В столь сложной обстановке в октябре 1604 года произошло вторжение небольшого войска Лжедмитрия на российскую территорию. Первый же приграничный городок Моравск сдался. Его примеру последовал и стратегически важный Чернигов. Местные жители связали царских воевод и отвели в ставку самозванца.
В Москве слишком поздно поняли, что в западных городах нет опытного и верного престолу руководства. В срочном порядке туда были отправлены боярин Н. Р. Трубецкой и окольничий П. Ф. Басманов, но им удалось добраться только до Новгорода-Северского. Здесь они организовали надежную оборону и остановили победоносное продвижение самозванческой армии вглубь российских земель. К этому времени было собрано войско под началом Ф. И. Мстиславского и отправлено к ним на подмогу. В конце декабря около Новгорода-Северского разгорелось ожесточенное сражение. Хотя царское войско было в несколько раз больше, чем у Лжедмитрия, тот все же одержал победу, поскольку действовал отважно и решительно. К тому же Мстиславский был тяжело ранен в бою, и это дезорганизовало его полки.
Самозванец оставил Новгород-Северский и двинулся дальше. Его казаки во главе с атаманом Корелой захватили крепость Кромы; сам же он расположился у села Добрыничи.
Царские воеводы пребывали в растерянности. Они долго не решались сообщить царю о своем разгроме. В это время в Москве не понимали, что же происходит на территории бывшего Черниговского княжества. Наконец, когда Годунову доложили о новых успехах самозванца, он срочно отправил ему навстречу войско во главе с опытным военачальником В. И. Шуйским. В его преданности государь не сомневался нисколько, поскольку тот не раз публично выступал с разоблачением авантюриста и рассказывал о смерти настоящего царевича в Угличе.
Решающее сражение состоялось у села Добрыничи в конце января 1605 года. Шуйский умело расположил свои полки, заманил Лжедмитрия с поляками в ловушку и полностью разгромил их. «Царевич» едва спасся на раненом коне. Он даже решил, что его затея окончательно провалилась^ и хотел бежать в Речь Посполиту. Но воеводы Путивля В. М. Мосальский и Б. Сутупов пригласили его к себе и пообещали помочь в, казалось бы, безвыходной ситуации.
Вскоре выяснилось, что никто не преследует самозванца и не пытается взять его в плен или уничтожить. Царские воеводы, казалось, о нем совсем забыли.
В Москву с радостной вестью о победе под Добрыничами был отправлен воевода М. Б. Шеин. Он нашел царя Бориса в Троице-Сергиевом монастыре на богомолье. Получив грамоту от В. И. Шуйского, тот сразу же принялся возносить хвалу Господу. Шеину было пожаловано окольничество. Правда, узнав о бегстве Лжедмитрия, царь возмутился: «Сколько рати побили, а того Гришку не сумели поймать! Это сделалось вашим нерадением». Получалось, что вместо наград воеводы могли получить наказание. Но действовать без прямых указаний из Москвы они не имели права. В этом, видимо, и крылась причина того, что Лжедмитрий смог спокойно обосноваться в Путивле и продолжить свое дело.
Борис Годунов был плохо осведомлен о ситуации в западных городах страны. Он почему-то решил, что главным оплотом самозванца являются Кромы, и приказал воеводам во что бы то ни стало взять этот город. Его обороняли казаки во главе с атаманом Корелой, являвшие чудеса храбрости и изобретательности. Для укрытия они вырыли землянки и в них спасались от артиллерийских обстрелов.
Сначала покорить Кромы было приказано Ф. И. Шереметеву, недавно вернувшемуся из сибирской ссылки. Вполне естественно, что этот воевода не горел желанием проливать кровь за Годунова и Кромы не взял. Тогда всему войску было велено двинуться к неприступному городку. Но в это время началась весна, болотистая местность вокруг Кром оттаяла и превратилась в настоящее озеро. Царские воины оказались по колено в воде; многие простудились и начали болеть. Казаки же получили подкрепление и сдаваться не собирались. Стало ясно, что московское войско может погибнуть без всяких боев.
Царь Борис не знал, что делать в этой тупиковой ситуации. Он посылал под Кромы лекарей и продовольствие, но уберечь людей от промозглой сырости это не могло. Даже раздача внушительной суммы денег — 80 000 рублей никого не обрадовала. Здоровье стоило дороже…
К апрелю всю страну охватило какое-то странное оцепенение. Военные действия прекратились. Московское правительство бездействовало, Борис пребывал в унынии, хотя для его спасения был достаточен один мощный удар по Путивлю.
Очень скоро Лжедмитрий понял, что время работает на него. Один за другим на его сторону переходили западные города. Они посылали деньги, продовольствие, вооруженные отряды. Десятки воевод прибывали в Путивль, чтобы выказать «Дмитрию» верноподданнические чувства. За это они получали высокие чины и должности при дворе «царевича».
Наконец, 13 апреля 1605 года противостояние царя и претендента на трон закончилось. После обеда Годунов внезапно почувствовал дурноту, из ушей и носа у него хлынула кровь, и через короткое время он скончался. Монахи едва успели постричь его под именем Боголеп. Это была последняя воля умирающего, желавшего таким образом искупить свои грехи.
Некоторые современники предположили, что Борис отравился, чувствуя свою вину перед настоящим Дмитрием. Эту версию очень ярко и образно отразил в трагедии «Борис Годунов» А. С. Пушкин, который полагал, что царя постоянно мучила совесть за убийство царевича:
Однако прямых доказательств вины Годунова в смерти последнего сына Ивана Грозного все же нет. Никто из очевидцев угличской трагедии убийц не видел. Наша версия о причастности О. Волохова — всего лишь предположение, не подкрепленное данными из источников. К тому же в середине апреля у Бориса не было веских причин для самоубийства, которое всегда считалось смертным грехом. Войско еще сохраняло ему верность, на сторону Лжедмитрия перешли лишь некоторые западные города, удачная летняя кампания могла все повернуть в его пользу. Поэтому, думается, причиной смерти государя стала тяжелая болезнь: высокое кровяное давление, слабое сердце, плохие сосуды. В источниках содержится много сведений о его частых болезнях, плохом самочувствии, а затянувшаяся борьба с самозванцем лишь обострила и усугубила положение дел.
Похороны Годунова состоялись уже на следующий день. На них присутствовал весь двор и множество москвичей, пришедших в Кремль не по причине скорби, а из любопытства. По воспоминаниям современников, никто особенно не горевал, кроме родственников усопшего. Гроб установили в царской усыпальнице Архангельского собора рядом с гробницами Федора Ивановича и Ивана Грозного. Потом по всей стране был объявлен многодневный траур. В это время всем неимущим щедро раздавалась милостыня. На нее было потрачено 70 000 рублей. Таким образом наследник Федор и вдова Мария Григорьевна, видимо, хотели привлечь на свою сторону простых людей. Но те, судя по всему, остались равнодушны к смерти царя: их сердца уже были прочно завоеваны «Дмитрием» — многострадальным и «законным» претендентом на царскую корону.
Сразу после похорон было официально объявлено о том, что новыми правителями страны становятся царица Мария Григорьевна и царевич Федор Борисович, причем сначала произносили имя вдовы. Для знати это оказалось полнейшей неожиданностью, поскольку Федор уже давно заменял отца и вполне был способен править самостоятельно. Царица же прежде никогда не вмешивалась в государственные дела и вряд ли хорошо в них разбиралась.