Заместителями Абакумова в ГУКР «Смерш» были назначены комиссары госбезопасности 3‑го ранга (с мая 1943 года – генерал-лейтенанты) Николай Николаевич Селивановский (по разведывательной работе) и Исай Яковлевич Бабич, возглавлявшие ранее Особые отделы соответственно Южного и Северо-Западного фронтов, и бывший начальник ЭКУ НКВД СССР комиссар госбезопасности 3‑го ранга Павел Яковлевич Мешик, 26 мая 1943 года заместителем начальника главка был назначен полковник Иван Иванович Врадий. Помощниками начальника ГУКР были комиссар ГБ (с мая того же года – генерал‑майор) Иван Иванович Москаленко, генерал‑майоры Константин Павлович Прохоренко (умер в октябре 1944 года) и Александр Петрович Мисюрев.
В состав ГУКР «Смерш» с апреля 1943 года входили следующие отделы, начальники которых были утверждены 29 апреля 1943 года приказом № 3/сш наркома обороны Иосифом Сталиным:
1‑й отдел – агентурно-оперативная работа в центральном аппарате Наркомата обороны (начальник – полковник госбезопасности, затем генерал‑майор Иван Иванович Горгонов);
2‑й отдел – работа среди военнопленных, проверка военнослужащих Красной Армии, бывших в плену (начальник – подполковник госбезопасности Сергей Николаевич Карташев);
3‑й отдел – борьба с немецкой агентурой, забрасываемой в тыл Красной Армии (начальник – полковник госбезопасности Георгий Валентинович Утехин);
4‑й отдел – работа на стороне противника для выявления агентов, забрасываемых в части Красной Армии (начальник – полковник госбезопасности Петр Петрович Тимофеев);
5‑й отдел – руководство работой органов «Смерш» в военных округах (начальник – полковник госбезопасности Дмитрий Семенович Зеничев);
6‑й отдел – следственный (начальник – подполковник госбезопасности Александр Георгиевич Леонов);
7‑й – оперативный учет и статистика, проверка военной номенклатуры ЦК ВКП(б), НКО, НКВМФ, шифрработников, допуск к совершенно секретной и секретной работе, проверка работников, командируемых за границу (руководитель, полковник А. Е. Сидоров, видимо, был назначен позднее, т. к. в приказе от 29 апреля 1943 года данные отсутствуют);
8‑й отдел – опертехники (начальник – подполковник госбезопасности Михаил Петрович Шариков);
9‑й отдел – обыски, аресты, наружное наблюдение (начальник – подполковник госбезопасности Александр Евстафьевич Кочетков);
10‑й отдел (отдел «С») – работа по особым заданиям (начальник – майор госбезопасности Александр Михайлович Збраилов);
11‑й отдел – шифровальный (начальник – полковник госбезопасности Иван Александрович Чертов).
Также имелись политотдел, состоявший из начальника – полковника Никифора Матвеевича Сиденькова и машинистки; аппарат 16 помощников (по числу фронтов) начальника ГУКР (69 человек, по должности – начальников отделений, старших оперуполномоченных и их помощников); административно-финансово-хозяйственный отдел (начальник – подполковник госбезопасности Сергей Андреевич Половнев); отдел кадров (начальник – полковник госбезопасности Иван Иванович Врадий) и секретариат (полковник Иван Александрович Чернов).
Численность центрального аппарата ГУКР «Смерш» НКО составляла 646 человек[18].
Заместителями начальника УКР «Смерш» НК ВМФ были генерал‑майоры береговой службы Алексей Павлович Лебедев и Сергей Григорьевич Духович.
Органам «Смерш» в Действующей армии была определена штатная численность сотрудников. Управлению фронта, насчитывавшего более пяти армий, полагалось 130 сотрудников, не более четырех армий – 112, армейским отделам контрразведки – 57, отделам контрразведки военных округов – от 102 до 193, причем наиболее многочисленным был ОКР «Смерш» Московского военного округа. Также были приданы войсковые соединения, охранявшие места дислокации органов военной контрразведки и фильтрационных пунктов, конвоировавшие арестованных военнослужащих Красной Армии. Так, ОКР «Смерш» бригады, дивизии и корпуса располагал для этих целей взводом, армейский отдел – ротой, управление фронта – батальоном.
Практически сразу после перехода военной контрразведки в ведение Наркомата обороны «особистам» были присвоены общевойсковые воинские звания вместо имевшихся ранее спецзваний госбезопасности. Приказом наркома обороны Иосифа Сталина от 29 апреля 1943 года офицеры, имевшие звания от младшего лейтенанта до полковника ГБ, получили аналогичные воинские звания.
Через месяц, 26 мая 1943 года, указом Президиума Верховного Совета СССР, опубликованным в центральной печати, звание «генерал-лейтенант» было присвоено заместителям начальника ГУКР «Смерш» И. Я. Бабичу, П. Я. Мешику и Н. Н. Селивановскому, а также начальнику УКР «Смерш» Западного фронта Павлу Васильевичу Зеленину.