Кроме того, при штабе «Ягдфербанд „Ост“» были две небольшие (по 17–18 человек) диверсионные группы под командованием унтершарфюрера СС Александра Рубина-Башко и оберштурмфюрера СС Бруно Тони. Они готовили диверсантов для переброски в тыл Красной Армии партиями по 3–4 человека. Все подразделения «Ягдфербанд „Ост“» делились на две группы: Балтийскую («Ягдайнзатц „Балтикум“») и Общерусскую.
Балтийская группа создавала повстанческие и диверсионные банды в Прибалтике, а также готовила широкую сеть агентуры на длительное оседание. Кадры группы вербовали в основном из членов антисоветских националистических организаций.
В августе 1944 года в Латвии сотрудниками «СС Ягдфербанд» была создана диверсионно-террористическая организация «Межа Кати» («Дикая кошка»), которая позже вошла в состав Балтийской группы. «Межа Кати» состояла из отдельных диверсионно-террористических отрядов, скомплектованных по принципу землячества, куда вербовали добровольцев латышских дивизий СС, полицейских и нацистских пособников — членов латышской националистической организации «Айзсарги». Отряды «Межа Кати» создавали в лесах тайные базы с продовольствием, оружием, боеприпасами. После капитуляции Германии они перешли на нелегальное положение.
Кроме «Межа Кати», в распоряжении Балтийской группы находились: подразделение диверсантов-латышей ротенфюрера СС Ионеса Рудынскиса и «эстонская рота СС» во главе с унтерштурмфюрером СС Густавом Алупкре (он же Алуперс). Обе группы были подготовлены для переброски в тыл советских войск для подрывной работы.
Общерусская группа «Ягдфербанд „Ост“» имела в своем составе южнорусскую подгруппу, подгруппу Решетникова при штабе, подгруппу Сухачева из подготовленной агентуры в чешском городе Трутнов и украинскую подгруппу во главе с украинским националистом Бровцом («Тарас Бульба»).
Штаб «Ягдфербанд „Ост“» и часть его подразделений до января 1945 года дислоцировалась в городе Иноврацлаве. Когда в январе 1945 года советские войска освободили город, «Ягдфербанд „Ост“» был разгромлен, а значительная часть его руководящего состава убита или взята в плен. Из остатков «Ягдфербанд „Ост“» весной 1945 года на территории Чехословакии были созданы две группы, которые вели подготовку к переходу разведоргана на нелегальное положение.
Агенты-диверсанты вербовались из числа лиц тех национальностей, куда они должны быть заброшены. К ноябрю 1944 года в диверсионно-террористических школах «СС Ягдфербанд» готовилось до 25 000 агентов-диверсантов разных национальностей, в том числе бельгийцев, болгар, голландцев, латышей, поляков, румын, русских, финнов, французов, чехословаков, эстонцев, югославов и других. Обучение в них проходили также «фольксдойче», т. е. немецкие колонисты из разных стран Европы.
В связи с подходом Красной Армии к местам дислокации диверсионно-террористических школ на территории Восточной Европы многие из них были переведены на территорию Австрии. В апреле 1945 года деятельность этих школ прекратилась, все курсанты были разбиты на группы и передислоцированы в другие районы Австрии, главным образом южнее Дуная. Все агенты-диверсанты должны были, зарыв оружие, боеприпасы, продукты и переодевшись в гражданское платье, выжидать развития международных событий, а затем, в случае вооруженного конфликта между союзниками и СССР, по сигналу «СС Ягдфербанд» приступить к активной подрывной деятельности в тылу советских войск в пользу англо-американской коалиции.
Планами также предусматривалось, что если война между союзниками по антигитлеровской коалиции не начнется до августа 1945 года, то все агенты, оставленные в тылу советских войск, должны были группами или в одиночку пробираться в американскую зону оккупации Австрии, в Линц, где связаться с резидентурой «СС Ягдфербанд». Предполагалось предложить услуги агентов-диверсантов американской и английской разведок для борьбы с СССР.
В целом за период войны на Восточном фронте действовало более 130 разведывательных, диверсионных и контрразведывательных команд СД и Абвера, функционировало около 60 школ, подготавливавших агентуру для заброски в тыл Красной Армии. На четыре долгих года Великой Отечественной войны главным противостоянием на фронтах тайной войны спецслужб СССР и нацистской Германии стала борьба Особых отделов НКВД и контрразведки «Смерш» с военной разведкой вермахта Абвер и разведывательно-диверсионным органом РСХА «Унтернемен „Цеппелин“».