В это время в городе началось антипольское восстание. Пожарский не мог оставаться в стороне от столь важного события и поддержал москвичей. Рядом с домом на Лубянской площади он соорудил баррикаду из бревен, прикатил пушки с Пушечного двора и начал обстреливать засевших в Китай-городе поляков. Однако с помощью своих сторонников полякам удалось поджечь дома в Белом городе. Грандиозный пожар заставил восставших отступить. При этом Пожарский был ранен и больше не мог сражаться. Слуги вынесли князя в безопасное место и потом отвезли в родовое имение Мугреево. Здесь его и нашли посланцы нижегородских ополченцев.
Приехав в Нижний Новгород, Дмитрий Михайлович собрал всех воинских людей и заставил их принести следующую клятву:
«Быть в совете и соединении, стоять за Московское государство, друг друга не побивать, не грабить и дурного никому не делать. Московских воевод, дьяков и голов, и всяких приказных людей в свои города не пускать и стоять за общее дело до тех пор, пока Бог не даст государя на Московское государство. Выбирать государя всей землей Российской державы, а если казаки из первого ополчения выберут кого-то по своему хотению, то того не признавать».
К началу 1612 года основное ядро второго ополчения было сформировано. В него вошли нижегородцы, смоляне, дорогобужане, балахнинцы, гороховчане, казанцы и муромцы. В окрестные города были отправлены грамоты следующего содержания:
«Мы, жители Нижнего Новгорода, сославшись со всеми поволжскими городами и Казанью, видя Московскому государству конечное разорение, прося у Бога милости, идем на помощь Москве… Непременно следует вам быть с нами в совете и идти вместе на польских и литовских людей.
Мы, всякие люди Нижнего Новгорода, утвердились на том, что Маринки и сына ее, и того вора, который стоит под Псковом, не хотеть на государстве, как и литовского и польского короля».
Вскоре на этот призыв откликнулся воевода Коломны В. Е. Сукин и прибыл со своим отрядом. По просьбе жителей от ставленников первого ополчения были очищены Кострома, Суздаль и Муром. К новому ополчению примкнули также калужане, каширцы, туляки, рязанцы, серпуховчане, тверичи, жители Старицы и Ржева. В Нижний Новгород из подмосковного лагеря бежали такие видные воеводы, как М. А. Вельяминов, И. Погожий, Д. М. Черкасский, П. И. Мансуров, И. Ф. Троекуров. Из Москвы прибыли князья С. В. Прозоровский, И. П. Пронский и А. М. Львов и многие другие представители знати. Это. свидетельствовало об авторитете нижегородцев во всей стране.
Желая обеспечить надежность тылов, Д. М. Пожарский отправил отряды в Пошехонье, Углич и Калязин, чтобы привести местных жителей к присяге. Каждый должен был дать клятву верности: «Стоять за один и быть в совете за общее дело».
Когда к марту 1612 года численность ополченческого войска достигла 3000 человек, было решено выступить в поход. Наиболее безопасным представлялось двигаться по Волге — через Кострому к Ярославлю. Далее шел прямой путь к столице через Ростов, Переславль-Залесский и Троице-Сергиев монастырь.
В подмосковном лагере также стало известно о походе нижегородцев. Трубецкой воспринял это с радостью, поскольку понимал, что у первого ополчения слишком мало сил для освобождения Москвы от интервентов. Заруцкий же решил помешать второму ополчению и отправил большой отряд под командованием А. Просовецкого для захвата Ярославля. Горожане вовремя об этом узнали и послали гонцов к Пожарскому. Тот тут же выслал конный полк под началом своего родственника Д. П. Пожарского по прозвищу Лопата.
В итоге казакам не удалось захватить стратегически важный город. В Ярославль вскоре прибыли основные силы второго ополчения и организовали ставку. Сюда из северных городов стало подтягиваться подкрепление, привозились продовольствие, боеприпасы и доставлялись деньги, которые жертвовали богатые люди, в частности промышленники Строгановы. Вскоре в Ярославле оказалась и икона Казанской Божией Матери, которую везли назад в Казань. Для второго ополчения она стала священным символом и главной покровительницей.
