Начало болезней его последовало с января 1872 года. Под скитский храмовой праздник Собор святого Иоанна Предтечи, 7 января, Старец стоял в скитской церкви бдение, выходил с о. игуменом Исаакием на литию и величание. Готовился служить, также с о. Игуменом, обедню в самый день праздника. Но еще в ночь на этот праздник почувствовал себя очень дурно: головокружение с головною болью; не мог быть в служении и не выходил в церковь; а так как готовился к служению этого дня, то пожелал сообщиться Святых Христовых Таин келейно, которые и приносили ему в келлию. С этого дня головокружением и после головною болью обозначилась и незаметным образом постепенно стала развиваться его болезнь, хронический характер которой уже несколько лет прежде выражался катаром в лёгких и печени и частым удушьем, но всегда облегчался удачно и своевременно медицинским пособием. Почувствовав себя несколько лучше, Старец пожелал отслужить в Ските на службу на воскресный день и в праздник Собора Трех Святителей, 30 января. Отслужил вечерню, а бдение, за слабостию сил и неможением, попросил отслужить о. Флавиана, монастырского казначея; сам же только так присутствовал все бдение до конца. Раннюю Литургию в этот праздник отслужил сам и после, Пришедши из церкви, говорил, что с большим трудом окончил служение. Вскоре после того подошла Сырная седмица, начался святой Великий пост. На первой неделе Великого поста, по обязанности своей духовнической, всех духовных чад своих, братий скитских и монастырских, а также многих и из мирских лиц Старец исповедовал сам и в то же время неопустительно ходил в церковь, выстаивал все продолжительные церковные службы этой недели до конца и при всём этом наблюдал строгий пост, ничего не вкушал, кроме однех сырых овощей, которые на первой седмице, за исключением варева, предлагаются и всем братиям однажды в сутки. Несмотря на физическое утомление свое в продолжение первой седмицы, Старец пожелал на воскресный день (Неделя Православия, 5 марта) опять быть служащим. Сам отслужил в Ските вечерню, с вечера бдение, готовился служить Литургию, но, Пришедши в церковь, опять почувствовал дурноту головы, так что не в состоянии был служить Литургию, попросил вместо себя отслужить о. Флавиана. Сам же только отслужил обедню и сообщился Святых Христовых Таин. Это служение его (то есть вечерни) было уже последнее. Он более не служил, и скитская церковь более не оглашалась его возгласом, и скитское братие, духовные чада его, не видя и не слыша более церковного его служения, приуныли. В прежнее время этот обычный для него великопостный труд первой седмицы был теперь, при начавшейся болезни, ему не по силам; утомил его до крайности изнеможения, обнаружил сильнейшие припадки болезни, таившейся внутри, и сложил его в постель.
Со второй недели Великого поста Старец не выходил уже из келлии ни в церковь и никуда. Сперва страдал он болью головы, сердца, печени и лёгких, а от сего частою томительною бессонницею и удушьем; часто по нескольку суток сряду проводил он без сна. Удушье бывало у него так велико, что ни на минуту не давало ему уснуть. Медицинские пособия иногда только отчасти, мало облегчали ему страдания, но не помогали ему от бессонницы и удушья. После все эти многосложные его недуги произвели и присоединили еще к себе водянку. Водянка сперва показалась в животе, ногах и, постепенно распространяясь, разливалась по всему телу. Вот с этого-то времени все тело его начало страдать, по Псаломнику: все ложе его обратил еси в болезни его (Пс. 40, 4). Испытывал он сильнейшую головную боль, с шумом, треском и головокружением, страдал он постоянно, как мы сказали, болью в сердце, печени и лёгких, болели у него еще почки; часто затруднялись естественные отправления и эти отправления его сопровождались самыми мучительными болями; образовалась по местам большая, мешавшая ему опухоль; эта опухоль препятствовала ему лежать, ходить и сидеть, так что нужно было прибегать к особым для этого способам. Появлялись по телу его и созревали продолжительные, жгучие нарывы и вереда; один корбункулеозный веред на шее в продолжение целого месяца зрел и стужал больному. При этом чувствовалась тоска в теле и занятие духа, душило удушье, томила частая бессонница; от частой продолжительной бессонницы особенно много пострадал больной; по нескольку ночей сряду и даже суток частенько приходилось ему проводить без сна, в одном мучительном томлении переходить с места на место до самого рассвета. Часто случалось, что среди глубокой летней ночи выводили его из келлии на воздух, чтобы сколько-нибудь облегчить ему томительное удушье и трудное его дыхание, а также и днем удушье не дозволяло ему сомкнуть глаза, по Иову: нощи же болезней даны ми суть. А́ще уснý, глагóлю: когдá дéнь? егдá же востáну, пáки: когдá вéчеръ? испóлненъ же бывáю болѣ́зней от вéчера до ýтра. (Иов. 7, 4). Нóщь въ дéнь преложи́хъ (Иов. 17, 12).