Выдающиеся личные качества и незаурядные способности обусловили назначение Кони прокурором столичного окружного суда. Здесь он поддерживал обвинение по ряду нашумевших тогда уголовных дел.
Прокурорская деятельность А. Ф. Кони успешно сочеталась с литературной и научной. Он опубликовал много судебных очерков и статей по различным вопросам уголовного процесса. В 1876 году А. Ф. Кони был приглашен преподавать теорию и практику уголовного судопроизводства в училище правоведения. В январе 1878 года его назначают председателем Петербургского окружного суда.
В качестве председателя он связал свое имя с одним из самых громких политических процессов семидесятых годов — процессом В. И. Засулич. 24 января 1878 г. Вера Засулич выстрелом из револьвера тяжело ранила петербургского градоначальника генерала Трепова, известного своей деспотичностью, по приказанию которого в доме предварительного заключения был высечен розгами политический заключенный А. С. Боголюбов (Емельянов), на прогулке не снявший перед ним шапку. Выстрел Веры Засулич прозвучал далеко за пределами России и сыграл огромную роль в истории революционного движения России семидесятых годов. Этот поступок, направленный в защиту элементарных человеческих прав политического заключенного, подвергнутого публичному надругательству, рассматривался как протест против унижения гражданского достоинства и вызвал горячие симпатии не только в среде революционно настроенной молодежи, но и в более широких слоях русского общества. Рассмотрение дела Засулич происходило 31 марта 1878 г. За несколько дней до его слушания А. Ф. Кони был принят Александром II. Кони решился обратить внимание царя на «печальные причины, создавшие почву, на которой могут вырастать подобные проявления самосуда». Но его надежды сказать слово правды русскому самодержцу оказались несбыточными.
Александр II не выслушал Кони, удостоив его лишь самым беглым вниманием. А на следующий день министр юстиции Пален потребовал от председателя окружного суда вынесения обвинительного приговора Вере Засулич. Однако, несмотря на молодость, Кони проявил зрелость и твердость своих правовых убеждений. Он не только не согласился на сделку со своей совестью, но решительно отстаивал перед Паленом независимость своих взглядов.
Оправдание Веры Засулич вызвало бурю нападок на Кони. Наиболее реакционные круги во главе с М. Катковым называли Кони «красным», влиятельные реакционные газеты травили его. Дело Веры Засулич стало знаменательной вехой в биографии А. Ф. Кони, усилив его оппозиционное отношение к правительству.
После рассмотрения этого дела Кони навсегда остался в немилости у царя и его приближенных. Его обвиняли в том, что в своем резюме он «внушил», «предложил» присяжным заседателям вынести Засулич оправдательный приговор.
Так как должность председателя окружного суда была несменяемой, Кони «намекнули» на необходимость подать прошение об отставке, но он отказался сделать это.
Оставаясь на своем посту, несмотря на нападки и травлю, он отлично понимал, что в условиях наступления реакции уход с должности, которая формально позволяла ему разрешать дела по своему внутреннему убеждению, независимо от сановной бюрократии, окажет пагубное влияние на деятельность судей.
Опасения Кони не были беспочвенными. Задолго до рассмотрения дела по обвинению Веры Засулич началась полоса отступлений от наиболее прогрессивных нововведений судебной реформы. Так, частым нападкам подвергались суд присяжных, состязательность, гласность и другие демократические основы уголовного судопроизводства.
Процесс Засулич наложил печать на всю последующую судебноправовую деятельность юриста. Тяжелая атмосфера «мстящей неприязни» очень тяготила Кони.
Дальнейшая служба шла, по его словам, «горестно и трудно». Он находился в положении вынужденно терпимого, но отчужденного судебного деятеля. Так, в 1881 году он был назначен членом комиссии для разбора старых архивных сенатских дел. Придирчивость министра юстиции, недоброжелательство сановных лиц и вызванное этим злорадство «вчерашних друзей», пренебрежительное отношение подчиненных серьезно осложняли служебные отношения А. Ф. Кони.
Но он по мере сил и возможностей продолжал отстаивать интересы несправедливо притесняемых и гонимых.
В семидесятые годы окончательно оформилась жизненная философия А. Ф. Кони. Умеренные политические убеждения сблизили его с кружком либерального журнала «Вестник Европы», в который входили М. М. Стасюлевич, Н. И. Костомаров, В. Д. Спасович, А. Н. Пыпин, К. Д. Кавелин, К. К. Арсеньев, отчасти И. С. Тургенев. Позднее А. Ф. Кони вспоминал, что для него, «чужого» по характеру своей служебной деятельности, этот кружок был «своим». В нем он видел высший «моральный суд», «нравственный ареопаг» [3].