Однако, в конце 1980-х гг. возникли расхождения в вероисповедной политике союзного и республиканских центров. В республиках СССР всегда существовало собственное видение разрешения религиозных проблем. Уполномоченные Совета в союзных республиках, формально находясь в подчинении Совету, фактически исполняли волю местных властей. Последние же стремились разрушить сложившуюся систему органов по делам религий и создать независимые де-юре и де-факто республиканские структуры. Еще в 1974 г. был образован Совет по делам религий при Совмине Украинской ССР, а в 1987 г. - при Совмине РСФСР. В конце 1980-х гг. практически все республики СССР выражали стремление образовать подотчетные им органы по делам религий. Результатом такой перестройки стало противостояние союзного и республиканских (РСФСР, УССР) Советов, что было обусловлено разнонаправленными политическими курсами руководства СССР и названных республик.
В июле 1990 г. рассмотрение вероисповедных вопросов было поручено комитету Верховного Совета РСФСР по вопросам свободы совести, вероисповеданиям, милосердия и благотворительности, состоявшему преимущественно из представителей различных конфессий и христианско-демократического движения. Возглавил комитет православный священник В. С. Полосин. Членам комитета казалось, что достаточно разрушить прежнюю систему взаимоотношений государства и религиозных организаций, отменить советское законодательство о религиозных культах, снять прежние преграды на пути деятельности религиозных организаций, - и религиозный вопрос будет решен. По инициативе комитета были упразднены Совет по делам религий при Совмине РСФСР и должности (аппараты) его уполномоченных на местах, а также пятое управление (по борьбе с идеологическими диверсиями), в составе которого находился четвертый (церковный) отдел в системе КГБ.
Значительные перемены произошли и в деятельности союзного Совета, что отразилось в новом положении о Совете по делам религий при Кабинете министров СССР, утвержденном 26 апреля 1991 г.v Положение 1991 г. лишило Совет по делам религий всех его распорядительных и контрольных функций. Он уже не рассматривал материалы о регистрации, отказе или снятии с регистрации объединений, об открытии или закрытии молитвенных зданий и домов, о контроле за соблюдением Конституции СССР в части законодательства о культах, проверки деятельности религиозных организаций и т.д. Он был преобразован в орган обеспечения права граждан на свободу совести, равенства всех религий и вероисповеданий перед законом, осуществления принципа отделения Церкви от государства. Кабинет министров упразднил институт уполномоченных Совета в областях, краях, автономных и союзных республиках. В условиях ускорявшегося процесса децентрализации СССР союзный Совет оказывал все меньше воздействия на церковную политику в СССР в целом и в отдельных республиках. С образованием СНГ в декабре 1991 г. был упразднен и Совет по делам религийvi. Каждая из республик стала самостоятельно решать вопрос о целесообразности существования государственного органа по связям с религиозными организациями. К настоящему времени почти все бывшие республики СССР их воссоздали.
Анализ деятельности Совета по делам религий при СМ СССР показывает, что ее основное содержание определялось политикой коммунистической партии и советского правительства, которая в указанный период была нацелена уже не на форсированное вытеснение религии из общественной жизни социалистического государства, а на сдерживание распространения религиозных воззрений и укрепления позиций РПЦ. В русле этой политики Совет осуществлял комплекс ограничительных мероприятий, контролирующих деятельность церквей, монастырей, служителей культа, религиозных объединений верующих. Вместе с тем Совет был центром информационно-аналитической работы по изучению современных вероисповеданий и уровня религиозности членов общества. Многие выводы, содержавшиеся в его документах, имели прогностический характер, определяя перспективы развития религиозной ситуации в стране на десятилетия вперед. В системе государственного аппарата Совет осуществлял не только контрольно-надзорные, информационно-консультативные, но и правозащитные функции. Исторически недостоверно рассматривать данный орган лишь как учреждение, которое контролировало и ограничивало жизнь верующих. Совет играл заметную роль в защите прав верующих в рамках существовавшего законодательства о религиозных культахvii.