В избирательной кампании Годунова народные манифестации были средством давления на Боярскую думу и послужили ступенькой к правильно созванному Земскому собору. При избрании Шуйского выкрики толпы заменили народные манифестации, а Земский собор так и не был созван.
Бояре и князья церкви многократно судили Василия Шуйского как изменника. При царе Федоре князь Василий был сослан в ссылку по их приговору, при Лжедмитрии I осужден на смерть. В царствование Бориса члены думы не раз оскорбляли Шуйского в угоду государю, а Михаил Татищев (будущий угодник князя Василия) дошел до «рукобития» — публично дал боярину пощечину.
Князь Василий не мог созвать Земский собор по той причине, что в высших палатах собора преобладали его противники. Будучи аристократом до мозга костей, Шуйский должен был апеллировать к народу, чтобы преодолеть сопротивление бояр и князей церкви. Помимо того, Василий Шуйский считал себя государем по праву рождения, а не по праву земского собрания.
В момент наречения на царство в Успенском соборе Шуйский произнес речь, обещая подданным править милостиво, «а которая де была грубость (ему. — Р. С.) при царе Борисе, никак никому не мстить (за эту грубость. — Р. С.)». Близкие к Шуйскому бояре пытались удержать его от дальнейших нарушений ритуала, говоря, что «в Московском государстве того не повелося». Но Василий не послушал их и принес присягу «всей земле».
Бояре опасались покушений казны на их вотчины и желали обезопасить себя от царских опал. Все это нашло отражение в знаменитой крестоцеловальной записке Шуйского от 19 мая 1606 года. Некоторые историки усматривали в записи Шуйского содержание, уподобляющее ее статьям Великой хартии, обеспечивавшим правосудие каждому свободному человеку. В. О. Ключевский считал запись актом, ограничивавшим власть самодержца в пользу бояр. Однако на неосновательность такой оценки указывал уже С. Ф. Платонов.
По традиции дума являлась высшей судебной инстанцией в государстве. Грозному пришлось ввести опричнину, чтобы узаконить свои опалы и конфискации. Запись Шуйского символизировала возврат к традиции, нарушенной опричниной. Царь Василий обязался уважать традицию и клятвенно обещал, что никого не казнит смертью, «не осудя истинным судом с бояры своими». Опалы вели к переходу родовых земель в казну, что беспокоило бояр более всего. Дума добилась четкого указания на то, что без боярского суда царь не мог отобрать вотчины, дворы и пожитки у братьев опальных, их жен и детей. «Черных торговых людей» царь мог казнить без бояр «по суду и сыску». Но и в этом случае казна лишалась права отбирать дворы, лавки и «животы» (имущество) у жен и детей опального человека. Шуйский обещал не слушать наветы, строго наказывать лжесвидетелей и доносчиков, дать стране справедливый суд.
После царского наречения власти должны были позаботиться об избрании главы церкви. Приверженцем Шуйского был крутицкий митрополит Пафнутий, давний покровитель Отрепьева в Чудовом монастыре. Он сыграл не последнюю роль в избрании князя Василия на трон. Теперь он рассчитывал разделить с ним плоды его успеха. Но когда дума и Священный собор начали совещаться насчет избрания патриарха, сторонники Шуйского оказались в трудном положении. Им не удалось провести на патриарший престол Пафнутия. Не прошла также и кандидатура Гермогена, самого рьяного из противников Лжедмитрия. В конце концов дума и высшее духовенство пошли на компромисс и решили возвести на патриарший престол представителя знатной боярской семьи Филарета Романова.
После свержения Годуновых Романов был освобожден из заточения. Но Лжедмитрий I не спешил приблизить ко двору семью, которой некогда сам служил как кабальный холоп. Вплоть до апреля 1606 года старец Филарет жил не удел в Троице-Сергиевом монастыре. Лишь в последние недели своего недолгого правления Отрепьев в страхе перед могущественной боярской аристократией пытался найти поддержку у Романовых. Останки опальных Романовых были извлечены из земли и перевезены в Москву для захоронения. Самозванец не оставил своими милостями даже малолетнего сына Филарета. В царской казне хранились «посохи: …рога оправлены золотом с чернью». Согласно казенной описи, один посох был снабжен ярлыком, «а по ерлыку тот посох Гришка Отрепьев Рострига поднес… Михаилу Федоровичу». Лжедмитрий не церемонился с духовенством: он отправил на покой ростовского митрополита Кирилла, а митрополичью кафедру тут же передал Филарету Романову.
