Несмотря на то, что «бегемот в эполетах» не раз косо смотрел на Коки и неоднократно упрекал его за «беспомощное ведение» процесса Веры Засулич, правительство все же вынуждено было отдавать должное его таланту и считаться с его высоким авторитетом.
А. Ф. Кони как обер-прокурор Сената возглавил специальную комиссию, которой было поручено расследование причин крушения царского поезда в Борках. От результатов данного расследования реакционные круги ожидали многого: распускались слухи, что крушение было следствием подготовленного революционерами взрыва «адской машины». Эту мысль Александру III настойчиво внушали министр путей сообщения и некоторые другие крупные сановники.
А. Ф. Кони не разделял мнения влиятельных кругов. Он неопровержимо доказал, что катастрофа — результат грубого нарушения правил движения и эксплуатации подвижного состава. Усилия А. Ф. Кони предать суду крупных чиновников министерства путей сообщения и руководителей акционерного общества, владевшего железной дорогой, не дали положительных результатов, но он все же не допустил, чтобы сановники министерства переложили ответственность за крушение на мелких чиновников железной дороги.
Воспоминания А. Ф. Кони об этом деле представляют большой интерес. Написанные правдиво и талантливо, они убедительно показывают скрытые пружины отдельных государственных учреждений царской монархии.
Достаточно сослаться на следующее утверждение А. Ф. Кони. Александр III, выслушав обстоятельный доклад о причинах железнодорожной катастрофы, склонен был предать суду министра путей сообщения и руководителей акционерного общества, владевшего железной дорогой, но все же не смог осуществить своего намерения. Более того, подробности расследования, несмотря на желание Александра III предать дело огласке, не были опубликованы в «Правительственном вестнике». Могущественная бюрократия была заинтересована в том, чтобы результаты расследования, говорившие о серьезных пороках в работе ряда ответственных государственных учреждений, были скрыты от общественного мнения. Перед ней бессильным оказался и Александр III.
Как известно, в царствование Александра III правительство приняло ряд законодательных актов, грубо попиравших элементарные права народа. Среди них особое место занимает реакционный закон о земских начальниках (1889 г.), в которых Александр III видел опору и поддержку своей единодержавной власти в борьбе с революционным движением среди крестьян.
Свое отношение к этому закону А. Ф. Кони выразил в обвинительной речи по делу земского начальника кандидата прав В. Протопопова, глубоко возмущаясь произволом, который учиняли земские начальники над беззащитным крестьянским населением. «Наука о праве, — сказал Кони, — в своих обширных разветвлениях везде говорит о началах справедливости и уважения к достоинству человека. Поэтому тот, кто через год с небольшим по окончании курса бросил эти заветы и начала, как излишнее и непрактичное бремя, кто, вместо благородной радости о возможности послужить на добро и нравственное просвещение народа, со смиренным сознанием своей ответственности перед законом, вменил спасительные указания этого закона в ничто, напрасно ссылается на свой диплом. Звание кандидата прав обращается в пустой звук по отношению к человеку, действия которого обличают в нем кандидата бесправия».
В девяностых годах служебное положение А. Ф. Кони по-прежнему оставалось неустойчивым. Назначение сенатором (1891 г.) оторвало его от активной судебно-прокурорской работы. Через год его вновь вернули на должность обер-прокурора. В 1897 году он опять отстраняется от прокурорской работы и переходит в число рядовых сенаторов.
Примечательна в связи с этим работа А. Ф. Кони в так называемой муравьевской комиссии (1894–1899 гг.), созданной для пересмотра Судебных уставов 1864 года. Реакционный характер деятельности Н. В. Муравьева общеизвестен. Возглавляемая им комиссия должна была свести на нет наиболее демократические положения Судебных уставов. Как уже отмечалось, царскому правосудию большое беспокойство доставлял суд присяжных, нападки на который начались с момента введения судебной реформы 1864 года. «…Сужение компетенции суда присяжных и ограничение гласности, — писал В. И. Ленин, — тянутся красной нитью через всю пореформенную историю России, причем реакционный характер «пореформенной» эпохи обнаруживается на другой же день после вступления в силу закона 1864 года, преобразовавшего нашу «судебную часть» [7].