Журнальный текст «хроники» Лескова дает вполне достаточный материал для суждения о том, как развивалось действие в частях, не увидевших света в 1867 году. Из напечатанного можно заключить, что видное место в развитии событий «хроники» должен был занять Пизонский, образ которого был соотнесен с образом Савелия Туберозова, как практическое воплощение идеи служения людям. В последней главе первой книги «Чающих движения воды» Пизонскому в полусне-полуяви слышится разговор идущих ночью вдоль берега Августа Кальярского и ксендза Збышевского (в «Соборянах» Кальярский упоминается, Збышевский — совсем исчезает), в котором комментируется эпиграф к роману и революционные идеи объясняются плодами «польской интриги». В заключительных строках хроники Туберозов и Пизонский объединены общим ожиданием грядущих бед: «Так, среди общего сна и покоя, два человека, которым не спалось, встретили в Старом Городе… день, в который бездна застоя и спокойствия, наконец, призвала другую бездну; день, с которого под старогородскими кровлями начинается новая эра» («Отечественные записки», 1867, апрель, стр. 639).
По-видимому, большое место в романе должна была занять судьба Глаши, вышедшей замуж за умственно недоразвитого купеческого сына Маслюхина. О ней в хронике говорится, «что она, как Галатея, лишь ждет одного одухотворяющего прикосновения, и все дело теперь только в том, кто принесет прекрасному мрамору эту душу» («Отечественные записки», 1867, апрель, стр. 489).
По сравнению с окончательной редакцией «хроники» 1872 года «Савельева синяя книга» («Демикотоновая» — в «Соборянах») содержит больше прямых политических высказываний злободневного содержания. В них излагается политическая концепция, очень сходная с той, какую развивал с 1863 года в «Московских ведомостях» идейный вдохновитель реакционного лагеря Катков. Церковь, по мнению Савелия, это единственная опора русского народа, единственная его путеводительница. Ей (церкви), а следовательно и народу, угрожают раскольники и нигилисты, вдохновляемые и направляемые могущественной силой католицизма. 9 июня 1864 года Савелий записывает (в «Соборянах» этой записи нет): «А тут… в корень… в самую подпочву спущены мутные потоки безверия: не лев рычит, а шакалка подлая, Данилка-комиссар щекает… Мне это с трусости моей все кажется, что нам повсюду расставлены ехидство, ковы, сети; что на погубление Руси где-то слагаются цифровые универсалы… что мы в тяготе очес проспали пробуждение Руси… и вот она встала и бредет куда попало… и гласа нашего не ведает… Так все собирался я, старик, увидеть некое торжество; дождаться, что вечер дней моих будет яснее утра, и чаяний сих полный сидел ряды годов, у великой купели, неустанно чающе ангела, который снизойдет возмутить воду сию и… скажи ми, господи, когда будет сие?.. Должна же восходить заря после полунощи; разбитые оковы пахаря, и суд вблизи обещанный уже не марево; но что ж такое, что сами себя мы никак сообразить не можем? Где наш хоть немудрый смысл, да крепкий?» («Отечественные записки», 1867, апрель, стр. 613). По-иному характеризуется «Савельевой синей книгой» новый губернатор, без того иронического отношения, с которым он изображен в «Соборянах».
