Царь Василий надеялся на то, что новое публичное покаяние навсегда отвратит его подданных от измены. Как показало время, он просчитался. Весной 1607 года Смута в России только начинала набирать обороты. Главные бедствия и развал страны были еще впереди. Кровавая междоусобица ждала своих жертв.
Успехи Болотникова, знакомого с европейским военным делом, показали царю Василию, что боевой опыт его воевод явно недостаточен. Он повелел на основе переводных трудов составить «Устав ратных дел» и ознакомить с ним ведущих полководцев. Новые сведения должны были помочь им в борьбе со сторонниками самозванческих авантюр.
Для улучшения материального положения рядового дворянства Шуйский издал несколько законов, касающихся крестьян и холопов — главной рабочей силы в помещичьих хозяйствах. Прежде всего, срок сыска беглых крестьян был увеличен с пяти до пятнадцати лет. Отныне владельцы имели право вернуть себе тех крестьян, которые были записаны за ними в писцовых книгах 1592 года, — именно в том году происходила перепись населения страны. За укрывательство беглецов полагался крупный штраф, а разыскивать их предписывалось представителям царской администрации. Второй указ касался добровольных холопов, то есть тех людей, которые по собственной воле поступали на службу к представителям высшей знати. Их запрещалось кабалить, то есть превращать в рабов. Отныне добровольные холопы имели право прекращать срок своей службы по собственному усмотрению. Это были преимущественно выходцы из обедневшего дворянства, которыми царь намеревался пополнить свое войско.
Собирая огромную армию для окончательного разгрома Ивана Болотникова и Петруши, царь Василий испытывал серьезные материальные трудности, ведь царская казна была истощена еще Лжедмитрием I. Приходилось забирать ценности у монастырей, увеличивать таможенные пошлины на Севере и в Сибири, налагать значительные штрафы на уклонявшихся от службы дворян. Войско стало активно пополняться «даточными людьми», экипировать которых были обязаны монастыри. Богатых купцов заставляли давать царю деньги в долг. В частности, Строгановым за крупный заем позволено было даже «писаться с отчеством», хотя это считалось привилегией князей и бояр.
Усилия царя принесли свои плоды — в мае 1607 года удалось собрать почти стотысячное войско. Его смотр должен был состояться под Серпуховом. Не надеясь на воевод, Шуйский решил лично его возглавить. Руководство основными полками он доверил родственникам и надежным людям. Во главе самого важного Большого полка встал опытный и удачливый полководец князь и боярин М. В. Скопин-Шуйский. Помощником к нему был определен И. Н. Романов. В Рязани к ним со своими отрядами должны были присоединиться князь и боярин Б. М. Лыков и получивший думное дворянство П. П. Ляпунов.
Второй по значимости передовой полк возглавили князь и боярин И. В. Голицын и князь Г. П. Ромодановский, сторожевой полк — окольничий В. П. Морозов и Я. В. Зюзин. Государев полк оказался под началом И. И. Шуйского и дворецкого И. Ф. Ерюка-Колычева. В царскую свиту вошли все видные бояре и воеводы: Ф. И. Мстиславский, И. М. Воротынский, И. И. Голицын, В. В. Голицын, М. Ф. Кашин, М. С. Ту-ренин и даже дядя настоящего царевича Дмитрия — М. Ф. Нагой.
В Москве охранять тылы остался Д. И. Шуйский с несколькими престарелыми боярами: Н. Р. Трубецким, А. В. Трубецким, Ф. Т. Долгоруким, Ф. И. Хворостининым и другими. В это время средний брат царя считался его наследником и в случае гибели Василия Ивановича должен был заменить его на престоле.
Утром 21 мая 1607 года после молитвы в Успенском соборе и благословения патриарха Гермогена царь Василий выступил с войском в поход. Разумеется, лазутчики Болотникова немедленно сообщили об этом в Тулу. У восставших возник дерзкий план обойти государево войско в районе Каширы и ударить по незащищенной столице. Осуществить его было поручено князю А. А. Телятевскому с казаками.
