Принимал активное участие в миротворческих акциях по Югославии. Неоднократно во время войны посещал Белград, вел переговоры с руководством страны, инициировал создание неформальной международной христианской миротворческой группы по Югославии (Вена, май 1999 г.) и созыв международной межхристианской конференции на тему «Европа после Косовского кризиса: дальнейшие действия Церквей» в г. Осло (Норвегия) в ноябре 1999 г.
Являясь Предстоятелем Русской Православной Церкви, принимал участие в совещании по вопросам религиозного образования и введения института армейского духовенства, прошедшем под председательством Президента РФ (Москва, 2009 г.); в совместном заседании президиума Государственного совета России и Совета по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте РФ, выступал с докладом (Тула, 2009 г.); во встрече Президента РФ с участниками Группы высокого уровня по межрелигиозному диалогу при Генеральном директоре ЮНЕСКО (Москва, 2009 г.); во встрече участников Группы высокого уровня по межрелигиозному диалогу с Генеральным директором ЮНЕСКО (Москва, 2009 г.); во встрече Группы религиозных лидеров высокого уровня в партнерстве с ЮНЕСКО, выступал с докладом (Баку, 2010 г.); в заседании Межрелигиозного совета СНГ (Баку, 2010 г.); в трехсторонней встрече с председателем Управления мусульман Кавказа и Верховным Патриархом и Католикосом всех армян (Баку, 2010 г.; Ереван, 2011 г.); в Европейском совете религиозных лидеров (ЕСРЛ), выступал с докладом (Москва, 2011 г.); во встрече Председателя Правительства РФ В. В. Путина с главами и представителями религиозных и общественных организаций и национально-культурных автономий (Москва, 2011 г.); в заседании Президиума Межрелигиозного совета СНГ, выступал с докладом (Ереван, 2011 г.); во встрече Председателя Правительства РФ В. В. Путина с руководителями традиционных религиозных общин России, выступал с докладом (Москва, 2012 г.).
Председательствовал совместно с председателем Управления мусульман Кавказа на Всемирном саммите религиозных лидеров, выступал с докладом (Баку, 2010 г.).
За время пребывания на Смоленско-Калининградской кафедре было открыто 165 приходов (94 – в Смоленске и области, 72 – в Калининграде и области). Восстановлено 52 и вновь построен 71 православный храм.
В 1989 г. было открыто Смоленское духовное училище, преобразованное в 1995 г. в Смоленскую духовную семинарию. С 1998 г. действует Межъепархиальное духовное училище, готовящее регентов церковных хоров, катехизаторов, иконописцев и сестер милосердия. При большинстве приходов епархии действуют воскресные школы. Имеются православные гимназии и детские сады. С 1992 г. ведется преподавание Основ православной культуры в государственных школах Смоленской и Калининградской областей.
За три года Патриаршего служения (2009–2011 гг.) совершил 79 визитов в 49 епархий, в 12 из них – неоднократно. За этот период были образованы: Межсоборное присутствие Русской Православной Церкви (2009 г.), Высший Церковный Совет Русской Православной Церкви (2011 г.), ряд синодальных и общецерковных учреждений, Общецерковная аспирантура и докторантура им. святых равноапостольных Кирилла и Мефодия (2009 г.), 47 новых епархий, 16 митрополий, Среднеазиатский митрополичий округ (2011 г.), викариатства в Московской епархии (2011 г.).
Были подписаны соглашения о сотрудничестве между РПЦ и следующими организациями: фондом «Русский мир» (2009 г.); Российской академией государственной службы (2009 г.); Счетной палатой РФ (2010 г.); МЧС (2010 г.); Государственным антинаркотическим комитетом (2010 г.); Федеральной службой исполнения наказаний России (2011 г.); Министерством здравоохранения и социального развития РФ (2011 г.); Федеральной таможенной службой России (2011 г.).
В 2009 г. предпринята реформа центральных органов церковного управления. Принципиально реорганизована деятельность Управления делами Московской Патриархии, уточнена сфера деятельности Отдела внешних церковных связей, созданы новые синодальные отделы, разведены функции Издательского Совета Русской Православной Церкви и Издательства Московской Патриархии, проведена аналитическая работа по формулированию необходимых изменений в структуре Учебного комитета при Священном Синоде и в целом в системе духовного образования. Активизирована деятельность Общецерковного суда.