Последствия "кавалерийского наскока" на религию, по мнению Харчева, могут привести к росту незарегистрированных и неконтролируемых религиозных общин, где чаще всего и рождаются экстремистские настроения. Количество таких незарегистрированных общин в 1987 г. дошло уже до нескольких тысяч. Хотя в 1970 - 1980-е гг. необоснованное сокращение религиозной сети было приостановлено, а в ряде мест даже возобновилась регистрация наиболее активных обществ, тем не менее сохранилась практика применения административных методов борьбы с религией. Вывод Харчева был неутешительным для политического руководства страны: "Все это говорит о том, что возникла реальная опасность ослабления роли и влияния государства в управлении процессами, происходящими в деятельности религиозных объединений и способствующих воспроизводству религиозности населения". Возможными последствиями этого могли быть, во-первых, растущий протест верующих, их неуверенность в искренности политики государства в религиозном вопросе, а во-вторых, - усиление "империалистической и клерикальной пропаганды, навязывающей мировому общественному мнению образ СССР как тоталитарного, антидемократического государства", что помешало бы укреплению авторитета страны на международной арене. Совет предлагал "наряду с всемерным усилением атеистического воспитания не обострять отношений с Церковью" и с этой целью пересмотреть законодательство о культах и совершенствовать практику его применения, т.е. признать за религиозными объединениями право юридического лица, а за родителями - право на воспитание детей в религиозном духе, право верующих на совершение религиозных обрядов на дому и в больнице, право религиозных объединений вести религиозную пропаганду. Для этого необходимо отказаться от враждебного разоблачительного тона по отношению к религиозным объединениям.
Важной проблемой деятельности Совета в перестроечные годы стало рассмотрение заявлений о регистрации религиозных объединений. В стране длительное время действовали без регистрации около 16% религиозных объединений, в том числе: 52 общества РПЦ, 74 старообрядческих, 26 католических, около 300 протестантских, более 320 мусульманских и др. Поэтому 28 января 1988 г. Совет принял постановление "О фактах нарушения установленного порядка рассмотрения заявлений о регистрации религиозных объединений". Анализируя религиозную ситуацию в стране, работники Совета пришли к выводу, что большинство добивающихся регистрации обществ признавало советское законодательство о религиозных культах, однако ходатайства учредителей более 260 подобных объединений о регистрации необоснованно отклонялись местными органами власти, нередко при попустительстве уполномоченных Совета. Местные органы власти некоторых областей не рассматривали заявления учредителей в установленном порядке (Львовская, Тернопольская, Черновицкая, Хмельницкая - в УССР, Гродненская, Брестская, Витебская - в БССР, Пермская, Липецкая, Рязанская - в РСФСР, Молдавская ССР и др.). Допускались серьезные нарушения сроков рассмотрения заявлений верующих граждан о регистрации, жалобы верующих и священнослужителей часто оставались без ответа.