Однако и у царя были свои дозорщики. Они вовремя оповестили его о грозившей опасности. Для ее предотвращения срочно был усилен гарнизон Каширы за счет рязанцев во главе с П. П. Ляпуновым. Кровопролитное сражение разгорелось 5 июня на реке Восме. Ляпунов вместе с каширским воеводой князем А. В. Голицыным показали чудеса храбрости. Они не только отбросили противников назад, но и, окружив в овраге большой отряд казаков, полностью его уничтожили.
Рейд князя А. А. Телятевского продемонстрировал царю Василию, что с осадой Тулы следует поторопиться. Он повелел племяннику, М. В. Скопину, не мешкая отправиться прямо к мятежному городу. К 12 июня его полки уже заняли позиции на реке Воронья. Попытки Болотникова выбить его оттуда не увенчались успехом. Когда 30 июня прибыло остальное войско во главе с царем, блокадное кольцо вокруг Тулы замкнулось. Хотя в то время город был совсем небольшим, осада его затянулась на долгих четыре месяца. Дело в том, что его мощный каменный кремль был построен еще Василием III специально для обороны южных рубежей Руси. Кроме того, здесь протекало множество речушек с топкими берегами, кругом раскинулись непроходимые болота и развернуть широкомасштабные боевые действия было негде.
Но все же В. И. Шуйскому удалось окончательно отрезать Болотникова и Петрушу от восставших городов и через некоторое время взять Белев, Волхов, Дедилов, Крапивну и Одоев. Мятежными оставались только самые западные города: Путивль, Стародуб и другие. Болотников неоднократно засылал туда гонцов с просьбой о помощи, но ответа так и не получил. С царскими войсками сражаться было уже некому.
Тем временем приближалась осень. Царь прекрасно понимал, что во время холодов его войско не может оставаться в болотах. Следовало предпринимать кардинальные меры к взятию Тулы. Он решил принять проект муромского дворянина Фомы Кравкова по затоплению города, который поначалу казался неосуществимым. Суть его состояла в том, что следовало мешками с песком перегородить вытекавшую из Тулы речку Упу. Для его реализации было собрано множество крестьян, которые начали возить песок со всей округи и через два месяца создали высокую плотину. Вода перестала вытекать из города и затопила все его улицы, а также склады с продовольствием и порохом. Болотниковцы вместе с жителями были вынуждены спасаться на крышах домов, где они сразу же превращались в удобные мишени для царских стрелков.
В итоге положение осажденных стало критическим. Это прекрасно понял хитрый В. И. Шуйский и начал засылать к тулякам переговорщиков. Жителей убеждали сдать главных зачинщиков восстания и получить прощение. Когда это не помогло, царь стал уговаривать сдаться Петрушу и Болотникова, обещая взамен свободу.
Наконец 10 октября городские ворота открылись и из них выехали «царевич» Петруша, И. И. Болотников, А. А. Телятевский, Г. П. Шаховской и другие мятежники. Всех их вопреки царскому обещанию тут же взяли под стражу. Сделано это было не только из-за того, что «воров» следовало примерно наказать за все преступления, но и потому, что в Стародубе еще летом наконец-то материализовался «царь Дмитрий». По слухам, он даже выступил на помощь тулякам, но был вынужден задержаться в Орле из-за распрей в его войске.
Арестованных отправили в Москву на боярский суд. Этим Шуйский полностью снял с себя ответственность за их дальнейшую судьбу. Бояре приговорили Петрушу к смертной казни — ведь он посмел называть себя царским сыном! В январе 1608 года приговор был приведен в исполнение. Болотникова сослали в Каргополь, где за дерзкое поведение его сначала ослепили, а потом и утопили. Князя Телятевского заставили принять постриг в Троице-Сергиевом монастыре. Шаховского посадили в тюрьму, из которой ему удалось бежать и присоединиться к новому Лжедмитрию.
После взятия Тулы царь Василий с триумфом вернулся в Москву. Он чувствовал себя героем и победителем, доказавшим всем, что достоин царского престола. На радостях он наградил наиболее отличившихся воинов и отправил их по домам на отдых. Все надеялись, что с врагами покончено раз и навсегда и вновь браться за оружие придется не скоро. Жалкий обманщик, засевший в Орле с горсткой сторонников, никого не беспокоил.