Сегодня «Аль-Каида» — это разветвленное и децентрализованное движение. Сама «Аль-Каида» сейчас очень слаба, у нее нет безопасной базы. Но с нею связаны ассоциированные члены, отдельные группировки. Наиболее громкие теракты, совершенные после 11 сентября были совершены не самой «Аль-Каидой», а группировками, которых она вооружала, финансировала и тренировала в последние 10 лет. Например, теракт в Касабланке 16 мая был совершен группой «Асират-аль-мус-секим». Теракт в Бали 12 октября прошлого года был совершен Джамаат-Исламия, еще одна группировка, подготовленная «Аль-Каидой». «Аль-Каида» серьезно повлияла на многие исламские течения, заставила их мыслить и действовать по своему подобию.
Идеологическая платформа «Аль-Каиды» в основном сформировалась во время афгано-советской войны 1979-89 годов. Позднее она лишь дополнялась и развивалась. Идейная база «Аль-Каиды» основана на нескольких принципах. США считаются главным врагом мусульман, источником зла и несчастий для исламского мира, так как там у власти стоит светский режим. Кроме этого, США оказывает помощь другим неправедным странам, таким как Саудовская Аравия, Египет, Израиль. Поэтому США необходимо если не уничтожить, то хотя бы значительно ослабить. Далее, лидеры «Аль-Каиды» считают, что участие США в войне в Заливе 1991 года, в операциях в Сомали в 1992 и 1993 годах окончательно закрепило оккупацию региона американцами. Нахождение американских солдат на родине пророка Мухаммеда лидеры «Аль-Каиды» рассматривают как американский крестовый поход против всего мусульманского мира. Конфликты на Ближнем Востоке руководство «Аль-Каиды» воспринимает исключительно через призму борьбы правоверных с неверными за восстановление исторической справедливости.
Для религиозного обоснования своих действий «Аль-Каида» выпустила три так называемые «фатвы», то есть религиозные предписания, призывающие правоверных мусульман к уничтожению США, как основного препятствия на пути к процветанию и благоденствию мусульманского мира. Одну из них бен Ладен опубликовал в 1998 году. В ней он призывал убивать всех американцев и их союзников — и военных, и гражданских, где только возможно, чтобы освободить святые места в Саудовской Аравии и Иерусалиме. В 1999 году появилась следующая фатва, в которой говорилось о необходимости уничтожать каждого американца, платящего налоги, поскольку таким образом он помогает американской военной машине бороться с мусульманами. Хотя деятельность «Аль-Каиды» фактически противоречит нормам ислама, лидеры организации часто апеллируют к работам двух исламских богословов суннитского направления — Муххамеда ибн Абда аль-Ваххаба и Саида Китба.
Сам Бен Ладен верит, что мусульмане могут жить как настоящие последователи ислама только в Халифате. Именно поэтому он пытался расшатать и уничтожить многие светские режимы на Ближнем Востоке и создать на их месте исламские государства. Его последователи в основном сунниты, массовой поддержки шиитов у него нет.
Штаб-квартира «Аль-Каиды» с момента своего создания и до 1991 года находилась в Афганистане и в Пакистане в городе Пешавар. С 1991 и до 1996 года штаб-квартира размещалась в столице Судана, Хартуме.
Два фактора способствовали тому, что Усама решил переместить всю инфраструктуру «Аль-Каиды» в Судан. Во-первых, влияние Усамы в Пакистане пошатнулось после того, как он не смог спровоцировать вотум недоверия правительству премьер-министра Беназир Бхутто, а затем не сумел ликвидировать ее, хотя и спровоцировал две попытки покушения. Во-вторых, члены «Аль-Каиды» начали уставать от безделья, поскольку на афганском фронте после ухода советских войск ничего не происходило. Они хотели переехать в Судан, надеясь "вернуться к нормальной работе там".