В апреле Пожарский получил грамоту от троицких старцев, в которой те призывали его войти в соединение с Д. Т. Трубецким. По утверждению монахов, главный воевода первого ополчения целовал крест Псковскому вору под давлением казаков и находится «в утеснении» от Заруцкого. В заключение старцы просили воевод второго ополчения поскорее двинуться к Москве, пока из-за розни освободительное движение не ослабеет окончательно.
Действительно, Трубецкой вскоре осознал, что присяга Псковскому вору — большая ошибка. Он приказал провести расследование новой самозванческой авантюры и выяснил, что именем Дмитрия назвался некий Сидорка — служитель одной из московских церквей. Воеводы Иван-города и Пскова помогли ему перевоплотиться в «царя Дмитрия». Узнав об этом, Дмитрий Тимофеевич приказал арестовать обманщика и привезти его в подмосковный лагерь. Там он был посажен на цепь для всеобщего обозрения. После воцарения Михаила Федоровича Сидорку казнили.
Выбор кандидатуры будущего царя был очень важен и для руководителей второго ополчения, ведь московские бояре постоянно называли их мятежниками и крамольниками, выступавшими против законной власти. В начале апреля 1612 года по приказу Пожарского по городам была разослана грамота, в которой писалось о том, что без государя страна может прийти в «конечное разорение», без него трудно бороться с интервентами и невозможно сноситься с окрестными странами. Вопрос о новом царе следовало решить как можно скорее. Для этого необходимо была прислать в Ярославль от каждого города по два человека для общего совета. Кроме того, Пожарский просил горожан написать в полки, стоявшие под Москвой, о том, чтобы «воинские люди отстали от Псковского вора Сидорки и не чинили с новым ополчением розни».
Пожарский вместе со своими соратниками, в числе которых были бояре В. П. Морозов, В. Т. Долгорукий, А. П. Куракин и В. И. Бахтеяров-Ростовский, окольничие С. В. Головин, Г. Б. Долгорукий, А. В. Измайлов и Г. П. Ромодановский, думные дворяне Г. Г. Пушкин и В. Б. Сукин, а также несколько чашников, стольников и дьяков, пытался созвать в Ярославле представительный Земский собор и на нем избрать нового государя. Но сделать это не удалось, поскольку Москва все еще находилась под властью польских интервентов.
В феврале пришла печальная весть о кончине патриарха Гермогена. Он умер от нечеловеческих условий жизни: его держали в глубокой земляной яме без света и тепла. Пищей ему служил сноп овса и кувшин воды.
Руководители второго ополчения избрали временное правительство, которое, как и в первом ополчении, назвали Советом всей земли. Руководителем его стал Д. М. Пожарский, получивший титул «По избранию всея земли Московского государства всяких чинов людей у ратных и у земских дел стольник и воевода князь Дмитрий Михайлович Пожарский». Его помощником стал Кузьма Минин, занимавшийся материальным обеспечением воинских людей. Для упорядочения всех дел было сформировано несколько приказов: Разрядный, Поместный, Посольский и другие, которые возглавили бежавшие из Москвы опытные дьяки: С. Самсонов, А. Варев, М. Данилов, А. Иванов и другие.
Временное правительство второго ополчения оказалось весьма представительным. В нем не было ни атаманов, ни казаков, которые скомпрометировали себя в глазах простых людей. К Пожарскому и его соратникам мирные жители испытывали значительно больше доверия, чем к Трубецкому и Заруцкому.
Поскольку в Ярославле не удалось собрать Земский собор, Дмитрий Михайлович решил вступить в переговоры с новгородцами, которые в это время отпали от Московского государства и считали себя подданными шведского королевича Карла-Филиппа. Он знал о том, что шведы крайне враждебно относятся к полякам, и надеялся заручиться их поддержкой.
Однако быстро менявшаяся обстановка не позволила довести переговоры до конца. Сначала в Ярославле был раскрыт организованный Заруцким заговор по убийству Пожарского. Из-под Москвы от Трубецкого прибыли посланцы с известием о приближении к столице многочисленного польского войска под руководством гетмана Хоткевича. Руководитель первого ополчения просил о помощи.