Главная цель допросов была узнать: в какой силе писаны и говорены были Выморковым хулы на (покойного) государя? По чьему совету? При чьем содействии? Не было ли у него соумышленников? И почему слышавшие «поносительныя словеса» не доносили о них тотчас же властям предержащим? Соумышленников, советчиков и всяких помощников пропаганде расстриги Степана, по ответам допрашиваемых лиц, в стенах Богоявленской обители, разумеется, не оказалось; а на вопрос, почему не было своевременно доносимо о хулениях Выморкова, каждый из братии ссылался то на «шумство», в каковом положении был-де допрашиваемый, когда говорил расстрига то-то и то; другие ссылались на «простоту, недоразумение и на боязнь, чтоб говоривший в словах своих не заперся»; третьи говорили, что «собирались, мол, донести, да не успели либо не могли, заболели-де зубною болью»; наконец, один честной инок объявил, что потому и не донес на Выморкова, что «косноязычен от рожденья». В то же время каждый почти старался ослабить или даже и вовсе опустить выражения из речей Выморкова, наиболее «противнаго свойства», но на многочисленных очных ставках дело само собой разъяснялось и «сумасбродныя словеса» бывшего монаха Самуила выходили в том почти виде, как они были им сказаны. Сам он, в своей исповеди и в нескольких дополнительных письменных и словесных показаниях, редко те речи свои «противныя» смягчал или опускал. Честной его натуре подобный обман судей казался преступлением, и нередко, приведя толки свои с разными лицами, в каких-нибудь казацких станицах, о которых, без его собственных показаний, никто бы никогда и не узнал, он вместе с тем с удивительною искренностью и как бы с сожалением говорит, что «памятно о других многих разговорах сказать я не могу».
Выслушав длинную повинную от Выморкова, произведя аресты нескольких лиц и допросив их, Московская канцелярия Сената послала в С.-Петербург, в Правительствующий Сенат, ведение, спрашивая: производить ли дальнейшие аресты и вообще где тому делу быть следоваему? Сенат приказал: расстригу Степана и прочих, которые его делу приличны, вместе с подлинным делом прислать за крепким караулом в Тайную розыскную канцелярию в Петербург, «а которые он, разстрига, показывает старые дела, — сказано было в сенатском ведении, — те ныне оставить, и как на Дон, так и в другия места посылок не чинить».
Согласно сему определению Сената, граф Матвеев и генерал-майор Дмитриев-Мамонов 9 апреля 1725 года под крепким караулом отправили из Москвы в Петербург Степана Выморкова и важнейших, по их мнению, «приличных» к его делу четырнадцать лиц.
Следствие продолжалось в Петербурге три с половиною месяца. Наконец из всего дела в Тайной канцелярии составлен был коротенький, в несколько строк, экстракт.
30 июля 1725 года изволила слушать тот экстракт императрица Екатерина Алексеевна и затем, по ее указу, Тайная канцелярия, подведя соответствующие выписки статей из Уложения и указов, определила следующее:
«1) Дворовому князя М. М. Голицына человеку Ивану Иванову Чевакинскому за то, что слыша от разстриги Степана непристойныя слова про ея императорское величество, а не донес простотою — учинить наказание вместо кнута батогами, нещадно, и свободить с пашпортом в Москву.
2) Церкви великомученицы Екатерины, что в Москве, во дворце, вверху, попа Леонтия Балановскаго, за то, что, слышав от помянутаго же Степана про ея императорское величество непотребныя слова, не донес потому, что был болен зубною болью, и
3) города Тамбова Успенской церкви, что в полковой слободе, Панская тож, попа Дмитрия Васильева, который так же, и от того же Выморкова, слышал непотребныя про ея императорское величество слова, не доносил от простоты своей и боясь, чтобы он, Степан, не заперся — и за то им, попам, учинить наказание шелепами при синоде, и освобождены к прежним церквам теми ж чинами.