Почему при выборе патриарха дума и духовенство отдали предпочтение Филарету Романову, получившему сан митрополита из рук Лжедмитрия? Очевидно, в думе оставалось слишком много людей, всецело обязанных Отрепьеву карьерой. Они боялись за свое будущее и избегали крутых перемен. Матерью Ф. Н. Романова была княжна Е. А. Горбатая-Шуйская. Как некогда Борис Годунов после своего избрания, так и Василий Шуйский одинаково пытались привлечь на свою сторону род Романовых. Но ни тому, ни другому это не удалось.
Вдень наречения на царство Василий Шуйский велел убрать тело Лжедмитрия с Красной площади. Труп Отрепьева привязали к лошади и выволокли в поле за Серпуховские, или Болвановские, ворота. Там его бросили в «Убогий дом», куда собирали умерших бездомных бродяг, которых некому было хоронить. «Убогий дом» был переполнен до краев. Туда доставили всех погибших в день кровавого переворота, три дня валявшихся на улицах столицы для устрашения сторонников Лжедмитрия. Исключение было сделано для одного Петра Басманова. Царь Василий разрешил Ивану Голицыну похоронить Петра Басманова в ограде семейной церкви.
Тревога в столице не улеглась. В городе много толковали о знамениях, предвещавших новые беды. Когда труп самозванца везли через крепостные ворота, налетевшая буря сорвала с них верх. Потом грянули холода, и вся зелень в городе пожухла. Из уст в уста люди передавали вести о чудесах, творившихся подле трупа «Дмитрия». Ночные сторожа видели, как по обеим сторонам стола, на котором лежал царь, из земли появлялись огни. Едва сторожа приближались, огни исчезали, а когда удалялись — загорались вновь. Среди глухой ночи прохожие, оказавшиеся на Красной площади, слышали над окаянным трупом «великий плищ, и бубны, и свирели, и прочая бесовская игралища». Приставы, бросившие тело Отрепьева в «божий дом», позаботились о том, чтобы запереть ворота на замок. Наутро люди увидели, что мертвый «чародей» лежит перед запертыми воротами, а у тела сидят два голубя. Отрепьева бросили в яму и засыпали землей, но вскоре его труп обнаружили совсем в другом месте. Произошло это, по словам Буссова, на третий день после избрания Шуйского. По всей столице стали толковать, что «Дмитрий» был чародеем-чернокнижником и «подобно диким самоедам» мог убить, а затем оживить себя. Власти были встревожены и долго совещались, как бы покончить с мертвым «колдуном». По совету монахов тело расстриги увезли в село Котлы под Коломенским и там сожгли. При жизни Отрепьев велел соорудить там подвижную крепостицу, на стенах которой были намалеваны черти. Москвичи прозвали эту крепостицу «адом». Царь Василий уверял бояр, будто Лжедмитрий намеревался истребить их во время военных потех у стен крепостицы. По этой причине тело самозванца было сожжено вместе с «адом».
Немецкий купец Г. Паэрле записал слух о том, что пепел убитого царя собрали, зарядили в пушку и выстрелили. Недостоверность этого слуха очевидна. Прах Отрепьева невозможно было отделить от углей и пепла сожженной крепостицы. Буссов и другие авторы кратко отмечают, что прах Лжедмитрия был развеян по ветру.
Что бы ни предпринимали власти, им не удалось успокоить народ. Сторонники Лжедмитрия, преодолев растерянность и замешательство, стали готовить почву для свержения Шуйского. По-видимому, они надеялись спровоцировать беспорядки в столице, направленные против власть имущих, а также против «литвы», с тем чтобы осуществить контрпереворот.