Ставкой Жолкевского стал Можайск. Из него он рассылал отряды для приведения к присяге русских людей. Заодно поляки собирали для себя продовольствие и изымали деньги из казны городов. Многим становилось ясно, что союз с Сигизмундом принесет только разорение и беды.
О клушинском разгроме стало известно и в Калуге. Лжедмитрий II решил, что наступил его звездный час. Тут же было собрано не слишком большое войско, отправлен гонец к союзнику П. Сапеге, и вскоре все вместе они выступили в поход на Москву.
Об этой новой беде царь Василий узнал вовремя и попросил крымских царевичей, разорявших южные города самозванца, прибыть ему на защиту. Неподалеку от Серпухова им удалось создать заслон. В помощь крымцам из Москвы приехали видные воеводы: И. М. Воротынский, Б. М. Лыков и А. В. Измайлов. На реке Наре состоялась решающая битва. Обе стороны сражались с невероятным ожесточением, и было неясно, кто победил. Лжедмитрий отошел к своему обозу для отдыха, крымцы же заявили царским воеводам, что больше биться не могут, и вернулись в степи. Пришлось отступить к столице и Воротынскому с товарищами.
Таким образом, путь к Москве оказался открыт, и самозванец двинулся вперед. На пути его лежал Пафнутьево-Боровский монастырь, уже присягнувший Владиславу. Желая наказать отступников, Лжедмитрий приказал взять обитель штурмом. В это время в ней находилось несколько царских воевод с хорошо вооруженным отрядом. Поначалу они с успехом отбивали все атаки калужан, но потом два воеводы решили перейти на сторону «царя Дмитрия» и открыли перед ним монастырские ворота. Только князь М. Волконский продолжал сражаться уже в дверях храма, заявляя, что не допустит врагов к гробу чудотворца Пафнутия. Но силы были неравными, и, обливаясь кровью от множества ран, отважный князь погиб прямо в храме.
Хотя второй самозванец всегда покровительствовал православному духовенству, на этот раз он позволил казакам под началом И. Заруцкого разгуляться вовсю. Монастырь разграбили, игумен и большинство монахов были убиты.
Своей ставкой лжецарь сделал Николо-Угрешский монастырь. Первой признала его власть Коломна, потом — Кашира. Только Зарайск оказал сопротивление. Воевода Д. М. Пожарский заявил, что будет служить лишь тому царю, который окажется в Москве на престоле. Правда, некоторые горожане не захотели его слушать и попытались было с почетом принять посланцев Лжедмитрия. Тогда Пожарский со своими воинами свез все имевшееся оружие и продовольствие в каменный кремль и запер его ворота. Оказавшись беззащитными, колебавшиеся горожане были вынуждены поддержать своего воеводу. После этого Пожарский связался с рязанцами и вместе с ними выбил калужан из Коломны.
В Москве в это время было очень неспокойно. Судьба Василия Шуйского никого уже не интересовала. Хотя он и находился вместе с женой в царском дворце, служить ему никто не хотел. Только патриарх Гермоген отваживался защищать царя от бушевавшей и возмущенной толпы простолюдинов.
Бояре же обсуждали один вопрос: кому присягнуть? Одни склонялись к кандидатуре королевича Владислава — ведь тот был прирожденным государем. Другие предпочитали Лжедмитрия, поскольку его можно было превратить в марионетку на троне. Были и такие, которые считали, что следует свергнуть и самозванца, и Шуйского, объединиться с калужанами, вместе разбить поляков и избрать более достойного претендента на царский престол.
После долгих обсуждений последнее предложение возобладало. В ставку Лжедмитрия были отправлены посланцы, которые начали переговоры с его боярами и воеводами. Довольно быстро обе стороны договорились арестовать своих государей и потом сообща избрать нового. После этого москвичи отправились исполнять задуманное, а сторонники «царя Дмитрия» решили выждать время.
Князь В. В. Голицын немедленно связался с П. П. Ляпуновым, рассчитывая с его помощью заполучить корону. Тот отправил в столицу своего брата Захария с несколькими решительно настроенными дворянами.
