«Манифест 17 октября» даровал такие гражданские свободы, как неприкосновенность личности, свобода совести, слова, собраний и союзов. И последние не замедлили появиться на российской политической арене — как в виде профессиональных и профессионально-политических союзов, так и в виде укрепляющихся действующих и создаваемых новых политических партий (в частности, таких, как Конституционно-демократическая партия, «Союз 17 октября», «Союз Русского Народа»). По сути, манифест стал серьезной победой демократических сил внутри страны, но крайние левые партии в лице большевиков и эсеров не поддержали его — они собирались получить власть не парламентским путем, а посредством вооруженного захвата власти, и выдвинули лозунг «Добить правительство!». Большевики прямо объявили о бойкоте создаваемой «законосовещательной» Думы и продолжали курс на вооруженное восстание, принятый еще в апреле 1905 года на III съезде РСДРП в Лондоне.
Подпитка революционных сил оружием из-за границы позволила им организовать ряд вооруженных антиправительственных выступлений. Высшей точки эти беспорядки, проходившие в Москве, Ростове-на-Дону, Екатеринославе, Харькове и других крупных городах, достигли в декабре 1905 года. Впрочем, лишенные стараниями русских пограничников значительной части средств для вооруженной борьбы, революционеры в противостоянии с войсками и полицией, который действовали, руководствуясь еще январским приказом Трепова о нецелесообразности лишних церемоний с бунтовщиками, потерпели в итоге поражение и были вынуждены перейти к тактике индивидуального террора против отдельных представителей власти и «капиталистов-эксплуататоров».
Выстрелы и взрывы гремели в то время по всей стране. Их жертвами из числа высших чиновников империи в описываемый период стали бывший военный министр генерал-адъютант В.В.Сахаров, тамбовский вице-губернатор Н.Е.Богданович, начальник Пензенского гарнизона генерал-лейтенант В.Я.Лисовский, начальник штаба Кавказского военного округа генерал-майор Ф.Ф.Грязнов, тверской губернатор П.А.Слепцов. Более того, эсерами готовилось покушение и на самого императора. Среди тех же, кто не относился к российской знати (мелкие чиновники, офицеры, сотрудники полиции, духовенство, землевладельцы, фабриканты и банкиры), только погибших от рук террористов с декабря 1905 по май 1906 года было более 300. Счет раненых шел уже на тысячи.
Масла в огонь подливали и проживавшие в России иудеи, принявшие самое активное участие в антиправительственных выступлениях, прошедших после опубликования «Манифеста 17 октября» во многих городах черты оседлости. Ответной реакцией лояльной правительству части общества стали выступления против революционеров, которые закончились еврейскими погромами. Крупнейшие погромы имели место в Одессе (погибло свыше 400 евреев), Ростове-на-Дону (свыше 150 погибших), Орше (свыше 100), Екатеринославе (67), Минске (54) и Симферополе (свыше 40).
Не лучше, чем в городах, была в то время ситуация и в деревне. Начиная с 1900 года, с мест регулярно поступали предупреждения правительству об обострении аграрного вопроса, тяжелой ситуации в деревне, обнищании и безземелье крестьян, их нарастающем недовольстве. Но сменявшие друг друга правительственные совещания по аграрному вопросу так и не привели к определенным результатам.
За опубликованием царского указа от 15 марта 1905 года, сделавшего возможной подачу всеми подданными через Сенат предложений по усовершенствованию государственного благоустройства, последовал целый поток предложений (наказов) сельских обществ. Стали очевидными недовольство сельского населения аграрным строем, стремление крестьянства к национализации помещичьих земель, степень проникновения в село эсеровских идей, еще более кристаллизовавшихся после создания в августе 1905 года Всероссийского крестьянского союза, стоявшего на аналогичных позициях.
С весны 1905 года резко усилились аграрные волнения (ими было охвачено около 20 процентов уездов), совпавшие по времени с заметным неурожаем. Все происходящее в то время на селе наблюдатели описывали по сути как революцию. Объявленная 5 апреля существенная льгота — облегчение в уплате продовольственных долгов за помощь при неурожаях прошедших лет — не оказала никакого положительного воздействия. Правительство Витте, более всего озабоченное поиском выхода из сложившейся революционной ситуации, а не земельной реформой, было вынуждено, не дожидаясь завершения работы бесконечно тянувшихся совещаний по аграрному вопросу, немедленно, не сформулировав определенные направления аграрной политики, отменить с 5 ноября 1905 года выкупные платежи крестьян.