Обе повстанческие армии объединяются под стенами Москвы в конце октября. Главнокомандующим становится Болотников. Он ведет осаду столицы до начала декабря. Положение Шуйского порой критическое. Но мобилизация сил и средств, проведенная властями, измена дворян — переход на сторону Шуйского, отсутствие в лагере Болотникова «царя Дмитрия» (а москвичи требовали показать его), активная агитация правительства и церкви против восставших, превосходство карателей в организованности и вооружении привели к поражению болотниковцев под стенами Москвы — в селе Коломенском и его окрестностях.
Болотников с остатками повстанцев отходит к Калуге. Другим опорным пунктом восстания становится Тула, куда перебирается из Путивля с войском «царевич Петр». Болотников и воеводы «Петра», в том числе в боярин князь А. А. Телятевский, бывший в свое время владельцем холопа Болотникова, не раз громят царские армии, сами подчас терпят неудачи. Калужско-Тульский период этого этапа Крестьянской войны заканчивается осенью 1607 года переговорами «царевича» и Болотникова, объединившихся в Туле, с царем Шуйским и капитуляцией при условии сохранения жизни участникам движения. Но царь и здесь нарушил клятву — вскоре казнили обоих предводителей и многих их сподвижников.
Восстание Болотникова — кульминация Крестьянской войны. Она охватила десятки уездов Европейской России — ее центра, северо-запада (Псков и др.), северо-востока (Пермь и Вятка), Поволжья (Астрахань и др.), южные районы. В ряде мест восстание началось до Болотникова и продолжалось долгие годы после его поражения.
Еще летом 1607 года объявился второй Лжедмитрий и его обещания «прежней вольности» приводят к самозванцу много новых повстанцев из русских простолюдинов. Снова они надеются с помощью «доброго царя Дмитрия» добиться заветной воли, освобождения от боярского ярма.
Народное движение на этом этапе, в 1608-м и последующие годы, сильно осложняется вмешательством интервентов и разгорающейся национально-освободительной борьбой. Лжедмитрий пришел летом 1608 года к Москве и расположился в Тушине («Тушинский лагерь»), и здесь «царика», или «тушинского вора», как его вскоре прозвали, окружают польские шляхтичи и русские «перелеты» (бояре и дворяне, перебежавшие от Шуйского). Сюда же шли крестьяне, холопы, казаки. Всего собралось до 40 тысяч человек.
Но насилия и грабежи иноземцев, приспешников самозванца быстро оттолкнули от него народные низы. От поддержки они переходят к борьбе с ним, с иноземными захватчиками. Классовая борьба, продолжающаяся в этом и следующие годы, все больше переплетается с национально-освободительной борьбой против польско-литовских и шведских феодалов.
Еще в 1608 году к Лжедмитрию II приходят польские отряды Лисовского и Ружинского, действуют в составе его войска. Его «признает» Марина Мнишек. Прибыв в Тушино, она тайно с ним обвенчалась. Сюда же прибыл Ян Сапега, крупный литовский магнат, с войском. Снова самозванца поддерживают папа римский, католики, надеясь провести в России церковную унию. Польские и литовские паны захватывают русские города и уезды, грабят население. Ведут они себя в России как завоеватели, интервенты. 16 месяцев осаждают, но безуспешно, Троице-Сергиев монастырь.
Население дает отпор интервентам в северо-западных, северных, поволжских уездах. Положение правительства Шуйского сильно осложнилось, и он вынужден просить шведского короля о военной помощи. По февральскому 1609 года договору Швеция выделяет 15-тысячный корпус Якова Делагарди. В уплату Шуйский уступает королю город Корелу с уездом.
Скопин-Шуйский, племянник царя, с русским и шведским войсками освобождает северо-западные уезды, громит тушинцев, отгоняет поляков от Троице-Сергиевой обители. Его вступление в Москву привело к распаду тушинского лагеря, самозванец перебрался в Калугу.
Но осенью 1609 года началась открытая интервенция Речи П ос политой— армия Сигизмунда III приступила к осаде Смоленска. К городу направилось русское войско, но под Клушином гетман С. Жолкевский наголову его разгромил. К Москве снова подошел Лжедмитрий II. В этой обстановке В. И. Шуйского, окончательно дискредитировавшего себя, 17 июля 1610 года постригли в монахи. Началось правление «седмочисленных бояр» во главе с князем Ф. И. Мстиславским («семибоярщина»).
