В XIV веке начинается беспрецедентная монастырская колонизация Русского Севера. Начало ей положил преподобный Сергий Радонежский. За несколько десятков лет без единого выстрела только монастырями, храмами, скитами осваиваются огромные территории. За один XIV век было основано около 120 новых монастырей, и все они находились вдали от городов (число всех монастырей, основанных на Руси с XI века, не превышало 60, и все они были городские или пригородные).
Цепочка монастырей уходила все дальше на север – Троице-Сергиев, Ростовский Борисоглебский, Вологодский Прилуцкий, Спасо-Каменный на Кубенском озере, Кирилло-Белозерский на Сиверском и т.д. В XV веке были уже освоены Соловецкие острова (Соловецкий монастырь) и Ладога (Валаам). В монастырях развивались и осваивались новые формы хозяйствования, строительства, распространялось христианство, культура. Вокруг многих монастырей складывались целые города и поселки – Кириллов, Сергиев Посад, Соловки, на некотором отдалении возникали деревни и села (с упадком и закрытием этих монастырей в XX веке начинают приходить в упадок и маргинализоваться сложившиеся вокруг них населенные пункты. Противостояние сегодняшних «либеральных» сил превращению церкви в ведущую духовную силу общества, невозможность (а подчас и нежелание) вкладывать средства в восстановление разрушенных церквей и монастырей (в особенности в отдаленных районах) приводят к тому, что многие вымирающие села лишаются последнего шанса на сохранение и восстановление. В отдаленных районах, где отсутствуют все необходимые блага цивилизации, сельская церковь всегда была и вновь может стать центром, объединяющим и воспитывающим людей, центром своей малой родины). Восстановление церквей в отдаленных селах в условиях современного повального пьянства и безделья могло бы не только объединить жителей сел и деревень вокруг общего дела и дать возможность заработать, но прежде всего почувствовать важнейшую связь между человеком и малой родиной) , территория становилась освоенной и пригодной для новых потоков людей. В XIV веке общественная идея объединения всей земли вокруг Москвы стала стержнем русской истории, то есть идея колонизации превратилась в политическую идею. С этого момента Москва стала географическим и политическим центром – до сих пор все железные дороги России и примыкающих территорий заканчиваются в Москве.
В конце XIV века Москва стала предпринимать первые шаги по ограничению независимости Новгорода, пытаясь включить некоторые его земли в Московское княжество. Однако предпринятая князем Василием I попытка присоединить к Москве богатейшую новгородскую территорию Двинскую землю окончилась неудачей.
В 1456 году Василий II совершил поход на Новгород и разгромил новгородское войско. За Москвой были закреплены перешедшие к ней еще при Василии I новгородские города Бежецкий Верх, Волок Дамский, Вологда с окружающими волостями. В 1478 году Иван III организовал поход на Новгород и присоединил его к Москве.
Несколько сотен новгородских семей были вывезены из города и поселены в других русских городах, в частности в Москве (считается, что именно они принесли в Москву название своей родной улицы – Лубянка). А на их место поселили москвичей и жителей других городов Московского княжества. В 1485 году после двухдневного сопротивления сдалась войскам великого князя былая соперница Москвы – Тверь, и большинство тверского боярства перешло на московскую службу.
В 1489 году к Русскому государству были присоединены и важные, в промысловом отношении, Вятка и Удмуртский край. Вместе с северными владениями Новгорода и Вятской землей в состав Российского государства вошли и нерусские народы севера и северо-востока.
В 1494 году между Российским государством и Великим княжеством Литовским был заключен мир, по которому Литва согласилась вернуть России земли в верховьях Оки и город Вязьму.
Мир был закреплен браком литовского князя Александра Казимировича с дочерью Ивана III Еленой, через которую Иван III в дальнейшем получал подробную информацию о внутреннем положении Великого княжества Литовского. Однако даже брачные связи не спасли Москву от войны с Литвой (1500-1503), закончившейся поражением литовских войск.
К Москве после войны отошли верхнее течение Оки, земли по берегам Десны с ее притоками, часть верхнего течения Днепра, города Чернигов, Брянск, Рыльск, Путивль – всего 25 городов и 70 волостей.
После падения Новгорода была предопределена судьба еще одного известного и старейшего северного города – Пскова. Один из псковских летописцев горько сетовал на то, что псковичи «не умеющу своего дому строити, а градом наряжати» и что погубило Псков «у вечьи кричание».