При преемниках Льва I Церковь столкнулась с открытыми попытками светской власти разрешать догматические вопросы собственными средствами. Первый опыт в этом роде предпринял узурпатор Василиск (475-476). Стремясь привлечь на свою сторону монофизитов, составлявших значительную часть населения Востока и не признававших вселенского авторитета Халкидонского Собора, он издал «Энкиклион» (ἐгкύклйпн - окружное послание; текст: Evagr. Schol. Hist. eccl. III 4), отменявший решения этого Собора, и возвратил в Александрию Тимофея Элура. Эти действия вызвали возмущение клира и жителей К-поля во главе с Патриархом Акакием; и хотя Василиск поспешил отменить свой закон, издав «Антиэнкиклион» (Ibid. III 7), открытое недовольство горожан стоило узурпатору короны. Имп. Зинон, к-рого пытался отстранить Василиск, вернул себе престол и отменил все меры в пользу монофизитов: на Александрийскую и Антиохийскую кафедры были поставлены правосл. епископы. Но в 482 г. с его стороны была предпринята попытка объединить сторонников и противников Халкидонского Собора на основании догматических формул, к-рые допускали широкое толкование. С этой целью был обнародован «Энотикон», составленный, вероятно, Акакием К-польским и от имени императора адресованный Египетской Церкви (текст: Ibid. III 14). На деле этот документ, формально не отрицавший Халкидонского Собора, не оправдал надежд. Он оказался неприемлем для большей части монофизитов и вызвал протест приверженцев Халкидонского Собора, став причиной церковного раскола между Римом и К-полем - т. н. Акакианской схизмы, продолжавшейся до 519 г. В правление имп. Анастасия I (491-518) политика примирения религ. партий на основе «Энотикона» продолжилась в полной мере. Однако православные как на Востоке, так и на Западе протестовали против вмешательства светской власти в дела Церкви. В 493 г. папа Геласий I в письме к Анастасию, подчеркивая противозаконность этого, сформулировал теорию о двух силах: «Две силы, августейший император, по преимуществу управляют этим миром, это - священный авторитет архиереев и царская власть, и между ними тем важнее значение священников, что они и за самих царей должны дать ответ Господу на суде Его… В делах веры ты должен подчиняться их законным распоряжениям, а не начальствовать над ними; не их покорять твоей воле, а сам руководиться их суждением» (Gelasii I Ep. 12. 2 // Epistulae Romanorum Pontificum / Ed. A. Thiel. Braunsberg, 1867; рус. пер.: Болотов. Т. 4. С. 90). Анастасий занял престол только после того, как по требованию свт. Евфимия К-польского подписал обязательства, суть к-рых сводилась к тому, что он не нанесет вреда правосл. вере (Evagr. Schol. Hist. eccl. III 32). Но император, твердо придерживавшийся монофизитских убеждений, все более и более открыто действовал в пользу монофизитской партии. В частности, он добился вопреки народной воле низложения с К-польской кафедры свт. Евфимия (496), арестовал и удалил его преемника свт. Македония II (511), помог одному из главных идеологов умеренного монофизитства, Севиру, занять Антиохийскую кафедру (512). Движение в защиту Православия среди населения столицы и нек-рых провинций, особенно вооруженное выступление под предводительством военачальника Виталиана, побудило императора смягчить политику в отношении православных и пойти на переговоры с Римом о прекращении церковной схизмы.
Вступление на престол Юстина I ознаменовалось началом правосл. «реакции», в результате к-рой на Востоке (за исключением Египта) со своих кафедр были удалены епископы-монофизиты (в т. ч. Севир Антиохийский). В результате переговоров с папой Гормиздом, предпринятых лично императором, на Пасху 519 г. был восстановлен церковный мир между Римом и К-полем.
Особое место в истории взаимоотношений Церкви и гос-ва занимает правление имп. Юстиниана I (527-565), властно руководившего церковной жизнью. В отличие от мн. своих предшественников Юстиниан положил в основание своей религ. политики принцип симфонии (гармонии) между церковной и гос. властью: «Величайшими у людей дарами Божиими, данными свыше по человеколюбию, являются священство и царство. Первое служит делам божественным, второе начальствует и надзирает над делами человеческими; и то, и другое происходит от одного начала и обустраивает жизнь человеческую - и ничто так не важно для царствующих, как честь иереев, к-рые за них вечно молят Бога. Ибо если первое будет совершенно безукоризненным и удостоится у Бога благорасположения (рбссзуίбт), а второе будет справедливо и подобающим образом обустраивать преданное ему государство (рплйфеίбн), наступит некое доброе согласие (ухмцщнίб фйт ἀгбиЮ), которое обеспечит все, какие ни есть, блага роду человеческому» (Novell. Just. 6, pr.). Фундаментальными основаниями принципа симфонии были правосл. вера и св. церковные каноны, к-рым император через свое законодательство (прежде всего, первые 13 титулов 1-й кн. Кодекса и многочисленные новеллы) придал значение общеимперских законов и установлений (Novell. Just. 107, pr.; 131. 1). В царствование Юстиниана возникало мн. церковных проблем, к к-рым он проявлял большой интерес. Его действия и вся церковная политика в целом получили неоднозначную оценку как современников, так и исследователей нового и новейшего времени: одни подчеркивали цезарепапистский характер его стремлений подчинить себе Церковь, др. отвергали обвинения в цезарепапизме.