До поры до времени церковники прощали самозванцу его подозрительные связи с католиками и протестантами. Но они окончательно прониклись недоверием к царю, когда тот решил поправить за счет церкви свои финансовые дела. У Иосифо-Волоколамского монастыря он взял три тысячи рублей, у Кирилло-Белозерского — пять тысяч. С мелких монастырей, которых было великое множество, трудно было получить такие суммы. Зато из казны крупнейшего в стране Троице-Сергиева монастыря Лжедмитрий заимствовал тридцать тысяч рублей. Духовенство опасалось, что такого рода займы были лишь началом. В самом деле, в кругу польских советников-протестантов Отрепьев охотно обсуждал проекты частичной секуляризации доходов церкви и обращения их на нужды казны и дворянства. Подобного рода меры, без сомнения, нашли бы поддержку среди скудеющего дворянства, с жадностью взиравшего на несметные богатства монастырей.
Помолвка царя с Мариной Мнишек подлила масла в огонь. Фанатики честили царскую невесту как еретичку и язычницу. Казанский архиепископ Гермоген требовал вторичного крещения польской «девки». Но патриарх Игнатий не поддержал его. В угоду царю льстивый грек соглашался ограничиться церемонией миропомазания, которая должна была сойти за отречение от католичества. Лжедмитрию удалось сломить сопротивление духовенства. 10 января 1606 года близкие к нему иезуиты сообщили, что противники царского брака подверглись наказанию, но никто из них не предан казни. Лжедмитрий сам поведал об этом вернувшемуся из Польши Бучинскому в таких выражениях: «Кто из архиепископов начали было выговаривать мне, упрямиться, отказывать в благословении брака, и я их поразослал, и ныне никакое человек не смеет слова молвить и во всем волю мою творят». Первым наказанию подвергся неугомонный Гермоген. Архиепископа отослали в его епархию в Казань и там заключили в монастырь. Церковная оппозиция приумолкла, но ненадолго. Агитация против самозванца не прекращалась. Ее исподволь разжигали бояре-заговорщики, князья церкви и монахи. Дело дошло до того, что юродивая старица Елена стала предсказывать царю смерть на брачном пиру. Лжедмитрию тотчас сообщили о ее пророчестве. Но он посмеялся над ним.
В Путивле самозванец с успехом мистифицировал немногочисленное население и ратных людей. Будучи на троне, он попытался обмануть весь народ. Эта задача оказалась несравненно более трудной. Опасность положения Отрепьева заключалась в том, что его самозванство перестало быть тайной как для его противников, так и для приверженцев. О самозванстве «Дмитрия» толковали как в России, так и за рубежом.
Некогда изменники братья Хрипуновы, сбежавшие в Литву, первыми «вызнали» в беглом монахе Дмитрия. После воцарения Отрепьева Хрипунов вернулся в Россию. На границе он встретил давнего знакомого — капитана С. Боршу, проделавшего с «царевичем» путь от Путивля до Москвы. Взяв с Борши клятву молчать, Хрипунов сообщил ему, что в Москве уже дознались, что царь — не истинный Дмитрий, и скоро с ним поступят как с самозванцем. Подобные разговоры велись не только в дорожных трактирах, на улицах, но и во дворце, в покоях ближайших сподвижников царя. Однажды после дружеской попойки царский телохранитель Конрад Буссов задержался в доме у Петра Басманова. Гости разошлись, и, оставшись наедине с хозяином, немец спросил его, действительно ли царского происхождения их государь. Басманов ответил: «Молись за него, хотя он и не сын царя Ивана Васильевича, все же теперь он нам государь…»
Самозванец еще сидел на троне, а его знатные противники готовы были перессориться из-за того, кто наследует корону. Из дипломатических соображений бояре подумывали о том, чтобы преподнести шапку Мономаха Владиславу. Кандидатура принца могла предотвратить раскол, который неизбежно привел бы к крушению заговора. Но католический принц удовлетворял далеко не всех московитов. Противники Владислава вспомнили о царе Симеоне Бекбулатовиче, некогда посаженном на московский трон по воле самого Грозного. Толки насчет Симеона достигли дворца, и Отрепьев счел благоразумным покончить с мирской карьерой крещеного хана. 25 марта 1606 года Симеона постригли в монахи и увезли под стражей в Кириллов монастырь на Белоозеро.
