22 июня 1941 г. с вероломного нападения нацистской Германии на Советский Союз началась Великая Отечественная война. В новых условиях военного времени от советской разведки потребовалась серьезная реорганизация своей деятельности. Подготовиться к этому в полной мере перед войной центральному аппарату разведки не удалось. Например, предполагалось, что против Германии и ее вольных и невольных союзников в случае войны можно будет вести борьбу с территорий Франции, Бельгии, Голландии и других соседних стран. По определенным причинам это оказалось невозможным.
Для осуществления взаимодействия всех разведывательных органов Советского Союза имелся Координационный совет по разведке, который 29 мая 1941 г. принял инструкцию о взаимодействии в мирное время. Военное время было решено обсудить позднее.
Поскольку организовать разведывательную работу в Германии и оккупированных странах не получилось, то 18 июля 1941 г. ЦК ВКП(б) выносит постановление «Об организации борьбы в тылу германских войск». В нем провозглашались первоочередные задачи внешней разведки: установление военно-политических планов противника и его союзников, формирование особых разведывательно-диверсионных отрядов. Были поставлены цели по выяснению подлинных планов и намерений США и Великобритании по поводу текущей войны и политического устройства после ее завершения. Для недопущения их присоединения к странам нацистского блока разведка должны была осуществляться и в нейтральных странах. Наряду с этим для укрепления военного и экономического потенциала Советского Союза должна была вестись научно-техническая разведка.
Достижению поставленных целей обязано было способствовать усиление разведывательных подразделений органов госбезопасности. Главным из них являлось 1-е управление НКГБ, состоявшее в начале войны из 1 0 отделов и 2 групп.
В военное время по состоянию на август 1941 г. структура внешней разведки включала:
— руководство разведки, секретариат;
— центрально-европейский отдел: немецкое, польское, чехословацкое, венгерское, украинское отделения;
— балканский отдел: болгарское, румынское, югославское, греческое отделения;
— западно-европейский отдел: французское, бельгийское, итальянское, швейцарское, португальское отделения;
— скандинавский отдел: финляндское, шведское, норвежское, датское, голландское отделения;
— англо-американский отдел: отделение по Соединенным Штатам Америки, английское, канадское, южно-американское и отделение научно-технической разведки;
— 1-й дальневосточный отдел: японское, маньчжурское, корейское отделения;
— 2-й дальневосточный отдел: китайское, таиландское, синцзянское отделения;
— средневосточный отдел: отделение по Ирану и остальным арабским странам, а также по Афганистану и Индии;
— отдел совколоний.
На протяжении Великой Отечественной войны во главе внешней разведки органов госбезопасности стоял П. М. Фитин, которому позднее присвоили звание генерал-лейтенанта. Первое управление НКВД — КГБ СССР ведало разведкой на территории иностранных государств. Для организации партизанского движения на временно занятой врагом территории, определения военных планов немецкого командования на фронте и диверсионной активности противника в январе 1941 г. было сформировано 4-е управление НКВД. Возглавил его генерал-лейтенант П. А. Судоплатов. Разведывательно-диверсионная работа в тылу немцев поручалась Отдельной мотострелковой бригаде особого назначения под руководством В. В. Гриднева. Кроме того, разведывательной деятельностью в тылу противника занимались партизанские отряды и резидентуры в оккупированных населенных пунктах.
С началом войны на первый план стала выходить нелегальная резидентура. К началу 1944 г. в европейских государствах функционировали 97 нелегальных разведчиков, включая 10 немцев. Всего в 27 странах находилось до 190 агентов. Особенно ценными были разведчики под псевдонимами Ян, Десяток, Шустрый.
До войны источники разведданных для органов госбезопасности находились во всех ключевых европейских государствах, в том числе и в Германии. Это, например, Корсиканец, Старшина, Старик из знаменитой «Красной капеллы» (автономные группы Сопротивления и разведывательных сетей), служивший в гестапо Брайтенбах (Вилли Леман), китайский Друг (военный советник президента Китая Чан Кай-ши), Августа (супруга высокопоставленного сотрудника германского МИД) и другие члены иностранных резидентур. Но с началом войны контакты с ними прервались. Советская разведка рассчитывала связаться с агентами по рации из Бреста. Однако немцы в первые дни вторжения захватили Брест, Минск и прочие белорусские города. Сложилась ситуация, которая стала серьезным просчетом нашей внешней разведки, ведь приходилось формировать специальные разведгруппы для засылки в Германию и другие занятые ею страны, чтобы возобновить потерянные контакты с агентурой. Впрочем, надо сразу оговориться, что подобные попытки, как правило, заканчивались провалом. Руководство внешней разведки вынуждено было полагаться на работу легальных резидентур в странах, не находившихся под контролем Германии.