Важнейшей задачей внешней разведки, особенно в начале войны, было пристальное наблюдение за Японией, которая могла решиться на агрессивные шаги в отношении нашего Дальнего Востока. В этом случае Советскому Союзу пришлось бы воевать на 2 фронта. В этом вопросе помогла информация из Лондона, в которой сообщалось о соответствующей правительственной переписке Британии с Германией, и от резидентур НКВД в Японии и Китае. В результате к концу 1941 г., опираясь на донесения разведок, можно было сделать вывод, что милитаристские планы Японии связаны с «теплыми морями», в частности с захватом колоний Соединенных Штатов Америки, Великобритании и Франции. Благодаря этим данным Сталин вовремя отозвал с Дальнего Востока подкрепления, что способствовало победе в битве за Москву. Но опасность нападения Японии на Советский Союз сохранялась вплоть до 1943 г. После наших побед в сражениях под Курском и Белгородом Япония окончательно отказалась от военного конфликта с СССР.
В начале войны полезные сведения сообщали резидентуры из Турции, Болгарии, Китая, США, Ирана, Великобритании, Швеции, Афганистана, Японии. Причем из последней шла основная информация, касающаяся нацистской Германии. На протяжении долгих лет войны были организованы резидентуры в Финляндии, Венгрии, Италии, Египте, Франции, Румынии. 12 октября 1941 г. разведчик В. Зарубин, специализировавшийся по США, и глава внешней разведки П. М. Фитин были на приеме у Сталина. Иосиф Виссарионович спросил у Зарубина о его готовности переехать на работу в Америку и пояснил, что советское руководство слишком плохо видит сложившуюся там политическую обстановку. Оставались неясными перспективы противоборства между группой чиновников, выступавшей за отстраненное поведение США, и группой президента Ф. Рузвельта, склонявшейся к оказанию помощи СССР в борьбе с немецкими захватчиками. В связи с этим Зарубин обязан был понять, каково же на самом деле отношение в США к СССР, Великобритании, Германии и Японии.
Перед ним также поставили задачу нащупать возможность влияния на руководство страны с целью сформировать у него мнение о необходимости большего взаимопонимания между СССР и США по организации сопротивления общему врагу. К тому же Зарубин должен был не допустить заключения сепаратного договора между Америкой и Германией и завершения войны в ущерб интересам Советского Союза. В США имелась так называемая «пятая колонна» нацистского толка, пытавшаяся убедить американское руководство в желательности союза с Германией и выступления против СССР. Разведчику поручалось внимательно приглядывать за этой «колонной» и своевременно сообщать обо всем в Москву. Сталин не зря давал такие указания, поскольку Германия постоянно пыталась расколоть антигитлеровскую коалицию.
Четвертое управление Судоплатова организовывало оперативные радиоигры для создания у врага впечатления о наличии на территории Советского Союза антисоветских националистических групп, стремящихся войти в контакт с немецкими спецслужбами. Такая деятельность приносила неплохие результаты. Немало вражеских агентов и радистов попали в плен и были перевербованы. Например, широко известны операции «Монастырь» и «Березино», проводившиеся в сотрудничестве 4-го управления с контрразведкой и Генштабом. Поставленные цели по серьезному дезинформированию немцев были достигнуты. После свыше 70 подобных игр с нацистскими спецслужбами на подставных явочных квартирах задержали несколько сотен вражеских агентов-диверсантов и штатных сотрудников немецкой разведки.
Первое управление занималось заграничной разведкой. Вместе с английскими спецслужбами удалось ликвидировать агентурную сеть стран нацистского блока (Италии, Германии, Японии) в Иране, Афганистане, Турции. Важно было не допустить выступления против СССР стран у его южных границ.
Как уже отмечалось, задача выявления положения и намерений Германии была одной из основных. В связи с этим П. М. Фитин поручил советским агентам в Лондоне добыть необходимую достоверную информацию. Надо сказать, что английская разведка была довольно эффективно представлена в германских властных структурах разных уровней. В том числе в абвере, среди ученых, участвовавших в создании атомного оружия. Но делиться разведданными с СССР Великобритания не торопилась.