Трудовете на Роджър Бейкън също са отразени достоверно. Цитатите са от творбите му, писани на латински. Той наистина е опознавал тайната наука от мистериозния Маренкур. Никой досега не е успял да обясни откъде Бейкън е натрупал състоянието си и никой не е открил каква е била съдбата на любимия му ученик, «Йоан». «Книгата на тайните» би могла да бъде и така нареченият ръкопис «Войнич», открит от американеца Уилфрид Войнич в една италианска вила близо до Фраскати през 1912 г. Този ръкопис съдържа над двеста, наполовина изрисувани страници, изпълнени с почти неразбираеми писмени знаци. Уилям Нюболд, професор от университета на Пенсилвания, твърди, че това е тайният ръкопис на Роджър Бейкън. Оттогава възникват много спорове около тази находка, която досега никой не е успял да дешифрира. Някои твърдят, че ръкописът е на Бейкън и съдържа предсказанията и откритията му, други твърдо поддържат мнението, че е труд на Джон Дий, окултист и астролог от времето на кралица Елизабет I. Така или иначе, не може да се отрече, че Бейкън е притежавал изследователски ум и че наистина си е представял изобретения като самолета и подводницата, които, разбира се, сега са част от нашата действителност.