Иной, чем в «Соборянах», является и внутренняя хронология романа. Последняя запись в «Савельевой синей книге» датируется 9 июня 1864 года, и, следовательно, все действие «хроники» должно было происходить в 1864 году, а не в 1867, когда происходит действие в «Соборянах». Вообще хронология записей в «Савельевой синей книге» чрезвычайно спутана. Некоторые годы (1837); повторяются трижды. В записи от 1 января 1857 года сказано, что «шесть лет и строки сюда не вписывал», а между тем предыдущие записи относятся к 1853 году, и т. д. Эта сбивчивость сохраняется и усугубляется в «Демикотоновой книге» («Соборяне»), где дважды появляется в записях 1849, 1863 годы и внутри годов спутан порядок месяцев. Как доказывает Б. В. Томашевский («Писатель и книга», Л., 1928, стр. 126–127), эти ошибки в хронологии не могут быть исправлены, так как они потребовали бы переработки всей книги. Если пытаться восстановить реальную хронологию событий, то окажется, что «мальчишка», воспитываемый Пизонским и упоминаемый в записи 27 декабря 1861 года (по тексту «Соборян»), родился в 1836 году, Следовательно в 1861 году ему должно было быть двадцать пять лет, в то время как он называется у Лескова «мальчишкой» и «младенцем» и ходит на святках с поздравительными стихами.
Лесков возобновил печатание своей «хроники» под названием «Божедомы (Эпизоды из неоконченного романа «Чающие движения воды»)» в начале 1868 года в «Литературной библиотеке» (январь, стр. 3-83; февраль, стр. 3-36). В новой публикации Лесков изменил не только название, но и характер произведения в целом, и даже эпиграф из евангелия от Иоанна был взят другой: «И дал им область чадами божиими быти, верующими во имя его». В новой редакции роман открывается обращением к героям (Савелию, Ахилле и Захарию), и указанием на то, что от первоначального широкого замысла романической хроники Лесков отказался: «Все эти три лица составляли духовную аристократию Старого Города, хронику которого некогда думал написать автор этого рассказа, прежде чем получил урок, что для такой хроники ныне еще не убо прииде время» («Литературная библиотека», 1868, январь, стр. 3). Из хроники общегородской выделилась таким образом история «Старгородской соборной поповки». Замысел Лескова сузился и получил дополнительное полемическое обоснование. Имея в виду Помяловского и других авторов, в неприглядном свете изображавших духовенство, Лесков, писал: «Мы не берем своих длиннополых героев от дня рождения их и не будем рассказывать, много или мало секли их в семинарии. Это все уже со всякой полнотою описано другими людьми, более нас искусными в подобных описаниях, — людьми, евшими хлебы, собираемые с приходов их отцами, и воздвигнувшими пяту свою на своих крохоборных кормильцев. Мы просто хотим представить людей старгородской поповки, с сокровенными помыслами тех из них, у кого были помыслы, и с наиболее выступающими слабостями, которые имели все они, зане все они были люди и все человеческое им было не чуждо» («Литературная библиотека», 1868, январь, стр. 4).
В связи с изменением замысла и жанра автор удалил из «Божедомов» почти все касающееся истории города, судьбы Пизонского и связанных с ним лиц. Самый текст напечатанной части «Божедомов» очень близок к тексту «Соборян» в «Русском вестнике». В «Божедомах» появляются уже Марфа Андреевна Плодомасова и ее карлик. Рассказ карлика, намеченный к включению в «Демикотоновую книгу», Лесков решил напечатать позднее. Об этом говорится в примечании: «Рассказ этот изъят автором из «Демикотоновой книги протоиерея Туберозова» и, в несравненно большем развитии, составит отдельный очерк, который будет помещен в одной из ближайших книг нашего журнала под заглавием «Боярыня Плодомасова» («Литературная библиотека», 1868, январь, стр. 52). Новым для сюжета «хроники», по сравнению с текстом «Отечественных записок», было введение эпизода церковной проповеди Савелия с указанием на Пизонского как на образец истинно нравственной жизни. Сильнее представлена в «Божедомах» католическая интрига: Савелию «является» призрак иезуита Грубера, деятельно занимавшегося католической пропагандой в России в конце XVIII — начале XIX веков. В связи с прекращением журнала на второй (февральской) книжке снова оборвалось печатание «многострадального» лесковского романа. «Божедомы» (в публикации «Литературной библиотеки») обрываются на борьбе из-за костей, начавшейся между Ахиллой и Варнавкой.