Теперь, конкретно разрабатывая структуру будущей трилогии, Золя ставит перед собой вопросы композиционные. Архитектоника всего цикла будет строгой и стройной; это как бы триптих, левая и правая створки которого сходны, каждая состоит из пяти частей по пять глав в каждой; в центральном произведении — «Риме» — три части. Важнее, однако, решение Золя поставить в центр повествования героя, глазами которого автор будет смотреть на мир и который пройдет через все три романа. Интереснейшая и важнейшая черта замысла: этот герой с самого начала предположен человеком, претерпевающим сложное развитие и изменение. В «Наброске» к «Лурду» говорится: «Чтобы не слишком распылять факты, мне хочется ввести какой-нибудь центральный персонаж. Быть может, выставить в том или ином виде себя самого. Тут нужен человек свободной мысли, трезвого анализа, который верил бы только в прогресс науки. Он против суеверия, которое находит вредным, против взгляда, будто христианское учение принесло благополучие человечеству путем милосердия. Все здание христианства готово обрушиться, необходимо нечто иное, но он не знает, что именно. Его поражает это стремление ко лжи, к иллюзии, которое с такой силой проявилось в конце нашего столетия, — и он отправляется в Лурд, чтобы увидеть все собственными глазами. Итак, он приезжает, почти со злобным чувством поднимается к храму; и тут следует показать всю гамму его переживаний: сначала он растроган, а затем, к концу, над всем берет верх чувство необходимости чего-то иного» (стр. 470–471). Проследив за психологическим движением Золя от первого посещения Лурда до третьего «Наброска», мы можем констатировать автобиографический характер намеченной им для его героя-священника «гаммы переживаний». Этот герой пройдет через сомнения и противоречия, но отчетливо поймет невозможность возродить «слепую, наивную веру XII века». Вместе с автором он придет к окончательному выводу, сформулированному в «Наброске» к Лурду так: «Долгий опыт уже показал, что представляет собой общество, основанное на милосердии; пора наконец обратиться к справедливости (социализм)» (стр. 476).
В «Наброске» к «Трем городам» содержится характеристика одного из будущих героев «Парижа», социалиста, брата священника, в связи с которым Золя пишет: «Фраза относительно „труда освобождающего и умиротворяющего“ из моего доклада студентам» (стр. 466). Речь идет о докладе, сделанном Золя 18 мая 1893 года на заседании Всеобщей ассоциации студентов, где он был избран председателем. В этом выступлении Золя выразил свое кредо этих лет. Он рассказал о том, что в юности его поколение молилось науке с таким энтузиазмом, что он, Золя, даже в область литературы пытался перенести жесткий метод научного исследования; что в настоящее время появились пастыри душ, которые пытаются навязать молодежи некую веру, хотя сами толком не знают, во что следует веровать. Каков же выход из нынешнего кризиса? Золя формулирует его как веру в труд— только она может вывести человечество, блуждающее в потемках, к свету. Труд спасает слабых от «мучений бесконечностью». Золя кончал выступление словами: «Единственная вера, которая может спасти нас, — это вера в эффективность наших усилий… Прекрасная вещь — мечтать о вечности. Но честному человеку достаточно прожить, делая свое дело». Эта материалистическая идея одушевляет всю трилогию Золя.