25 февраля 1991 г. возведен в сан митрополита.
С 6 декабря 2008 г. – Местоблюститель Патриаршего престола.
27 января 2009 г. Поместным Собором Русской Православной Церкви избран Патриархом Московским и всея Руси.
1 февраля 2009 г. состоялась интронизация Святейшего Патриарха Кирилла.
Исполняя послушания Священноначалия, Святейший Патриарх Кирилл был:
с 1975 по 1982 гг. – Председателем Епархиального совета Ленинградской митрополии;
с 1975 по 1998 гг. – членом ЦК и Исполкома ВСЦ;
с 1976 по 1978 гг. – заместителем Патриаршего Экзарха Западной Европы;
с 1976 по 1984 гг. – членом Комиссии Священного Синода по вопросам христианского единства;
с 1978 по 1984 гг. – Управляющим Патриаршими приходами в Финляндии;
с 1978 по 1984 гг. – заместителем Председателя филиала ОВЦС в г. Ленинграде;
с 1980 по 1988 гг. – членом Комиссии по подготовке и проведению празднования 1000-летия Крещения Руси;
в 1990 г. – членом Комиссии по подготовке Поместного Собора Русской Православной Церкви;
в 1990 г. – членом Комиссии по содействию усилиям в преодолении последствий аварии на Чернобыльской АЭС;
с 1989 по 1996 гг. – Управляющим Православным Венгерским благочинием;
с 1990 по 1991 гг. – временно Управляющим Гаагско-Нидерландской епархией;
с 1990 по 1993 гг. – временно Управляющим Корсунской епархией;
с 1990 по 1993 гг. – председателем Комиссии Священного Синода по возрождению религиозно-нравственного воспитания и благотворительности;
с 1990 по 2000 гг. – председателем Комиссии Священного Синода по внесению поправок в Устав об управлении Русской Православной Церкви. Устав был принят на Юбилейном Архиерейском Соборе в 2000 году;
с 1994 по 2002 гг. – членом Общественного совета по возрождению Храма Христа Спасителя;
с 1994 по 1996 гг. – членом Совета по внешней политике МИД России;
с 1995 по 2000 гг. – председателем Синодальной рабочей группы по выработке Концепции Русской Православной Церкви по вопросам церковно-государственных отношений и проблемам современного общества в целом;
с 1995 по 1999 гг. – членом Российского организационного комитета по подготовке и проведению мероприятий в связи с празднованием памятных дат Великой Отечественной войны 1941–1945 годов;
с 1996 по 2000 гг. – членом Наблюдательного совета Фонда 50-летия Победы.
Ко времени избрания на Патриарший престол митрополит Кирилл являлся:
постоянным членом Священного Синода с 1989 г.;
председателем Отдела внешних церковных связей с 1989 г.;
управляющим Патриаршими приходами в Финляндии с 1990 г.;
членом Синодальной Богословской комиссии с 26 февраля 1994 г.;
членом Патриаршей и Синодальной Библейской комиссии с 1990 г.;
сопредседателем (с 1993 г.) и заместителем главы (с 1995 г.) Всемирного Русского Народного Собора, председателем Смоленского (с 1996 г.) и Калининградского (с 1997 г.) отделений ВРНС;
членом Совета Земского движения с 1993 г.;
членом Российского Палестинского Общества;
автором и ведущим еженедельной телепередачи «Слово пастыря» на Первом канале (ранее «Останкино») с 1994 г.;
почетным Президентом Всемирной конференции «Религия и мир» с 1994 г.;
членом Совета по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте РФ с 1995 г.;
членом Комиссии при Президенте РФ по государственным премиям в области литературы и искусства с 1995 г.;
почетным членом Московского интеллектуально-делового клуба с 1995 г.;
сопредседателем Христианского межконфессионального консультативного комитета (ХМКК) с 1996 г.;
членом Президиума Межрелигиозного совета России с 1998 г.;
главным редактором журналов «Церковь и время» (с 1991 г.), «Смоленские епархиальные ведомости» (с 1993 г.), «Православный паломник» (с 2001 г.);
членом церковно-научного совета по изданию «Православной энциклопедии» с 1999 г.;
членом Наблюдательного совета Храма Христа Спасителя с 2002 г.;
сопредседателем Совета европейских религиозных лидеров с 2002 г.;
председателем оргкомитета выставки «Православная Русь» с 2003 г.;
сопредседателем Рабочей группы по взаимодействию Русской Православной Церкви с Министерством иностранных дел РФ с 2003 г.;
председателем Исполнительного комитета межрелигиозного совета СНГ с 2004 г.;
членом Президиума Межрелигиозного совета СНГ с 2004 г.;
председателем Комиссии по делам старообрядных приходов и по взаимодействию со старообрядчеством с 2005 г.;
председателем рабочей группы для составления концептуального документа, излагающего позицию Русской Православной Церкви в сфере межрелигиозных отношений, с 2005 г.;
председателем рабочей группы по подготовке документа, излагающего церковно-общественную позицию по вопросам прав человека и достоинства личности, с 2005 г.;