Семья Романовых была разгромлена. Подвергся опале и жестокому истязанию и другой видный деятель той эпохи — Б. Я. Вельский. Его обвинили в попытке отравить царя. По приказу Годунова Вельскому выщипали волос за волосом его густую и длинную бороду и отправили в ссылку. «Новый летописец» повествует, что в борьбе с боярами Борис натравливал на них их холопов, поощряя и награждая доносчиков: «Люди же боярские всех дворов… начата умышлять всяк над своими болярином, и зговоряхуся меж себя человек по пяти, и по шести, един идяше доводить, а тех поставляше в свидетелех… И от такова же доводу в царстве бысть велия смута, яко же друг на друга довожяху, и попы, и чернецы, и пономари, и проскурницы (просвирницы. — С.Ш.). Да не токмо сии прежреченные людие, но и жены на мужей своих доводиша, а дети на отцов». Эта вакханалия доносов, явившаяся следствием мнительности царя, стала прелюдией к грядущей распре, охватившей всю страну.
Расправа с видными боярскими родами произвела большое впечатление на общество. Впоследствии многие современники видели в ней одну из причин несчастий, постигших Годунова и все государство при его правлении. Так считал, например, Авраамий Палицын, который писал, что ужасное народное бедствие — голод — явилось наказанием за грех правителя — ссылку Никитичей, а также за «премногиа» грехи «мира», т. е. всех жителей государства.
В 1601–1603 гг. на Россию обрушился недород и страшный голод. Внезапный мороз, снег и частые дожди три года подряд губили урожай. Установлено, что причиной природных катаклизмов было извержение перуанского вулкана Уайнапутина в 1600 г., которое повлекло за собой так называемую «вулканическую зиму». В эти годы пепел так сильно загрязнял атмосферу, что не давал пробиться к земле солнечным лучам, что привело к сильному похолоданию.
Русский автор, живший где-то в районе Шацка (в Рязанском крае), пишет: «Много людей с голоду мерло, а иные люди мертвечину ели и кошки, и люди людей ели, и много мертвых по путем валялось и по улицам и много сел позапустело, и много иных в разные града разбрелось, и на чюжие страны помроша и без покаяния и даров причастия, и отцы чад своих и матери невзведоша, а чады отец своих и матерей». Вторит ему и К. Буссов, служивший в столице: «… Я собственными глазами видел, как люди лежали на улицах, и подобно скоту пожирали летом траву, а зимой сено. Некоторые были уже мертвы, у них изо рта торчали сено и навоз, а некоторые пожирали человеческий кал и сено. Не сосчитать сколько детей было убито, зарезано, сварено родителями, родителей — детьми, гостей — хозяевами. Человеческое мясо, мелко-мелко нарубленное и запеченное в пирогах, т. е. паштетах, продавалось на рынках за мясо животных и пожиралось… Ежедневно повсюду на улицах по приказу царя подбирали сотни мертвецов и увозили их в таком множестве телег, что смотреть было страшно и жутко».
Смертность достигала огромных размеров. Авраамий Палицын сообщает, что в трех скудельницах (братских могилах) под Москвой было похоронено 127 тысяч человек. Вероятно, эти данные сильно преувеличены, но несомненно, что счет умерших шел на десятки тысяч.
Царь Борис как мог боролся с бедствием. Он повелел раздавать деньги и хлеб нуждающимся, организовал масштабные строительные работы в Москве, с тем чтобы прокормить население. Именно тогда в Кремле началось строительство «Святая Святых» — модели иерусалимского храма Гроба Господня, не завершенное из-за начавшейся войны с Лжедмитрием I. По сообщению Пискаревского летописца, ежедневно из царской казны раздавалось милостыни «по триста и по четыреста Рублев и выше». Энергичные меры царя по оказанию помощи страдающему от голода народу не давали своего результата — приток голодающих, устремившийся в столицу, привел к быстрому истощению казенных запасов. В то же время монастыри и бояре предпочитали придерживать свои запасы зерна, наживаясь на бедствии.
Результатом голода стало широкое распространение разбойничьих шаек, в которые собирались боярские холопы из опальных дворов, а также распущенные господами, которые не могли их кормить, и обнищавшие крестьяне. Сражение между отрядом царского воеводы Ивана Федоровича Басманова и целой армией мятежников под началом атамана Хлопка произошло под самой столицей. Басманов был убит, но разбойники потерпели поражение, а их атаман был взят в плен и повешен. Остатки армии Хлопка бежали на русско-литовское пограничье. Воеводы Годунова ловили и вешали мятежников, но волнение улеглось лишь ненадолго. Надвигались грозные события…