Военными чекистами были взяты под контроль военные сообщения, доставка военного снаряжения, вооружений и боеприпасов в действующую армию, для чего на железных дорогах были учреждены 3-и отделения, деятельность которых переплеталась (и, видимо, в чем-то дублировала) с органами госбезопасности на транспорте.
В начале июля 1941 года начальник 3-го управления НКО Анатолий Николаевич Михеев приказом наркома обороны Семена Константиновича Тимошенко получил право самостоятельно назначать на должности в структуре особых отделов вплоть до заместителей начальников окружных и фронтовых 3-х отделов[6].
Приказом НКО СССР и НКВМФ СССР от 13 июля 1941 года[7] было введено «Положение о военной цензуре воинской почтовой корреспонденции», в котором определены структура, права и обязанности подразделений военной цензуры, методика и техника обработки корреспонденции, а также приведен перечень сведений, являющихся основанием для конфискации отправлений, и в соответствии с которыми сформированы при военно-почтовых сортировочных пунктах, военно-почтовых базах, военно-почтовых отделениях и военно-почтовых станциях отделения военной цензуры, на укомплектование которых направлены 900 контролеров, переданные 4-м отделом НКГБ СССР (из них для 3-го Управления НКО СССР – 650 контролеров и для 3-го Управления НКВМФ СССР – 250 контролеров).
В системе 3-х управлений НКО и НК ВМФ были созданы отделения военной цензуры, находившиеся при штабах частей действующей армии и в тылу при военно-сортировочных пунктах, военно-почтовых базах, отделениях и станциях ВМФ (размещались в служебных помещениях Наркомата связи).
Уже в августе 1941 года военная цензура была передана в ведение 2-го спецотдела НКВД СССР (оперативной техники во главе со старшим майором ГБ Евгением Петровичем Лапшиным), оперативное руководство продолжали осуществлять армейские, фронтовые и окружные Особые отделы.
Совместным приказом НКО и НКВМФ 15 июля 1941 года 3-и отделы были организованы при Ставках Главнокомандующих Северо-Западного, Западного и Юго-Западного направлений. Уже через два дня сменилось подчинение армейских органов военной контрразведки, вернувшихся в систему госбезопасности.
Постановлением Государственного Комитета Обороны СССР № 187/сс от 17 июля 1941 года, подписанным Иосифом Сталиным, органы 3-го управления НКО СССР были реорганизованы в Особые отделы, а само Управление НКО получило наименование «Управление Особых отделов с передачей в НКВД СССР»[8].
Главной задачей Особых отделов согласно постановлению ГКО от 17 июля 1941 года стала «решительная борьба со шпионажем и предательством в частях Красной Армии и ликвидация дезертирства непосредственно в прифронтовой полосе».
Появившаяся на следующий день Директива НКВД СССР № 169 разъясняла, что «смысл преобразования органов третьего управления в Особые отделы с подчинением их НКВД заключается в том, чтобы повести беспощадную борьбу с шпионами, вредителями, диверсантами, дезертирами и всякого рода паникерами и дезорганизаторами». Руководство НКВД выражало уверенность, что работники Особых отделов оправдают доверие партии и «самоотверженной работой помогут Рабоче-Крестьянской Красной Армии укрепить дисциплину в ее рядах и разгромить врагов Родины»[9].
19 июля 1941 года начальником Управления Особых отделов НКВД СССР был назначен заместитель наркома внутренних дел СССР Виктор Семенович Абакумов.
Первым заместителем Абакумова был назначен бывший начальник Главного транспортного управления НКВД и 3-го (секретно-политического) Управления НКГБ комиссар 3-го ранга Соломон Рафаилович Мильштейн (служивший в Особом отделе Кавказской Красной Армии в 20-е годы). Были назначены начальники Особых отделов:
Северного фронта – бывший начальник УНКГБ по Ленинграду и Ленинградской области комиссар ГБ 3-го ранга Павел Тихонович Куприн;
Северо-Западного фронта – бывший начальник Особого отдела ГУГБ НКВД СССР в 1938–1941 годах, а в июне 1941 года прокурор СССР (по совместительству), генерал-майор Виктор Михайлович Бочков;
Западного фронта – нарком государственной безопасности Белоруссии комиссар 3-го ранга Лаврентий Фомич Цанава;
Юго-Западного фронта – бывший начальник 3-го управления Наркомата обороны комиссар ГБ 3-го ранга Анатолий Николаевич Михеев;
Южного фронта – бывший нарком НКГБ Молдавии комиссар ГБ 3-го ранга Николай Степанович Сазыкин;
Резервного фронта – бывший начальник Третьего отдела НКВД комиссар ГБ 3-го ранга Александр Михайлович Белянов.
В тот же день приказом № 00941 наркома НКВД СССР Лаврентия Берии для борьбы с дезертирами, шпионами и диверсантами предписывалось сформировать при Особых отделах дивизий и корпусов – стрелковые взводы, при Особых отделах армий – отдельные стрелковые роты, при Особых отделах фронтов – отдельные стрелковые батальоны с укомплектованием этих частей из войск НКВД[10].