Утром 17 июля 1610 года заговорщики во главе толпы москвичей ворвались в царский дворец, предварительно изолировав патриарха, чтобы он не мог вмешаться, встав на защиту Шуйского. Никто не оказал-им сопротивления. Немногочисленная стража сразу же разбежалась, не поддержали Шуйского и бояре. Царь попытался было пригрозить бунтовщикам ножом, но могучий Захарий Ляпунов тут же вырвал его у старика и сказал ему: «Мы устали проливать за тебя кровь. Земля наша опустела. Ты ничего доброго для людей не делаешь. Пока говорим тебе по-хорошему: сжалься над гибелью христиан и положи царский посох. Мы же сами о себе позаботимся и решим, как жить дальше».
Однако упрямый царь Василий не хотел сдаваться и заявил, что не желает слушать крамольников, которые действуют без согласия с боярами и патриархом.
Тогда для соблюдения законности Захарий Ляпунов позвал на совет бояр и патриарха Гермогена. Все вместе они вышли на Красную площадь, где уже бурлила народная толпа. Из-за невероятного шума говорить о столь важном деле было просто невозможно, поэтому заговорщики с боярами и патриархом вышли на широкий луг за городскими стенами. Там они и решили судьбу В. И. Шуйского. После долгого совещания договорились низложить царя с престола, поскольку защищать его сразу от двух грозных соперников — польского короля и Лжедмитрия II никто не хотел. Но бояре не решились причинить зло свергнутому государю и предложили дать ему в управление земли бывшего Суздальского княжества. После этого они намеревались созвать представительный Земский собор и избрать нового царя из русских родов, который устраивал бы всех, включая даже бывших тушин-цев. Гермоген тут же назвал наиболее подходящую, на его взгляд, кандидатуру — юного Михаила Федоровича Романова, двоюродного племянника царя Федора Ивановича. По крови он был родственником представителей прежней династии московских князей и, значит, мог стать их законным наследником. Но бояре не поддержали первосвятителя, поскольку некоторые из них сами метили на престол и понимали, что в сложнейшей ситуации четырнадцатилетний подросток не сможет удержаться на троне.
Бояре отправили к царю Василию его родственника князя И. М. Воротынского. Тот уговорил Шуйского добровольно покинуть дворец и переехать на свой старый боярский двор. После этого заговорщики послали гонцов к калужанам, предлагая и им избавиться от своего «царька», но те лишь посмеялись над ними и сказали: «Вот вы забыли свое крестное целование и свергли своего государя. Мы же не таковы — мы за своего царя готовы помереть».
Узнав об этом, бояре с патриархом Гермогеном решили вернуть В. И. Шуйского на трон. Но заговорщики не позволили им сделать это. Схватив Василия Ивановича и его жену, они потащили их в Чудов монастырь. Там обоих насильно постригли в монахи, чтобы навсегда лишить возможности носить царский венец. Правда, патриарх Гермоген отказался признать законность этой акции, поскольку за молчавшего Шуйского обетные слова произносил В. Тюфякин.
На этом злоключения В. И. Шуйского не закончились. Заговорщики отвезли его подальше от столицы, в Иосифо-Волоколамский монастырь. Туда же сослали его арестованных братьев — Дмитрия и Ивана. Через некоторое время все они оказались во власти гетмана С. Жолкевского, возвращавшегося после подписания договора с боярами под Смоленск. Так бывший московский царь оказался в плену у чужеземного короля.
До смерти, последовавшей в сентябре 1612 года, Шуйскому пришлось испытать немало унижений и оскорблений. Сигизмунд III заставлял его присутствовать на официальных приемах в качестве покоренного им государя и выказывать ему всяческое подобострастие: кланяться до земли, целовать руку… Первое время Василий Иванович пытался сохранять достоинство и гордо заявлял: «Не подобает московскому царю кланяться королю. Не вашими руками я взят, а московскими изменниками и рабами отдан в плен». Но уже через год он, по воспоминаниям современников, представлял собой жалкое зрелище: окончательно одряхлел, низко кланялся королю и целовал его руку вместе с братьями. В последний год жизни Василий Иванович вместе с братом Дмитрием и его женой Екатериной жил в Гостынском замке около Варшавы. Здесь они были полностью изолированы от внешнего мира и, конечно, не знали о том, что в это время происходило на родине.
Смерть бывшего государя, видимо, наступила от естественной причины, ведь он был стар и измучен жизнью. А вот его брат Дмитрий с женой, скорее всего, были отравлены, поскольку скончались в один день. Возможно, так судьба воздала им гибель М. В. Скопина-Шуйского.