернатором. Особенно если принять во внимание принадлежность Петра Михайловича к аристократическому клану, отнюдь не утратившему могущество в годы единодержавия Петра I. Однако судьба П. М. Голицына сложилась по-иному.
Обстоятельства кончины Петра Голицына до сих пор не выяснены. Согласно взаимонезависимым свидетельствам находившихся тогда в Москве канцеляриста гетманской канцелярии Н. Д. Ханенко и камер-юнкера Ф.В. Берхгольца, Петр Михайлович ушел из жизни после нескольких дней тяжелой болезни (камер-юнкер назвал ее «горячкой»){315}.
По всей очевидности, будучи крайне встревожен резким ухудшением состояния здоровья Петра Михайловича, Петр I распорядился регулярно информировать его о самочувствии гвардии подполковника. Именно поэтому о смерти П. М. Голицына, последовавшей 21 января 1722 года, главе государства было доложено, как уже отмечалось, прямо во время церковной службы. После окончания богослужения император сразу направился в дом покойного выразить соболезнования вдове, княгине Феодосье Владимировне{316}.
Погребение князя Петра Михайловича состоялось 24 января. Многолюдная траурная процессия, в которой за санями с гробом пешком шли император Петр Великий и другие лица царствующего дома, медленно пересекла центр города по Тверской улице. Тело усопшего было опущено в землю под троекратный ружейный залп батальонов Семеновского полка, выстроенных на церковном дворе{317}.
С конца XVII века родовой усыпальницей князей Голицыных стал московский Богоявленский монастырь на Никольской улице. Именно там упокоились родители П. М. Голицына — боярин Михаил Андреевич и боярыня Прасковья Никитична{318}. У стены напротив алтаря монастырской церкви Святого Алексия митрополита и был погребен гвардии подполковник Петр Голицын. Позднее в том же монастыре похоронили бывших следователей Петра I, ветеранов Великой Северной войны, князя Г. Д. Юсупова и И. Н. Плещеева.
В 1919 году Богоявленский монастырь был закрыт, дворянские захоронения разорены. В настоящее время храм Богоявления Господня вновь стал действующим, в его подвальном помещении сохранилось несколько надгробий и разбитых надгробных плит. Надгробной плиты П. М. Голицына среди них нет.
Поскольку князь Петр Михайлович был бездетен, то принадлежавшая ему небольшая усадьба в деревне Яковлевке (ныне территория городского округа Балашиха Московской области) на берегу реки Пехорки перешла по наследству к его брату — М. М. Голицыну-младшему. В настоящее время бывшую усадьбу князей Голицыных «Пехра-Яковлевское» (Леоновское шоссе, 1) занимает Российский государственный аграрный заочный университет.