Затем главный офис организации вернулся в Афганистан. Согласно имеющейся информации, законспирированные ячейки организации присутствуют во многих странах мира. Цифры в авторитетных мировых изданиях колеблются от 35 до 88 стран. Однако, большинство экспертов считает наиболее вероятным наличие связей «Аль-Каиды» со следующими странами: Албания, Алжир, Афганистан, Азербайджан, Австралия, Австрия, Бахрейн, Бангладеш, Бельгия, Босния, Египет, Эритрея, Франция, Германия, Индия, Иран, Ирландия, Италия, Иордания, Кения, Косово, Ливан, Ливия, Малайзия, Мавритания, Нидерланды, Пакистан, Филиппины, Катар, Россия, Саудовская Аравия, Сомали, Южно-Африканская Республика, Судан, Швейцария, Таджикистан, Танзания, Тунис, Турция, Уганда, Объединенные Арабские Эмираты, Великобритания, США, Узбекистан, Йемен (всего-45 стран). Примерно в десяти из этих стран сторонники бен Ладена пользуются очень сильным, практически неограниченным влиянием на правящие круги.
"Аль-Каида" получает доход от множества компаний, разбросанных по всему миру. Финансово-торговую деятельность подконтрольные бен Ладену фирмы осуществляют в 35 странах (состояние самого бен Ладена составляет около 300 млн. долларов). Наиболее крупными являются холдинги "Вади аль-Акиз" и "Ладен Интернэшнл", размеры совокупного капитала которых оцениваются в 300 млн. долларов. Сюда же можно отнести торгово-посредническую фирму "Таба Инвестмент", строительную компанию "Хиджра констракшн" и эль-Шамаль Исламик Банк. Эти и другие учреждения обеспечивают бесперебойное финансирование Аль-Каиды. Известно также, некоторые подразделения империи бен Ладена занимаются торговлей драгоценными камнями, в том числе и алмазами. До недавнего времени наиболее активная экономическая деятельность фирм бен Ладена наблюдалась в Судане. Однако, с 1996 года правительство Судана предприняло ряд мер для того, чтобы Госдапартамент США исключил эту страну из списка семи стран, поддерживающих терроризм.
В сотрудничестве с бен Ладеном были также замечены такие организации из Йемена, как Аль-Хамади Свитс Бэйкерис", "Аль-Нур Оней Пресс Шопс" и "Аль-Шифа Оней Пресс". Эти фирмы занимались торговлей медом и сладостями в 66 странах мира. Сейчас счета компаний заморожены. Заморожены счета и других компаний бен Ладена — как в США, так и в Европе. Кроме этого, значительные доходы «Аль-Каида» имеет от сбора пожертвований благотворительными организациями. В частности, миллионы долларов в год приносил Аль-Каиде "Муувафак Фаундейшн", находящийся в Саудовской Аравии. Помимо этого, расположенный в Милане Исламский институт культуры также собирал пожертвования для Аль-Каиды, распределял деньги, оружие и террористов по миру. До недавнего времени, по мнению американских спецслужб, миланский институт был главным центром «Аль-Каиды» в Европе.
Годовой бюджет «Аль-Каиды», однако, не превышает 50 миллионов долларов. В то время как некоторые видные саудовские бизнесмены оказывают финансовую поддержку «Аль-Каиде», нет никаких свидетельств, что семейный бизнес бин Ладенов как-то связан с Усамой бин Ладеном или с его сетью. Нет также свидетельств того, что «Аль-Каида» зарабатывает на производстве и продаже наркотиков, не в пример режиму талибов, который получал от этой торговли существенную прибыль. Более того, чтобы заручиться поддержкой, «Аль-Каида» платила ряду лидеров исламских группировок, включая «Талибан». По данным американской разведки, на это ушло около 100 миллионов долларов".
Сразу после советского вторжения в Афганистан в 79-ом году Усама бин Ладен из Саудовской Аравии перебрался в Пакистан, в приграничный Пешавар, где собиралось афганское сопротивление. Первая его встреча была с лидером относительно умеренного движения "Джамиат Ислами" Бурхануддином Раббани. Затем — с иорданцем, выходцем из Палестины Абдуллой Аззамом, членом иорданской группы "Мусульманское братство". Сама «Аль-Каида» была основана в 1988 году. Костяк организации составляли афганские моджахеды — ветераны боевых действий против СССР.