1906 год также оказался крайне неурожайным и аграрные волнения с весны 1906 года возобновились с еще большей силой, достигнув своего исторического максимума — к июню число охваченных ими уездов по сравнению с 1905 годом выросло вдвое.
Достигшие своего пика в 1905–1906 годах выступления крестьян, имевшие в основном вид забастовок арендаторов помещичьих земель, самовольных порубок в помещичьих лесах, столь же самовольной запашки помещичьей земли и так называемой «разборки» имений, в 1907 году пошли на спад, и далее их интенсивность уменьшалась год за годом, до полного исчезновения к 1913 году. Тому способствовали как суровые меры по наведению порядка и пресечению революционных волнений в стране с использованием военных и полиции, так и начало полномасштабной аграрной реформы с реализацией реальных мероприятий по укреплению земли в собственность и проведением соответствующих землеустроительных работ. Продолжавшие же иметь место трения перешли в основном в форму протестов против землеустроения на таких условиях, которые казались крестьянами несправедливыми.
Впрочем, возвращаясь к событиям в столице и иных городах империи, следует сказать, что развернутый большевиками и эсерами террор все же дал свои плоды, и к весне 1906 года высшее российское руководство все более склонялось к мысли о необходимости очередных уступок обществу, которые смогли бы усмирить революционные проявления. Такие уступки правительство Витте, а точнее, сам Сергей Юльевич видел в наделении создаваемой Государственной думы правом не только лишь подачи законопроектных предложений государю императору, но и самостоятельного принятия законов.
Однако Николай II, человек, как признавали многие современники, достаточно мягкий (если не сказать слабовольный) в ряде иных вопросов, все попытки посягнуть на незыблемость своей власти воспринимал крайне болезненно и неохотно шел на компромисс. Витте в конце концов удалось уговорить его на изменение статуса Думы с законосовещательного на законодательный, но в свете непременного требования Николая II предусмотреть в законодательстве норму о необходимости окончательного одобрения всех принятых законов императором и права наложить вето на любой из них реальные полномочия Думы, по сути, по-прежнему заканчивались бы там, где начиналось волеизъявление монарха.
Подобная ситуация однозначно не устраивала ни социалистические партии, ни крупную буржуазию — и тем, и другим меньше всего нужно было наличие «царского забора» на пути их нормотворческих инициатив.
Выходом, более-менее удовлетворяющим хотя бы две из трех сторон, стало все же состоявшееся по многочисленным просьбам Витте, видевшего в том «самый наш разумный шаг навстречу общественному мнению, ведущий к успокоению народных волнений», изъятие из компетенции монарха права «абсолютного вето», но — с одновременным прописыванием таких правил избрания в Государственную думу, которые позволяли бы всегда иметь в составе Думы большинство из депутатов, лояльных монархии. Соответствующий царский указ, отодвигающий к тому же сроки формирования Думы с учетом новых правил на конец мая 1906 года, был опубликован 19 апреля.
Увы, но это стало одним из заключительных достижений Сергея Юльевича на посту председателя Совета Министров — затаивший недовольство на премьера за его роль в совершении этой вынужденной уступки и пошедший на нее в основном из-за уговоров своей матери, вдовствующей императрицы Марии Федоровны, Николай II 23 апреля 1906 года отправил Витте в отставку. Эта последняя опала скандального чиновника длилась вплоть до самой его смерти в 1915 году. Возглавил правительство после ухода Витте крайне положительно себя зарекомендовавший в ходе усмирения беспорядков в Саратовской губернии тамошний губернатор Петр Аркадьевич Столыпин, который заодно закрепил за собой пост министра внутренних дел. При этом Петр Николаевич Дурново, возглавлявший МВД после ухода 26 октября 1905 года Д.Ф.Трепова по состоянию здоровья на менее хлопотную должность Дворцового коменданта, также был вынужден отправиться в отставку.
Действовать на новом посту Столыпину пришлось в крайне непростой обстановке. И самым серьезным вызовом его профессиональным способностям стали события мая 1906 года.
Невзирая на смуту в стране, Николай II не отказывал себе и своей семье в привычных развлечениях. Были в их числе и почти ежегодные плавания императора с женой и детьми по Балтийскому морю на яхте «Держава». Но весной 1906 года обе основные яхты царской семьи, «Штандарт» и «Держава», продолжали находиться на Дальнем Востоке и еще только готовились к возвращению на Балтику. Потому в конце апреля 1906 года царская семья отправилась в финские шхеры на яхте «Ливадия», переброшенной еще в ноябре 1904 года с Черного моря. В порт яхта вернулась 5 мая, гораздо раньше, чем ее ожидали, и притом под траурными флагами…