«Скифские» монахи, поднявшие весной 519 г. т. н. теопасхитский спор из-за выражения «Един от Св. Троицы пострадал», нашли поддержку у Юстиниана, к-рый включил предложенную ими формулу в свои догматические работы и в литургический гимн «Единородный Сыне и Слове Божий». Наметившееся в кон. 20-х - сер. 30-х гг. VI в. смягчение политики в отношении монофизитов, сопровождавшееся переговорами с умеренными противниками Халкидонского Собора (напр., богословское собеседование с «севирианами» в К-поле в 532), сменилось в 536 г. осуждением Севира Антиохийского и его сторонников на Поместном К-польском Соборе. Юстиниан своей конституцией на имя Патриарха Мины утвердил решение этого Собора, запретив монофизитам крестить, устраивать собрания, рукополагать и т. д. (Novell. Just. 42). В Александрии после более чем полувекового перерыва была восстановлена правосл. иерархия. Однако возобновившиеся преследования монофизитов правительством сопровождались и в дальнейшем попытками найти основания для возможного соединения их с православными. Для того чтобы снять их упреки в том, что IV Вселенский Собор принял в церковное общение несториан, Юстиниан обнародовал эдикт с осуждением «Трех глав» (ок. 544), возбудив богословский спор, в результате к-рого Церковь на V Вселенском Соборе (553) приняла т. зр. императора и анафематствовала Феодора Мопсуестийского, а также сочинения блж. Феодорита Кирского и Ивы Эдесского, направленные против свт. Кирилла Александрийского и III Вселенского Собора. Не все православные, особенно на Западе, согласились принять такое решение (в связи с этим возникли церковные расколы в Аквилее и Медиолане); в то же время вопрос о присоединении монофизитов продолжал оставаться открытым. Юстиниан активно участвовал в обсуждении этого вопроса, что нашло отражение в его законах и богословских трактатах (см., напр., догматическую конституцию 551 г.,- CPG, N 6885; рус. пер.: ДВС. Т. 3. С. 539 и сл.). Император был также инициатором осуждения оригенизма, волновавшего в VI в. гл. обр. монахов Палестины (соответствующий эдикт был издан ок. 542 - CPG, N 6880; ActaCO. T. 3. P. 189-214). Это осуждение было утверждено перед открытием заседаний V Вселенского Собора на Поместном К-польском Соборе, издавшем 15 особых правил (ActaCO. T. 4/1. P. 248-249). Император до конца своей жизни не переставал искать основания к восстановлению церковного единства. Одной из таких попыток, возможно, является т. н. «афтартодокетский» эдикт (565), появившийся незадолго до смерти Юстиниана (Evagr. Schol. Hist. eccl. IV 39-41).
Во 2-й пол. V в. продолжали издаваться законы против языческого культа. Маркиан и Валентиниан III запретили открывать уже закрытые языческие храмы, совершать жертвоприношения (CJ I 11. 7). Приверженцам древних культов было запрещено занимать муниципальные и гос. должности, их лишили нек-рых прав (при Льве I, в 468 и 472 - CJ I 4. 15 и 11. 8; при Анастасии - CJ I 11. 9). При Юстиниане I в 529 г. был закрыт интеллектуальный центр старой религии - афинская философская школа (CJ I 5. 18. 4). Однако пережитки язычества сохранялись в Византии и в кон. VI в., и позже, и даже самые строгие меры не могли полностью их уничтожить. Опорой язычества были, с одной стороны, аристократическая и образованная часть населения, не склонная отказываться от традиц. религии, так тесно связанной с былым величием Рима, а с др. стороны, крестьянство, традиционно консервативное; язычество удерживалось и среди варваров на приграничных территориях. Повсеместно язычники покорно принимали офиц. запрещение старого культа, не поднимаясь открыто на борьбу за прежнюю веру, но их пассивное сопротивление было широким и продолжительным. Иоанн Эфесский, посещавший в 40-х гг. VI в. столицу Византии, сталкивался со множеством язычников среди образованных горожан. В течение 7 лет (с 542) он по поручению имп. Юстиниана занимался миссионерством в провинциях М. Азии, окрестив более 70 тыс. чел. и построив 98 церквей и 12 мон-рей. Ему же принадлежит сообщение о преследовании в 578 г. язычников в Гелиополе (Финикия), где они все еще составляли большинство населения, включая и городские власти (Ioan. Ephes. Hist. eccl. II 44, III 27 и 36-37). Имеются и др. многочисленные свидетельства как для этого, так и для более позднего периода (см.: Jones. Vol. 2. P. 938-943, de Labriolle. P. 15-30).