В московском гарнизоне числилось несколько тысяч стрельцов. Пока эти стрельцы, охранявшие Кремль, были преданы царю, заговорщики не могли рассчитывать на успех. Однако к началу марта 1606 года среди кремлевских стрельцов была замечена «шатость». Многие открыто толковали, что царь — не истинный Дмитрий. Когда разговоры дошли до слуха Басманова, тот тайно учинил розыск. Семеро стрельцов были взяты под стражу. Обычно власти избавлялись от «изменников» без лишней огласки. На этот раз царь решил устроить показательный суд. В назначенный день стрельцы получили приказ собраться в Кремле без оружия. Государь появился перед ними в окружении немецкой стражи. Он вновь в который раз повторил затверженную речь о своем чудесном спасении и спросил, есть ли у них доказательства, что он не истинный царь. Много раз слышанные слова не производили прежнего впечатления. Однако все насторожились, когда самодержец предложил присутствующим открыто высказать причины недоверия к нему.
Наказание всех причастных к тайной агитации привело бы к массовым казням стрельцов. Самозванец не решился на такую меру, опасаясь лишиться военной опоры, и ограничился тем, что выдал семерых смутьянов на расправу их товарищам. Думный дворянин Григорий Микулин подал знак верным стрельцам, и осужденные были растерзаны вмиг. Трупы казненных провезли в открытой телеге по всему городу для устрашения заговорщиков. Столичное население по-разному реагировало на страшную казнь. Простой народ негодовал на изменников, предавших «доброго» царя. Противники самозванца на время притихли.
Политические настроения в стране был и достаточно сложными. Даже те социальные прослойки и группы, которые ранее выступали на стороне Лжедмитрия, все больше обнаруживали свою ненадежность. Весной 1605 года яицкие казаки отправились в разбойный поход в Среднюю Азию, не откликнувшись на призыв Лжедмитрия оказать ему помощь.
Тогда же на Тереке появился новый самозванец, принявший имя царевича Петра. Среди терских казаков, затеявших интригу, было немало ветеранов московского похода Лжедмитрия I. Они открыто досадовали на «лихих бояр», по настоянию которых «добрый царь» рассчитал ветеранов, проливших за него кровь, и отправил их из столицы по домам. Собрав круг, терские казаки решили идти в поход на Волгу. Их отряд в несколько сот человек перешел с Терека в устье Волги и, пройдя мимо Астрахани, устремился к Царицыну. Терским атаманам не приходилось заботиться о пополнении своих сил. «Черный» народ толпами стекался к ним со всех сторон. Повстанцы заняли три волжских городка и забрали найденные там пушки. Они упорно продвигались вверх по Волге на север, громя по пути купеческие караваны. Вскоре под знаменами «Петра» собралось до четырех тысяч человек.
Повстанцы отправили гонцов в Москву с письмом к «Дмитрию». В летописи поздней редакции содержится малодостоверное известие о том, что Петрушка «писал ростриге, претя ему нашествием своим ратию, да не медля снидет с царского престола». На самом деле, как справедливо отметил В. И. Корецкий, переписка повстанцев с Лжедмитрием носила в целом дружественный характер.
Отношение бояр и Лжедмитрия к восставшим было неодинаковым. Знать не сомневалась в том, что казаки готовы посчитаться с «лихими» боярами, из-за которых они «избыли» царской службы и жалованья. Отрепьев длительное время сам возглавлял повстанческое движение и на этот раз рассчитывал повернуть его в нужное русло. В конце апреля 1606 года Лжедмитрий послал к «Петру» доверенного дворянина Третьяка Юрлова с письмом. По словам С. Немоевского, он определенно признал «царевича» своим племянником и пригласил его в Москву, обещая владения. Скорее всего, пишет Немоевский, Лжедмитрий хотел заполучить в свои руки нового самозванца, опасаясь от него затруднений, а может быть, царь намерен был хорошо с ним обойтись. Я. Маржарет излагает содержание письма несколько иначе. По его словам, «Дмитрий» с некоторой уклончивостью писал казацкому «царевичу», что если он — сын его брата Федора, то пусть будет желанным гостем; если же он не истинный, то пусть удалится прочь. К грамоте прилагалась подорожная, предписывавшая выдавать «царевичу Петру» корм на всем пути в Москву. Сам «Петр» изложил смысл царского обращения к нему следующим образом: «Из-под Астрахани казаки пошли вверх Волгою к Гришке ростриге [ко] двору и дошли до Самары, и тут-де их встретили от ростриги под Самарою с грамотою, и Третъяк Юрлов велел им идти к Москве наспех».