После окончания гражданской войны Чэнь Юню удалось стабилизировать цены.
В 1950 г. по предложению Чэнь Юня финансово-экономическая работа была унифицирована в масштабах всей страны.
Во время войны на Корейском полуострове Чэнь Юнь предложил на первое место поставить интересы обороны государства, на второе — стабилизацию рынка и только после этого определять расходы на другие отрасли экономики и культуры в бюджете государства.
В октябре 1953 г. по предложению Чэнь Юня было принято решение о централизованных закупках и централизованном сбыте важнейших видов сельскохозяйственной продукции (зерно, хлопок и т. д.).
В феврале 1954 г. Чэнь Юнь руководил группой, подготовившей проект первого пятилетнего плана.
В сентябре 1956 г. на VIII съезде КПК Чэнь Юнь предложил считать основой промышленности и торговли государственные и коллективные предприятия, а вспомогательные функции возложить на определенное число индивидуальных предприятий; предложил положить в основу промышленности и сельского хозяйства план, а вспомогательные функции возложить на свободное производство, сообразуясь с изменениями рынка и в рамках государственного плана; основа — социалистический единый государственный рынок, а свободный рынок должен существовать в определенных рамках и находиться под руководством государства.
Накануне VIII съезда КПК на 7-м пленуме ЦК КПК 7-го созыва Мао Цзэдун дал высокую оценку деятельности Чэнь Юня, сказав, что он в достаточной степени справедлив, проявляет стабильность во взглядах; для него характерны проницательность и острота видения проблем; он способен ухватывать самую суть дела.
На VIII съезде КПК Чэнь Юнь был избран заместителем председателя ЦК КПК. В ноябре 1956 г. он по совместительству стал министром торговли КНР.
В январе 1957 г. Чэнь Юнь был назначен руководителем группы ЦК КПК по работе в области экономики, которая с июня 1958 г. была преобразована в группу по финансово-экономической работе. В ноябре того же года, по предложению Мао Цзэдуна, Чэнь Юнь разработал предложения относительно структуры управления промышленностью, торговлей, финансами.
При этом Чэнь Юнь указал на то, что слишком много власти сконцентрировано в центре, слишком мало рассредоточено по местам; в Китае людей много, территория страны обширна, положение в одном месте значительно отличается от положения в другом, поэтому нельзя слишком сосредоточивать власть в центре; однако после того, как власть будет передана на места, необходимо также обращать внимание на то, что на местах не будут думать об обстановке в целом.
В августе 1956 г. Чэнь Юнь был по совместительству назначен председателем государственного комитета по капитальному строительству.
Начиная с 1958 г., в работе партии в области экономики проявилось то, что в КНР называют «левыми» «ошибками». Возникли большие трудности для людей и в деревне, и в городе; по сути дела, «великий скачок» и кампания по созданию «народных коммун» привели к массовому голоду и гибели людей от недоедания.
Чэнь Юнь сравнительно рано обнаружил проблемы, которые стали результатом политики «великого скачка» и кампании по созданию «народных коммун».
В декабре 1958 г. Чэнь Юнь предложил не обнародовать завышенные показатели, которых следовало добиваться в области производства стали, угля, зерна, хлопка в соответствии с решениями 6-го пленума ЦК КПК 8-го созыва. Затем он указал на то, что этих показателей трудно будет добиться. Однако его предложения тогда не были приняты во внимание Мао Цзэдуном.
В апреле 1959 г. Чэнь Юнь предложил осуществить целый ряд мер, которые могли бы смягчить чрезвычайную напряженность в снабжении населения товарами, которое тогда осуществлялось по карточкам. В частности, увеличить производство зерна и экономить зерно, организовать снабжение городов продовольственными товарами, специально организовать производство товаров повседневной необходимости, сокращать число лишних рабочих и служащих в городах, заблаговременно наладить транспортировку необходимых в городах товаров и т. д.
В мае того же года, по поручению Мао Цзэдуна, Чэнь Юнь произвел расчеты с целью урегулирования завышенных показателей производства стали, исходя из общей ситуации в экономике. Вслед за этим он, будучи болен и нуждаясь в лечении после болезни, посетил ряд районов страны — Гуаней, Цзилинь, Хэбэй, Шаньдун, Хэнань, Аньхой, Чжэцзян, Цзянсу, а также Шанхай, где изучал ситуацию в области сельского хозяйства, производства стали, горнорудной продукции, химических удобрений и проблему обеспечения жизненных потребностей населения. Посетив одно из хозяйств в окрестностях Шанхая, он пришел к выводу о необходимости — в целях скорейшего восстановления и развития свиноводства — в массовом порядке передать свиней из «народных коммун» в частные руки крестьян и оставить крестьянам приусадебные участки.