Бояре приглашают на русский престол польского королевича Владислава, сына Сигизмунда III. К королю направили посольство для переговоров об этом. А тем временем интервенты Жолневского, по приглашению тех же бояр, вошли в Москву. Самозванец снова бежит в Калугу, где вскоре погибает от руки одного из служивших ему татарских князей.
Всеми делами в государстве стали вершить интервенты во главе с Гонсевским и русские изменники — боярин Салтыков и купец Андронов. Бесчинства интервентов в Москве, ближних и дальних уездах вызвали- нарастание национально-освободительного движения в стране.
Жители многих городов и уездов создают отряды, бьют интервентов, объединяют свои силы. В 1611 году организуют^Первое ополчени^ во главе с боярами князем Трубецким, Заруцким (донской казацкий атаман, начавший служить второму самозванцу с самого начала его похода в Россию) и думным дворянином П. Ляпуновым, рязанским воеводой. Их силы подошли к Москве, завязали сражения с интервентами на ее улицах и площадях. Но враги подожгли Москву, и ополченцы вышли из города. Началась его осада. Разногласия между вождями ополчения, трения между дворянами и казаками закончились гибелью Ляпунова под казацкими саблями.
3 июня 1611 года польское войско взяло Смоленск. А Сигизмунд заявил о своем намерении стать русским царем. Положение еще больше осложнилось тем, что шведы Делагарди захватили Новгородскую землю, ее митрополит Исидор и воевода князь Одоевский согласились на избрание русским царем сына шведского короля.
По существу происходит распад Русского государства, которое интервенты рвут по частям.
Над Россией нависла реальная угроза потери национальной независимости. В этой тяжелейшей обстановке судьбу страны, восстановление ее государственности взял в свои руки народ России. В Нижнем Новгороде по инициативе Кузьмы Минина, «говядаря» — торговца мясом, земского старосты, осенью 1611 года создается^Цторое ополчениеГугавшее постепенно всенародным. Военным его главой поставили князя Дмитрия Михайловича Пожарского, геройски сражавшегося против интервентов в Москве в марте 1611 года. К ополчению присоединяются один за другим поволжские, северно-русские, подмосковные города и уезды. Через Кострому и Ярославль, Ростов и Переславль-Залесский ополчение, пополняясь по пути воинами, оружием и припасами, двигалось на Москву. В конце июля — начале августа 1612 года ополченцы подошли к столице. Заруцкий бежал из-под Москвы в Коломну, вел военные действия под Рязанью, затем укрылся в Астрахани. Трубецкой со своими отрядами остался.
С конца августа начались сражения и стычки ополченцев с интервентами, засевшими в Москве. В конце октября захватчики капитулировали. Попытки Сигизмунда организовать новый поход на Москву не удались. Под Волоколамском его отряды потерпели поражение. В русской столице созвали земский собор, и он избрал царем Михаила Федоровича Романова, родственника царя Ивана Грозного и его сына Федора Ивановича (первая жена Грозного Анастасия была из рода Романовых).
Выступления низов против феодалов не прекращались и в годы самого сильного обострения борьбы с интервентами (1609—1612). Восставшие в центральных уездах громят имения бояр и дворян, речные суда богатых купцов. Крестьяне северных и северо-восточных монастырей не вносят платежи, не работают на духовных феодалов. То же происходит в Поволжье, где повстанцы осаждают Нижний Новгород и Казань, захватывают Чебоксары, Цнвнльск, Санчурск и другие города. На северо-востоке в руки восставших переходят Вятский уезд, город Котельным. Острая социальная борьба продолжается многие годы в Астрахани и Пскове, их округах. Астрахань долго, ио безуспешно осаждает царское войско Ф. И. Шереметева. Во Пскове ожесточенные схватки между сбольшими людьми» и сменьшнми людьми» приводят даже к тому, что фактическим главой местной власти в 1609 году становится трепальщик льна, то есть ремесленник, смужик простой» Тимофей Кудекуша Трепец. Ситуация здесь меняется довольно быстро — верх берут то богатые и знатные, то бедные псковичи. В следующем году снова установилось «смердов самовластье», а воеводы и бояре не пользовались никаким влиянием.