Студенческая работа Кони, представленная на соискание степени кандидата прав, была посвящена необходимой обороне, совершенно не исследованному тогда вопросу в русской юридической литературе. Работа получила высокую оценку ученого совета университета, была опубликована и вызвала большой интерес в юридических кругах.
Ею заинтересовалась и царская цензура, внимание которой привлекло то место сочинения, где автор обосновывает право народа на революцию, если правительство своими незаконными действиями притесняет его и попирает закон.
Член совета главного управления по делам печати министерства внутренних дел Варадинов представил в связи с этим 17 октября 1866 г. служебную записку. Полагая, что она будет «доведена до сведения господина министра внутренних дел и господина министра просвещения», он писал:
«В начале этого года в № 8 и 9 Московских Университетских Известий помещено кандидатское рассуждение г. Кони «О праве необходимой обороны», которую автор считает возможной "как против официальных лиц, злоупотребляющих своею властью, так и против самого правительства в форме революции, если правительство нарушило право, действительно принадлежащее народу» [2].
Обстоятельно излагая содержание работы, чиновник предлагал предать Кони судебному преследованию за одобрение и оправдание действий, запрещенных законами.
Следует вспомнить события, происшедшие незадолго до появления в печати работы «О праве необходимой обороны».
4 апреля 1866 г. в Петербурге, в Летнем саду, прозвучал выстрел Д. Каракозова, покушавшегося на царя Александра II. Страну захлестнула волна реакции. Решительное /подавление печати, свобода которой, как писал возглавлявший расследование каракозовского дела М. Н. Муравьев-вешатель, «несовместима с нашим образом правления», явилось одним из признаков усиления правительственной реакции. Вместе с закрытием демократических журналов «Современник» и «Русское слово» под строгое полицейское наблюдение и контроль была поставлена вся остальная печать и высшая школа. И именно в это тяжелое время, когда последовали многочисленные аресты, А. Ф. Кони грозило предание суду. Неожиданно в дело вмешался влиятельный в правящих кругах издатель «Московских ведомостей» М. Катков. Типография, где печаталась работа Кони, арендовалась «Московскими ведомостями». Наряду с автором ответственность должен был бы нести владелец типографии. Дело было прекращено.
Первый и очень чувствительный удар, полученный А. Ф. Кони, во многом определил его скрытое оппозиционное отношение к правительству.
Он проявил блестящие способности к научной деятельности, но опубликование «Необходимой обороны» в корне изменило его жизненный путь. А. Ф. Кони решил вступить на судебное поприще и в апреле 1866 года начал свою деятельность с должности помощника секретаря Петербургской судебной палаты. В середине шестидесятых годов в России приступили к постепенному, крайне нерешительному введению в действие уставов, принятых 20 ноября 1864 г.
Порою горькое уныние охватывало молодого юриста при виде людей, проводивших в жизнь новые правовые принципы. Почти сплошь это были те же самые вершители старого дореформенного суда.
В письме к одному из своих московских друзей осенью 1866 года Кони рисовал весьма неутешительную картину: «Я иногда прихожу просто в отчаяние, видя это сонмище чиновников, без всякой любви к делу, без истинного понимания целей и назначения суда, — чиновников, готовых собственными руками разрушить здание, созданное судебными установлениями, пустых по натуре, алчных до денег и власти…»
Позднее Кони, долго веривший в «силу и мудрость» начинаний Александра II, неоднократно наблюдал деятельность различных комиссий, призванных осуществить изменения Судебных уставов, к которым он относился с глубокой преданностью.
А. Ф. Кони покинул в 1867 году Петербург, и его деятельность в течение ряда лет протекала в Москве, в Харькове и Казани, где он вскоре обратил на себя внимание как смелый, талантливый юрист. Речи его, лишенные ложного пафоса и риторических нагромождений, были необычайно логичны и убедительны.