Исключительно сложными и опасными были работы по созданию судоходного прохода в ряжевой Милютинской дамбе, закрывающей старый стратегический фарватер Финского залива с северной стороны острова Котлин. Военный совет КБФ для их выполнения поставил самые сжатые сроки. Водолазы вручную прорыли 14 колодцев, заложили в них 37 тонн взрывчатки. Одновременным взрывом всех зарядов был создан проход шириной 100 метров и глубиной 6 метров. Работали ночью, в полностью замутненной воде, под методическим артобстрелом.
В течение того же года отрядом было извлечено из-под воды около 5000 тонн ценных грузов, более 300 танков, орудий, автомашин и тракторов, демонтировано и поднято артиллерийское вооружение с двух затонувших кораблей.
В 1944–1945 годах для восстановления освобожденных портов на Балтике было создано еще два отряда ПТР — 30-й и 143-й. Главное направление в деятельности балтийских отрядов составляли в этот период восстановление и ремонт разрушенных гидротехнических сооружений, очистка русел рек от мин, обломков, металлических и бетонных конструкций, обрушившихся мостов и т. п.
В марте 1944 года 30-й отряд во главе с А. Н. Говоровым и инженером Б. Н. Постниковым приступил к восстановлению разрушенного бокового эллинга на Кронштадтском морзаводе. Задание было выполнено за три месяца, заслуга ряда работников отмечена правительственными наградами.
В период наступления наших войск вдоль побережья финского залива отряд проделывал проходы в каменных грядах, и небольшие боевые корабли внезапно появлялись там, где их не ждал противник. В районе Усть-Луги были построены временные причалы и восстановлены разрушенные мосты. Работы велись зачастую в условиях соприкосновения с противником. В июле при выполнении специального задания по ремонту подводного сооружения в открытой части Финского залива (в районе Шепелева маяка) вражеская подводная лодка торпедировала килектор, обеспечивавший работы. При взрыве погибли лучшие водолазы отряда главные старшины Мышлевский, Козич и Виноградов.
В сентябре, после освобождения Таллина, отряду было поручено восстановление причалов в Купеченской, Минной, Беккеровской и других гаванях и на судоверфи, а также поиск и подъем мин на акваториях порта. Конец войны застал отряд за сооружением в Таллине станции беспроводного размагничивания (СБПР) на глубине 12 метров и контрольно-измерительной станции (КИМС) на глубине 25 метров. Отрядом были произведены большие работы по восстановлению гидротехнических сооружений в Палдиски, Хапсалу, Рохукюля, Виртсу, Локса и в других портах, по восстановлению мостов в Эстонии.
Успешно справился со своими задачами и 143-й отряд ПТР во главе с Б. С. Казиным. Он восстанавливал гидротехнические сооружения в Риге и Усть-Двинске, поднимал на Западной Двине затопленные боеприпасы и технику, восстанавливал мосты.
Всего за годы войны отрядами ПТР на Балтике было построено и восстановлено 5500 метров причального фронта, 750 погонных метров мостов, дамб и волноломов, 21 судоремонтное сооружение (доки, слипы, эллинги), 18 водозаборных устройств, 6 гидростанций, 50 шоссейных и железнодорожных мостов, 31 600 метров подводных трудопроводов, проложено 344 000 метров подводных кабелей, расчищены фарватеры пятнадцати рек и при этом извлечено 18 000 тонн металла, выполнено много других заданий самого различного характера.
Много сил, мастерства и таланта в организацию подводно-технических работ на Балтике, кроме упоминавшихся выше руководителей и водолазов, вложили начальник политического отдела АСС флота А. П. Бураченко, военком отряда В. И. Крушельницкий, специалисты Н. В. Соколова, Д. М. Паромонов, Г. В. Ярославцев, П. И. Серов, С. А. Матюхин, В. Н. Калинин, В. И. Тюрин, А. Д. Трухин. Самоотверженно трудились водолазы Л. М. Кутаков, Т. М. Сезонов, И. Я. Зубарь, В. И. Дитюков, Л. И. Мышлевский и ряд других.
На Черном море подводно-технические работы до конца 1943 года выполнялись только в портах Кавказского побережья. По мере освобождения от противника баз и портов масштабы их резко возрастали. В 1943 году, после освобождения Новороссийска, их объем увеличился в три раза, в 1944-м — в 25 раз и лишь за четыре последних месяца войны — в сто раз.
Подразделениям АСС флота пришлось восстанавливать почти весь причальный фронт в Севастополе, Новороссийске, Николаеве и Одессе, расчищать акватории этих портов от затопленных в них железнодорожных вагонов и различных грузов, от мин и боеприпасов.
За годы войны силами аварийно-спасательной службы было построено и восстановлено 137 объектов, в том числе контрольно-измерительная магнитная станция и первая очередь Импортного пирса в Новороссийске, слип для спуска катеров в Ейске, причал № 20, рейдовый мол и морской водовод городской электростанции в Одессе, Северный сухой док, судовой причал и Инженерная пристань в Севастополе, новый порт в Поти, слипы в Очемчире и Туапсе, железнодорожные мосты в Ростове-на-Дону и Аксае. В успешном выполнении этих и других работ большая заслуга начальника АСС Ч. Ф. Фадеева, специалистов Артюхова, Казакова, Мещерякова, Гузика, Ольховиченко и других специалистов АСС.