Приказы ведали отдельными отраслями государственной жизни или даже отдельными регионами государства. Само название «приказ» происходит от того, что эти функции управления стали поручаться — «приказываться» — служилым людям. При Иване Грозном сформировалось уже около двух десятков приказов, впоследствии их число увеличилось более чем вдвое. Одним из первых приказов стал Посольский, занимавшийся внешней политикой государства. Поместный приказ ведал распределением поместий (земельных наделов) между служилыми людьми, Разрядный — военной службой бояр и дворян, Пушкарский — артиллерией, Разбойный боролся с «лихими людьми», разбойниками, Ямской отвечал за организацию ямской (почтовой) службы и сбор податей с населения на ее содержание. Некоторые приказы занимались отдельными территориями государства. Так, после присоединения Казанского и Сибирского ханств возникли приказ Казанского дворца, а затем — Сибирский приказ.
Приказами управляли дьяки (один или несколько), в подчинении у которых находились подьячие. Подьячие вели все делопроизводство, формой которого были столбцы, т. е. свитки склеенных друг за другом листов бумаги, достигавшие иногда нескольких десятков метров в длину. В приказах царило взяточничество; «московская волокита» — затягивание решения дел и вымогательство — вскоре стала одной из типичных черт Москвы XVI–XVII вв. Толпы челобитчиков наполняли город, «волочась» из приказа в приказ. Искателям правды предлагали свои услуги «безместные», т. е. безработные, подьячие, собиравшиеся на Ивановской площади Кремля, возле зданий центральных приказов. За определенную мзду они составляли челобитную и поучали приезжего, как ему вести свое дело в хитросплетениях московской бюрократической системы.
Нравы приказного сословия ярко описывает немец-опричник Генрих Штаден, живший в Москве в эпоху Ивана Грозного. «В каждом приказе, или в судной палате, — пишет Штаден, — было два воротника; они отворяли дверь тому, кто давал там деньги; если у кого нечего было дать, ворота оставались закрытыми. А кто хотел прорваться силою, тех с силой били по голове палкой». Тем несчастным, у которых не было денег, приходилось просить именем Господа и уповать на хорошее расположение духа сторожей. Мздоимство дьяков и подьячих даже вопию в поговорку. В 1699 г. игумен Ефрем, поехавший в столицу по делам Устюжской епархии, сообщал архиепископу Александру: «Без дарственного воздаяния не может Москва никаких дел делать… Говорят, не обинуясь, что от того же дела, мы есть, де хотим».
Дьяки и подьячие стояли на более низкой ступени социальной лестницы, чем дворяне. Они происходили из разных сословий — худородного дворянства, торгового сословия, духовенства. В то же время влияние и состояние многих дьяков (особенно думных) было гораздо более значительным, нежели у большинства провинциальных дворян. Их дворы находились в Китай-городе и Белом городе. Например, двор Андрея Щелкалова на Ильинском крестце был столь представителен, что на нем было не стыдно разместить жениха царевны Ксении королевича Иоганна с его свитой. Неподалеку, на Ильинке, располагался двор видного деятеля Смутного времени, члена боярского правительства царя «Владислава Жигимонтовича» думного дьяка Ивана Тарасьевича Грамотина.
С XIV в. в столице выделилась многочисленная прослойка богатого купечества. Сердцем торговой Москвы стал, как уже говорилось, Китай-город, где размещались и склады, и лавки, и купеческие дворы. Однако в XVI в. московское купечество подверглось тяжелым испытаниям. В результате опричных поборов и репрессий, эпидемии чумы и страшного пожара 1571 г. московское купечество утратило свою платежеспособность, а многие купцы лишились не только товаров и состояния, но и жизни. Это вынудило Ивана Грозного прибегнуть к насильственному переселению в Москву купцов из Переславля, Новгорода, Твери, Торжка, Мурома, Белоозера, Вязьмы, Балахны, Пскова и других городов. В результате привилегированный слой провинциального купечества практически прекратил свое существование, а Москва «приросла» новыми представителями третьего сословия. Впрочем, практика «сводов» лучших купцов и ремесленников в Москву использовалась еще Иваном III и Василием III. Так, в 1514 г., после завоевания Смоленска, в Москву были переведены смоленские купцы, которые вскоре заняли видное положение в иерархии московского купечества благодаря тому, что вели активную торговлю с Западной Европой.
В 80-е гг. XVI в. купечество получает ряд пожалований, растет число и укрепляется значение высшей купеческой корпорации — гостей (к концу XVI в. известно 70 членов этой корпорации). Исследователи считают, что Годунов стремился противопоставить своим политическим противникам князьям Шуйским новое купечество, которое своим влиянием и состоянием было целиком обязано правительству. Эти меры далеко не всегда имели успех.