Правительство заподозрило этот кружок в политической неблагонадежности. В действительности никакой опасности для самодержавия либералы не представляли. Тем не менее в глазах некоторых своих коллег Кони был радикалом.
Взгляды А. Ф. Кони были рельефно отражены в «Политической записке», представленной летом 1878 года наследнику (будущему императору Александру III), где он резко осудил закон 19 мая 1871 г., установивший новый порядок расследования политических дел — совместно жандармами и прокуратурой. Примером того, как применялся новый закон, может служить известный процесс 193-х. А. Ф. Кони писал, что широкая общественность возмущена ведением этого дела и «не верит в справедливость обвинений, взводимых почти огульно на молодое поколение, и потому не верит и в правомерность борьбы и в закономерность преследований».
В карательных действиях властей, в политике самого правительства А. Ф. Кони видел одну из причин «почти ежедневно чувствуемого внутреннего разлада между правительством и обществом» *. Вместе с тем «Политическая записка» свидетельствовала о том, что Кони не учитывал особенностей социально-экономического развития России и не понимал причин роста революционных настроений в массах. И тогда, и многие годы спустя он полагал, что «разумные меры» и «гуманные реформы» царизма могут остановить волну революционного движения. Но и в таком умеренном виде, представляя протест против административного произвола, «Политическая записка» оказалась совершенно неприемлемой для правительства. «Моя записка, — вспоминал он, — осталась гласом вопиющего в пустыне».
Как известно, вторая половина царствования Александра II проходила под знаком гнетущего произвола. В своих интересных воспоминаниях П. А. Кропоткин писал: «Третье отделение было всесильно. Жандармские полковники производили обыски тысячами, ничуть не заботясь о том, есть ли в России суды и законы или нет. Они арестовывали, кого хотели, держали в тюрьме, сколько им было угодно, и сотни людей отправляли в ссылку в северную Россию или в Сибирь по усмотрению какого-нибудь полковника или генерала».
Неоднократно выступая со статьями и участвуя в различных законодательных комиссиях, А. Ф. Кони отстаивал наиболее демократические положения судебной реформы 1864 года и, в частности, суд присяжных, отрицая, однако, его политическое значение.
Задумываясь над причинами этого, уместно вспомнить слова В. И. Ленина, который писал: «Либеральные сторонники суда присяжных, полемизируя в легальной печати против реакционеров, нередко отрицают категорически политическое значение суда присяжных, усиливаясь доказать, что они вовсе не по политическим соображениям стоят за участие в суде общественных элементов… Объясняется это необходимостью говорить эзоповским языком, невозможностью открытого заявления своих симпатий к конституции»
Осуществленная народовольцами казнь Александра II и последовавшее за этим вступление на престол Александра III повлекли за собой еще большую реакцию. «…Правительство Александра III, — писал В. И. Ленин, — вступив в беспощадную борьбу со всеми и всяческими стремлениями общества к свободе и самостоятельности, очень скоро признало опасным суд присяжных. Реакционная печать объявила суд присяжных «судом улицы» и открыла против него травлю…».
Гонение на суд присяжных во многом было обусловлено вынесением оправдательного приговора В. И. Засулич. В этом судебном органе, проявлявшем иногда «непослушание», царское правительство почуяло для себя опасность. Именно в связи с этим, буквально через несколько недель после процесса В. Засулич, принимается закон от 9 мая 1878 г., в значительной степени сокративший компетенцию суда присяжных, а затем целый ряд законодательных актов, реорганизующих судебную систему и формы осуществления правосудия.
Дело В. Засулич повлекло должностные перемещения А. Ф. Кони. В течение нескольких лет он был председателем гражданского департамента Петербургской судебной палаты. Но опала и нападки реакционной печати не сломили Кони. Его нелицеприятное, свободное от всякой предвзятости человеческое отношение к подсудимым и другим участникам процесса не раз вызывало злобные нападки «Московских ведомостей». В отчете о процессе по делу Ландсберга (июль 1879 г.) эта газета негодующе писала, что Кони обращается с такими высокопоставленными свидетелями, как туркестанский генерал-губернатор Кауфман, якобы резче и грубее, чем с подсудимыми. Для тайной полиции этого было достаточно! В записях известного революционера-народника Н. В. Клеточникова (проникшего на службу в III отделение) отмечалось, что «председатель Окружного суда Кони за обращение с Кауфманом (свидетель по делу Ландсберга) признан весьма неблагонамеренным лицом».