С началом войны против Советского Союза основные подразделения полка «Бранденбург-800» были переброшены на советско-германский фронт. 2, 3,4, 5, 7, 8, 10, 11, 14-я роты 1, 2, 3, 4-го батальонов, а также штаб 2-го батальона находились на Северном Кавказе. 12-я рота 3-го батальона — на Калининском фронте. 2-я рота 5-го особого батальона — на Ленинградском фронте. 16-я рота 4-го батальона и 1-я рота 5-го особого батальона действовали против Карельского фронта. «Вассер компани» имела в своем распоряжении 20 быстроходных катеров и вела операции на Черном море.
В период наступления немецких войск в задачи полка входило: ведение войсковой и агентурной разведки, захват мостов, переправ, заводов и других важных объектов и удержание их до подхода немецких войск, организация банд и восстаний в тылу Красной Армии, создание паники в наших частях. В период отступления германской армии подразделения полка разрушали коммуникации и военные объекты, организовывали грабежи мирного населения в прифронтовой полосе и вели борьбу с партизанами.
Для выполнения заданий командования на Восточном фронте отряды полка «Бранденбург-800» переодевались в форму военнослужащих Красной Армии, вооружались советским оружием, снабжались фиктивными документами и действовали под видом подразделений частей Красной Армии. В ряде случаев отряды полка «Бранденбург-800» проникали в расположение советских войск под видом раненых красноармейцев, идущих с переднего края обороны в тыл, а также переодевались в одежду гражданского образца.
Например, в период наступления немецких войск на Северном Кавказе группой диверсантов в количестве 30 человек из полка «Бранденбург-800», проникшей на нашу сторону в форме военнослужащих Красной Армии, был взорван мост в районе г. Минеральные Воды, в целях воспрепятствования организованному отходу частей Красной Армии. Другая группа диверсантов захватила мост в районе г. Пятигорск и удерживала его до подхода немецких танковых частей. Третья группа полка «Бранденбург-800», переодетая в форму военнослужащих Красной Армии, снабженная фиктивными документами и русским оружием, проникла в г. Майкоп, где на мосту создала пробку, нарушив тем самым отход наших войск.
При наступлении немецких частей на г. Орджоникидзе перед 2-м батальоном полка «Бранденбург-800» была поставлена задача — захватить в районе Ардон железнодорожный и деревянный мосты через р. Терек. С этой целью одна из групп под руководством обер-лейтенанта германской армии Штаделя, одетая в красноармейскую форму, проникла на нашу сторону и, подойдя к охране моста, заявила, что они «отставшие от части красноармейцы» и должны перейти мост. Во время переговоров часть группы должна была проникнуть на мост и обрезать провода минирования, а затем перейти мост и закрепиться на противоположном берегу. Вторая группа должна была проследовать за первой и тоже закрепиться на противоположном берегу. Остальные подразделения батальона следовали за первыми двумя группами. Однако операция, проводимая батальоном, была сорвана, так как две первые группы хотя и проникли на мост, но закрепиться не успели и были полностью уничтожены частями Красной Армии. Подобные действия подразделения полка «Бранденбург-800» осуществляли при захвате мостов через р. Западная Двина.
О специальном подразделении «Бранденбург-800» и проводившихся им спецоперациях в годы Второй мировой войны на Западном и Восточном фронтах подробно рассказали на допросах советским контрразведчикам бывшие руководители и сотрудники германских спецслужб.
Бывший начальник разведки Абвера генерал-лейтенант Г. Пиккенброк на допросе в Москве 17 марта 1949 года рассказал об известных ему операциях спецподразделения «Бранденбург-800»:
«[…] Вопрос: Вам известны конкретные факты деятельности подразделения „Бранденбург-800“?
Ответ: Да, некоторые известны.
Вопрос: Покажите о них.
Ответ: Как я уже показал, подразделение „Бранденбург-800“ было создано в 1938 году для выполнения особых заданий по линии Абвер II. Штаб этого подразделения находился в Берлине, а само подразделение отдельными группами придавалось армейским частям на тех участках фронта или в тех районах, где намечалось проведение того или иного диверсионного мероприятия. Задание на проведение диверсионных актов с помощью „Бранденбург-800“ руководства отдела Абвер II получало непосредственно из Генштаба ОКХ через Канариса или непосредственно из ОКХ. В соответствии с полученным заданием руководитель Абвер II согласовывал в ОКХ, в какую воинскую часть должна быть направлена группа из „Бранденбург-800“ и величину этой группы, после чего давал соответствующие указания о подготовке и проведении мероприятия командиру „Бранденбург-800“.