До лета 1942 года на советско-германском фронте действовали три армейские группировки, именовавшиеся вначале армейскими группировками А, В и С, или группировками Зюд (Юг), Митте (Центр) и Норд (Север). Соответственно этому, приданные им разведывательные абверкоманды именовались 1 А, 1 В и 1 Ц или абверкомандами 1 Зюд, 1 Митте, 1 Норд.
Диверсионные команды имели аналогичные наименования с добавлением цифры 2 (абверкоманда 2 А и т. д.), а контрразведывательные команды — цифры 3 (абверкоманда 3 А и т. д.). Одновременно эти же команды носили наименования по позывным своих радиостанций («Меркурий», «Сатурн», «Орион», «Марс», «Нептун»). Система наименований абвергрупп, подчиненных командам, была аналогичной, с добавлением после буквы номера армии, к которой была придана абвергруппа (абвергруппа 1-А-11 придана 11-й армии и т. д.).
В начале 1942 года Абвером были сформированы армейские группировки «Зюд А», «Зюд Б» и «Дон», к которым по линии Абвера добавились новые абверкоманды и абвергруппы. К этому же времени относится и изменение наименований абверкоманд и абвергрупп — им была присвоена новая нумерация. Разведывательные команды и группы получили нумерацию от 101 и выше, диверсионные — от 201 и выше, контрразведывательные — от 301 и выше, экономической разведки — от 150 и выше. Кроме того, были созданы абверкоманды и абвергруппы по линии экономической разведки, которые также придавались армейским группировкам и армиям.
Во второй половине 1942 года Абвером при армейских группировках были созданы особые абвергруппы, в задачу которых входили координация и руководство деятельностью разведывательных, диверсионных и контрразведывательных абверкоманд, приданных армейским группировкам, поддержание контакта с военным командованием и отделами «1 Ц», а также осуществление связи со штабом «Валли». Однако через полгода эти абвергруппы были ликвидированы, после чего абверкоманды вновь стали подчиняться непосредственно штабу «Валли».
Конкуренция между спецслужбами Германии привела к разрушению военной разведки и переподчинению ее структур РСХА. 12 февраля 1944 года был издан совершенно секретный приказ Гитлера за № 1/44, которым объявлялось об учреждении единой немецкой разведывательной службы, во главе которой был назначен рейхсфюрер СС. Абвер I и Абвер II были включены в состав РСХА в качестве Управления военной разведки Militärisches Amt (Mil Amt).