11 февраля 1725 года Самуил, допрошенный в Синоде, а потом отосланный в канцелярию Сената (в ней председательствовал граф Андрей Артамонович Матвеев), на допросе в обоих учреждениях коротко рассказал, как было написано им проклятие. Причем смело и твердо объяснил «литеры», в письме написанные: «Были они, — по его заявлению, — в такой силе: в — всероссийского, ц — царства, п — попущением, б — божиим, п — Петр, всескверный — великий, и — император; а бывшие единомудрствующие, — объяснял расстрига, — те, которые в синоде были и померли!»
В тот же день Выморкова вздернули на дыбу, дали ему сорок ударов кнутом и жестоко жгли его спину вениками.
Истязуемый, говоря его же словами, «по надмению… мужественно терпел пытку, яко за правду».
На другой день подсудимый, крайне немощный от пытки, приведен был пред канцелярию Сената. Граф Матвеев объявил ему, что за его преступление он неминуемо будет казнен смертиею. Объявление это столь поразило Степана Выморкова, что он, в ожидании скорого смертного часа, тут же решился поведать суду «всю сущую правду, не точию что кому говорил и делал, или о чем от кого на свои слова слыхал, но что и в мысли какое хуленье к персоне государя имел». Решение свое Самуил исполнил свято. Суд услышал длинную исповедь, исполненную такой неподдельной искренности и правды, такой в то же время обстоятельности в передаче самых мельчайших подробностей, слов, сокровеннейших желаний и мыслей, указаний на лица, места и случаи, за два, за три года тому назад совершившиеся, цитаты, нередко довольно длинные из книг духовных, каковые цитаты расстрига Степан приводил на память, словом — верно то, что пример подобной исповеди едва ли могли представить даже летописи Тайной канцелярии, в которой в то время с таким поразительным искусством выпытывал всю подноготную Андрей Иванович Ушаков.
В своем рассказе, изложенном своеручно на бумаге, Выморков, из страха предстать пред судом божиим с совестью, не освобожденною от прегрешений, с самым искренним покаянием передал наиподробнейший рассказ о всей своей жизни с 1722 года по самый день, в который его подвергли пытке. Неизвестно при этом, взял ли на себя кто-нибудь труд разъяснить несчастному всю нелепость его мнения об императоре Петре и его слугах, но он в показаниях своих считал уже свои мнения дьяволом на него навожденными, «и ныне, — писал он, — по истинной своей чистой совести, твердо и несомненно, как о святейшем синоде, так и правительствующем сенате, и о прочих властвующих и верно служащих, о всех, которые по отшествии в вечное блаженство его императорскаго величества, при ея величестве государыне императрице в российском государстве обретаются, остаюсь я без всякаго нареканья… И ныне ни в чем не сомневаюсь…» Как бы то ни было, но только в своем длинном рассказе он ни на кого не указал лживо, ни одного факта не исказил и все его показания, по тщательном, шестимесячном исследовании, вполне подтвердились свидетельством и очными ставками множества лиц, привлеченных по этому делу к суду.
Исповедь Выморкова послужила главнейшим материалом вышеизложенных подробностей нашего рассказа; здесь поэтому излишне и приводить ее…
В то время, когда крайне немощный от жестокой пытки Выморков писал в тюрьме повинную «о том, как прежде того был в расколе и других к тому призывал и научал, також и про покойного государя непотребные хулы, будучи во многих разных местах: в городе Тамбове и в Тамбовском уезде, на Воронеже, и на Дону, в казацких станицах кому другим сказывал, и где рассеевал, и от других кого такие ж непотребства слыхал, и чего ради ныне в Москве вышепоказанную хулу испущал», в то время, когда обо всем этом только лишь оканчивалась им повинная, по распоряжению канцелярии Сената, арестованы были, по поводу его дела, несколько лиц; аресты были произведены в Москве, за некоторыми же из оговоренных лиц поскакали курьеры в Тамбов.
Таким образом свезены были в тюрьмы по делу Степана Выморкова: поп из села Избердей, Тамбовского уезда, Антон Иванов; отец его, игумен Трегуляевского Тамбовского монастыря Иосаф; иеродиакон из Тамбовского же Казанского монастыря Изосима; Дмитрий Васильев, поп Успенской церкви в городе Тамбове, и, наконец, Осип, столяр из села Спасского, того же Тамбовского уезда; впрочем, следователи и судьи были сравнительно с петровским временем гораздо снисходительнее. В царствование покойного неминуемо свезены были бы в застенки все те попы, попадьи, дьячки, монахи, монахини, келейники, казаки, посадские люди и жены посадских людей — словом, все, с которыми только имел «противные чести его величества разговоры» бывший монах Самуил, словом, все лица, которых он почел священным долгом назвать поименно в своей «предсмертной исповеди». Названо же им было до семидесяти лиц, и из них собственно из Тамбовского уезда и города Тамбова арестовано было всего только пять человек. Затем, разумеется, допрошен был почти весь личный состав Богоявленского Московского монастыря, что за ветошным рядом; все жившие в нем, начиная с архимандрита Иоакинфа до последнего сторожа, всего до пятидесяти человек, подвергаемы были по сему делу допросу.