В ходе войны, наряду с аварийно-спасательным обеспечением боевых действий флота, АСС выполнила и большой объем судоподъемных работ. Как правило, они также производились в боевой обстановке, под разрывами бомб и снарядов противника.
Первоначально судоподъем осуществлялся по заданиям военных советов флотов, а с 1944 года — по решению Государственного комитета обороны.
Балтийские спасатели до ликвидации блокады Ленинграда вели судоподъемные работы в районе Кронштадта, Ленинграда, в островном районе и на Ладожском озере. С начала 1944 года радиус их действия значительно расширился.
Всего за годы войны в районе Балтики было поднято 613 кораблей и судов общим водоизмещением около 247 000 тонн. Это значительно превышает суммарный объем судоподъемных работ ЭПРОНа на всех морях и реках страны с 1923 года до начала Великой Отечественной войны.
Условия, в которых действовали балтийские подразделения АСС, были особенно трудными. Люди работали под постоянным воздействием не только артиллерии и авиации, но и катеров противника. Работы выполнялись в основном в ночное время, без всякого освещения. Водолазы под водой на ощупь производили сварку и резку корпусов, заделку пробоин, промывку туннелей и остропку понтонов. Это требовало большого упорства и мастерства, мужества и отваги. Этими качествами отличались такие специалисты подводных работ, как А. Д. Разуваев, Т. В. Королев, С. 3. Прилепский, П. Н. Никольский, С. Е. Буленков, Ф. К. Кузенный, Л. Г. Молчанов, П. М. Осипов, С. К. Исаков, Б. С. Казин. Умело руководили сложнейшими операциями офицеры-инженеры А. Н. Шмырев, Л. А. Дроздецкий, К. Г. Гурвич, Е. А. Чередниченко, И. В. Косматов, Д. М. Парамонков, А. Г. Константинов, И. С. Лушин, Б. О. Найман и ряд других.
К числу наиболее интересных в техническом отношении работ относятся отделение под водой носовой части линкора «Марат», подъем лидера «Минск», недостроенного крейсера «Петропавловск», эсминца «Стерегущий», канонерских лодок «Красное Знамя», «Кама», «Пионер», сторожевого корабля «Вихрь», немецкой подводной лодки «U-250».
23 сентября 1941 года во время одного из наиболее ожесточенных налетов вражеской авиации на Кронштадт тяжелые повреждения получили линкор «Марат» и лидер «Минск». Особенно интенсивно самолеты противника бомбили линкор, который своим артиллерийским огнем немало досаждал врагу. От прямых попаданий бомб на корабле возник пожар, сдетонировала часть боеприпасов. Страшной силы взрыв поднял на воздух первую башню главного калибра. «Марат» получил дифферент и сел носом на грунт.
Три остальные башни главного калибра остались невредимыми. Чтобы линкор мог и впредь вести обстрел вражеских войск, спасателям было поручено отделить искореженную взрывом носовую часть. Работая в сплошной темноте, водолазы с помощью электрорезки и толовых зарядов отделили подводную часть бортов, днищевых конструкций и конструкций противоминной защиты.
Линкор, поставленный на плав, продолжал громить врага своим артиллерийским огнем. Отрезанная носовая часть корабля в последующие годы была поднята и разделена на металл.
Лидер «Минск», стоявший на большом кронштадтском рейде, также пострадал от нескольких прямых попаданий бомб. Часть отсеков заполнилась водой, корабль накренился. Он был отведен в Военную гавань и поставлен у южной стенки. Предпринималось все возможное, чтобы поддержать его плавучесть, но ночью корабль захлестнуло волной от взорвавшейся рядом крупной авиабомбы. Корабль затонул на глубине 8,5 метра, опрокинувшись на борт.
Спасатели получили задание поднять лидер с тем, чтобы быстро восстановить его. Для этого нужно было повернуть корабль на ровный киль и после заделки пробоин откачать из отсеков воду. Первый этап подготовительных работ под водой продолжался до декабря 1941 года. За зиму завод изготовил необходимые приспособления, и в июне следующего года работы были возобновлены.
Выкренивание корабля было выполнено с помощью 6 пар гиней, остропленных за приваренные к борту лидера кронштейны. Ходовой конец гиней выбирался с помощью лебедок, установленных на берегу. Были использованы также три понтона.
«Минск» был поднят за 60 рабочих суток. Фашистским самолетам не удалось приостановить работы ни на один день.
Крейсер «Петропавловск» (17 600 тонн) был куплен в Германии в недостроенном виде и с началом войны использовался в качестве плавбатареи. Он стоял в Угольной гавани Ленинградского торгового порта и своим артиллерийским огнем наносил противнику существенные потери. Гитлеровцы долго к нему пристреливались и 7 сентября им удалось причинить кораблю значительные повреждения. В результате прямых попаданий снарядов на нем вспыхнул пожар, произошли взрывы, обнаружилось более десятка больших пробоин. Крейсер получил значительный крен. Чтобы предотвратить более тяжелые последствия, решено было открыть кингстоны, и «Петропавловск» затонул на глубине 8 метров.