Около 1439 г. хан Улу-Махмет был изгнан из Золотой Орды бра том своим и засел в Казани, откуда он и его сыновья не переставали делать набеги на рязанские и нижегородские земли. В 1445 г. Василий выступил против Улу-Махмета, был разбит близ Суздаля и взят в плен. Хан отпустил Василия за большой выкуп и с ним целые отряды татар, которые вступили на службу великого князя. Вследствие этого в рядах московского боярства возникли смуты и несогласия, чем и воспользовался Дмитрий Шемяка. Он нашёл себе поддержку в князе Иване Можайском.
В 1446 г, союзники захватили Василия в Троицком монастыре, привезли его в Москву и ослепили. Василий сослан был в Углич, мать его — в Чухлому. Малолетние сыновья Василия Иван и Юрий, бывшие у Троицы с отцом, спасены князем Ряполовским, который укрыл их сначала в селе своём Боярове, а потом в Муроме.
Приверженцы Василия бежали в Литву; во главе их стояли: потомок Владимира Андреевича князь Василий Ярославович и князь Оболенский. Первого с честью приняли в Литве и дали в кормление Брянск, Гомель, Стародуб, Мстиславль и другие города. Фёдор Басенок, боярин Василия, наотрез объявил, что не хочет служить Шемяке; его заковали, но он успел освободиться и также бежал в Литву. Шемяка при посредстве Ионы, епископа Рязанского, наречённого митрополита, заставил Ряполовского отдать детей Василия Тёмного, как стали звать Василия после ослепления, поклявшись пожаловать их волостями и выпустить на свободу их отца, но не сдержал слова и заточил их в Угличе вместе с Василием. Тогда князья Ряполовские, Стрига-Оболенский, бояре Ощера с братом Бобром, Драница, Филимонов, Русалка, Руно стали собирать дружину; одни двинулись к Угличу, другие в Литву, где соединились с бежавшими туда ранее приверженцами Василия.
Шемяка созвал бояр на совет, что делать с Василием. Иона упрекал Шемяку, что он ввёл его в срам, и просил снять с него грех, выпустить Василия и его сыновей. Шемяка послушался, взяв с Василия проклятые грамоты, не искать великого княжения, то есть Василий заранее признавал себя проклятым, если поднимет руку на Шемяку. Василий получил в удел Вологду, но едва приехал туда, как к нему стали собираться его приверженцы, а Трифон, игумен Кирилло-Белозерского монастыря, снял с Василия клятву, Василий соединился с великим князем Тверским Борисом Александровичем, и с тверскими отрядами двинулся к Москве; на пути к нему присоединились его литовские доброжелатели и сыновья Улу-Махмета.
Татары объявили, что пришли на помощь к великому князю Василию, отблагодарить его за прежнее добро и за хлеб. Участие татар в восстановлении Василия на престоле весьма замечательно, если принять в соображение, что некоторые из его сторонников, например боярин Ощера, и после оставались горячими приверженцами татар, да и самому Василию при ослеплении ставили в вину, что он наводил татар на Русскую землю и жаловал их больше русских.
Шемяка бежал, признал Василия великим князем и в свою очередь дал на себя проклятые грамоты; но искреннего мира между ними быть не могло. В 1449 г. Шемяка осадил Кострому, но был отражён боярином Фёдором Басенком. В 1450 г. Шемяка был разбит под Галичем и бежал в Новгород. Галич занят был великим князем. Но Шемяка не прекращал борьбы и после потери Галича. Тогда Василий и его приверженцы прибегли к гнусному злодеянию. В 1453 г. в Новгород прибыл дьяк Степан Бородатый; он склонил на свою сторону Котова, Шемякина боярина, и Котов подговорил повара Шемяки отравить последнего. Шемяка умер, поев курицы, пропитанной ядом. Подьячий, привёзший Василию известие о смерти Шемяки, пожалован был в дьяки. Независимости Новгорода Великого при Василии Тёмном угрожала окончательная гибель. Василий Васильевич и его бояре, мстя за приём, оказанный Шемяке, выступили против Новгорода с войском; воеводы, князь Стрига-Оболенский и Фёдор Басенок, разбили новгородцев под Русою. Новгород обязался платить великому князю чёрный бор в своих волостях и судные пени; кроме того, Новгород отменил вечные (вечевые) грамоты и обязался писать грамоты от имени великого князя Московского. Смирение Новгорода понятно: ему со всех сторон угрожали враги, а ливонский магистр в 1442 г. готовился поднять на Новгород ещё и скандинавские земли. Псков во всём повиновался великому князю. Иван Фёдорович, великий князь Рязанский, сначала искал помощи у великого князя Литовского, а потом, умирая, отдал сына своего Василия на руки великого князя Московского. Василий взял малолетнего рязанского князя в Москву, а в рязанские города послал наместников.