В муравьевской комиссии А. Ф. Кони один из немногих настойчиво отстаивал суд присяжных от постоянных нападок реакционных чиновников и публицистов. Он защищал принцип несменяемости судей, ограждая тем самым наиболее честных из них. А. Ф. Кони не раз возражал против расширения полномочий полиции при расследовании уголовных дел и энергично ратовал за упразднение судебных функций земских начальников. Даже беглое ознакомление с трудами муравьевской комиссии показывает, как правдиво и смело звучал голос А. Ф. Кони в защиту гарантий прав личности.
Принимая участие в работе высшего судебного учреждения России — Сената, Кони имел возможность познакомиться как с существовавшими в нем порядками, так и с самими сенаторами. По его утверждению, большинство из них представляло собой административные отбросы. О сенаторах конца XIX и начала XX века А. Ф. Кони писал как о людях, «которым было зазорно подавать руку или отдавать официальный визит. В среде сенаторов по*' явились губернаторы, засекавшие крестьян во время вымышленных бунтов, и целая вереница неудачных директоров департаментов полиции, которые, хапнув огромное состояние, отпрашивались, оберегая свою драгоценную шкуру, в сенаторы. Мало-помалу характер и состав общего собрания изменился до чрезвычайности, и прежние представители старого консервативного элемента сравнительно с вновь назначенными оказались либералами». Нет ничего удивительного, что в процессе работы в таком окружении отвращение Кони к царским сановникам все более крепло. Он неоднократно с гордостью подчеркивал, что при разрешении важнейших судебных вопросов часто оставался в меньшинстве.
Научная и общественная деятельность Кони получала все большее признание. В 1890 г. Харьковский университет присвоил ему звание доктора уголовного права, а в 1900 году он был избран почетным академиком разряда изящной словесности императорской Академии наук.
Многолетняя судебно-прокурорская деятельность А. Ф. Кони показала ему несовершенство дореволюционной судебной системы и привела к исследованию наиболее актуальных правовых проблем. Среди них особо следует назвать труд «Нравственные начала в уголовном процессе», который не утратил практического интереса и в наше время.
А. Ф. Кони считал, что нельзя ограничивать преподавание уголовного процесса в юридических учебных заведениях лишь чтением лекций о действующих правовых нормах, устанавливающих определенные формы судопроизводства. Он убедительно доказывал, что в деятельности юриста не менее важны нравственные, неписаные начала уголовного процесса.
Как бы ни были хороши законы, определяющие порядок рассмотрения дел в судах, они могут потерять свое значение в неопытных или недобросовестных руках. Подтверждая это положение, А. Ф. Кони приводит народную поговорку: «Не суда бойся, бойся судьи». Ссылаясь на французского криминалиста Ортолана, он подкрепляет вывод о том, что честный гражданин может не подпасть под действие плохих уголовных законов, но тот же человек не может избежать дурного отправления правосудия, которое самый справедливый уголовный закон обращает в ничто.
Используя богатый материал своей судебной практики, А. Ф. Кони убедительно показывал в «Нравственных началах», что судья не имеет права решать вопросы, исходя из принципа «я так хочу», он должен руководствоваться положением «я не могу иначе» потому, что такое решение подсказывает смысл закона. Он настойчиво подчеркивает мысль, что судья — слуга, а не лакей правосудия. Для осуществления правосудия важно не только то, что произносится в суде, но и то, как оно произносится, учитывается ли волнение и страх подсудимого перед судом, внутреннее состояние потерпевшего, которому нанесли психическую травму или которого лишили законных прав, и т. д. г
Раскрывая роль и значение этики в осуществлении правосудия, А. Ф. Кони глубоко анализирует деятельность судьи, прокурора и адвоката при разрешении уголовных дел. Затронутые в «Нравственных началах» вопросы, касающиеся прокурорской деятельности, показаний обвиняемого и свидетелей, освещены и в других работах Кони: «Приемы и задачи обвинения», «Обвиняемый и свидетели», «Свидетели на суде»..