Троицкий монастырь был разорен — казна оскудела, стены, башни и строения были разрушены. Обитель наполняли больные и умирающие. Преодоление разрухи и восстановление монастыря легло на плечи нового архимандрита — Дионисия (Зобниновского). Он происходил из Старицы, где был архимандритом Успенского монастыря. Дионисий был известен своей праведной жизнью, красноречием и образованностью. Позднее, при царе Михаиле Федоровиче, Дионисий был приглашен в Москву для работы над исправлением богослужебных книг. Труды Дионисия на этом поприще навлекли на него обвинения в ереси, и лишь благодаря заступничеству иерусалимского патриарха Феофана он был освобожден из ссылки и вновь занял место архимандрита. После кончины Дионисия было составлено его житие, а в Троице-Сергиевом монастыре возникло его местное почитание. Ближайшим сотрудником Дионисия стал келарь Авраамий Палицын, возвратившийся в обитель вскоре после се освобождения от осады.
Приняв на себя заботы о восстановлении монастыря, троицкие власти также активно вступили в борьбу за освобождение государства. В течение 1610–1612 гг. грамоты с призывами подниматься на борьбу с поляками и «ворами» от имени архимандрита, келаря и всей братии рассылались в различные города. Дионисий и Авраамий поддержали Первое ополчение и призывали помогать ему «ратными людьми и казною». После мартовского пожара Москвы Троице-Сергиев монастырь стал пристанищем для многих раненых и лишившихся крова. К Троице был привезен и тяжело раненный князь Дмитрий Пожарский. После распада Первого ополчения троицкие власти продолжали поддерживать Трубецкого и Заруцкого и в октябре 1611 г. обращались ко всем русским людям: «Бога ради, положите подвиг своего страдания, чтобы вам всему общему народу, молите служилых людей, чтобы всем православным христианам быти в соединении, и служилые бы люди однолично, безо всякого мешкания, поспешили под Москву в сход, ко всем боярам и воеводам и всему множеству народа всего православного крестьянства».
Но до желаемого единения было еще далеко. Второе ополчение с первых дней своего существования с недоверием смотрело на «подмосковные таборы». Со временем это недоверие перешло в открытую вражду. Напрасно Дионисий и Авраамий призывали Пожарского спешить из Ярославля в Москву на помощь Трубецкому и Заруцкому. Глава Второго ополчения, по словам самого Палицына, послание троицких властей «в презрение положи» и «пребысть в Ярославле многое время».
Палицын безуспешно убеждал руководителей Второго ополчения в том, что Трубецкой целовал крест Лжедмитрию III «неволею», а сам «радееет соединения» с земскими воеводами. В Ярославле плохо верили в искренность бывшего тушинского боярина. Пожарский и Минин также понимали, что Трубецкой лишь формально именовался вождем «подмосковных таборов», гораздо большую власть имел атаман Заруцкий — явный враг Второго ополчения. Поэтому Пожарский не спешил с походом к Москве, укрепляя возглавляемое им движение, распространяя свой контроль на все большие территории, пополняя войско и казну.
К лету 1612 г. позиции Заруцкого были уже существенно ослаблены. Весь север, северо-восток и восток от Твери до Рязани и Касимова был занят отрядами земских воевод. Казаки еще сохраняли свою власть на юге, но и там было немало городов, поддерживавших Второе ополчение, — Калуга, Серпухов, Тула, Коломна. Присяга Лжедмитрию III еще более ухудшила положение Заруцкого. Его попытки бороться со Вторым ополчением потерпели поражение. Провалился и организованный им план убийства Пожарского. Начался отток служилых людей из подмосковных таборов в Ярославль. В их числе были не только дворяне, но и казаки — июньская грамота Пожарского называет имена 17 атаманов, пришедших к нему из-под Москвы.