В 1558 г. Иван IV обратил свое внимание на запад и вступил в войну с Ливонским орденом за выход к Балтийскому морю. Главной задачей этой войны было получение возможности свободной морской торговли с Западной Европой. Первоначально успех был на стороне русских войск. Орденское рыцарское войско не могло противостоять многочисленным отрядам дворянской конницы, стрельцов и татар. Один за другим переходили в руки воевод ливонские (прибалтийские) города. Но в 1561 г. на стороне Ордена выступила Польша, и России пришлось иметь дело с более сильным противником. Наступила полоса неудач.
Поражения в Ливонской войне обострили взаимоотношения Ивана IV со своими советниками. К этому времени энергичный царь тяготился опекой Сильвестра и Адашева, и без колебаний пошел на разрыв с ними. Правительство Избранной рады пало, и начались репрессии против воевод. Эта политика вызвала протесты со стороны боярства и дворянства, что еще более усугубило конфликт царя с правящим сословием. В декабре 1564 г. Иван IV неожиданно провозгласил, что оставляет трон. После двух недель путешествия по Подмосковью государь обосновался в Александровой слободе, бывшей старинной вотчиной московских князей. Туда к нему и отправилась с униженными мольбами делегация Боярской думы. После переговоров с боярами царь согласился вернуться на престол, но выдвинул условием создание особого учреждения — опричнины и получение бесконтрольного права казнить «изменников». Само слово «опричнина» в старину обозначало особенный удел вдовы. Представляется, что царь, не чуждый мрачного юмора, избрал это наименование с той же иронией, с какой Екатерина II именовала себя «бедной вдовой».
Опричнина явилась своеобразным государством в государстве. Под нее выделялись значительные территории, было создано опричное войско (из прежнего служилого сословия, дворян, которые проходили жесткий отбор) и особый аппарат управления. Главной задачей новых слуг царя — опричников — стало изобличение измен и заговоров, которые, по мнению Ивана IV, постоянно зарождались в земщине — второй половине государства. Начался семилетний период страшных репрессий и террора. Казням и пыткам подвергались люди различных сословий. Встав во главе опричного войска, Иван IV, получивший вследствие своей жестокости прозвище Грозный, громил целые города, тысячами уничтожая ни в чем не повинных людей. Тверь и Новгород были разгромлены наподобие вражеских городов, массовые казни производились в Москве. Головы казненных «метали» под ворота боярских домов, обитателей которых царь пока еще не обвинял напрямую, но таким страшным образом предупреждал. Опричники громили вотчины опальных бояр и дьяков, без жалости истребляя дворовых и крестьян. Опричники зверствовали как по воле царя, так и по своему почину, обогащаясь за счет земских.
Опричнина была отменена столь же внезапно, как и введена, — в 1572 г. Впоследствии, вплоть до самой смерти, Иван Грозный многократно прибегал к террору, но подобного размаха казни уже не достигали. Смысл опричнины долго был и до сих пор является темой научных дискуссий. Одни ученые видели его в борьбе Грозного с боярской оппозицией, другие — в ликвидации последствий феодальной раздробленности (независимость Новгорода, самостоятельность Церкви, княжеское землевладение). В. Б. Кобрин предположил, что опричнина стала альтернативой реформам Избранной рады. Это был хирургический путь мероприятий, направленных на централизацию, вместо терапевтического пути, связанного с постепенным реформированием системы. Существует, наконец, и такая точка зрения — боярские заговоры были реальностью и опричнина была направлена против измены и являлась инструментом в создании мощной государственности. Именно так смотрел на опричнину Сталин, и в настоящее время находится немало поклонников этой позиции. Скорее всего, опричнина была универсальным средством в борьбе со всем, что представлялось царю противостоящим его неограниченной власти и эффективному управлению государством (Иван Грозный соединял эти два понятия в неразрывное целое). И она действительно создала неограниченное самодержавие, или, вернее, деспотизм Ивана Грозного. Однако для страны он стал не благом, а катастрофой.
Опричнина ужаснула и поразила современников. Уже авторы исторических повестей начала XVII в. видели в ней истоки будущей гражданской войны. Дьяк Иван Тимофеев писал, что царь Иван «всю землю державы своея яко секирою наполы (пополам)… рассече» и «крамолу междоусобную возлюби, и во едином граде едины люди на другие пусти». Семена вражды и злобы — «лютости», по выражению той эпохи, — были посеяны в обществе и вызвали спустя двадцать лет после смерти Грозного социальный взрыв.