Обращая внимание судей на недопустимость автоматического применения закона, на необходимость проникновения в мысль законодателя, А. Ф. Кони вместе с тем возражал против внесения в толкование закона своих личных вкусов, симпатий и антипатий, что способно поставить на место закона личное усмотрение и произвол. «Законодательная деятельность, — писал он, — в своей вдумчивой и медлительной, по самому своему существу, работе, уподобляется старости, о которой поэт сказал, что она «ходит осторожно и подозрительно глядит». Пестрые явления и новые потребности мимо бегущей жизни обгоняют закон с его тяжелой поступью. Судье легко и извинительно увлечься представлением о том новом, которому следовало бы быть на месте существующего старого, и в рамки настоящего постараться втиснуть предполагаемые веления желанного будущего. Этот прием приложения закона… однако, грозит правосудию опасностью крайней неустойчивости и случайности…».
Таким образом, А. Ф. Кони выступал против корректирования законов судьями в соответствии с потребностями практики и изменившимися условиями жизни. Так идея независимости судей дополнялась идеей законности, составляя двуединую формулу одного из важнейших устоев правосудия.
Высоко ценя закон, А. Ф. Кони тем не менее подчеркивал, что он намечает лишь служебные обязанности судьи. Но наряду со служебным долгом есть нравственный долг.
Поэтому в деятельности судьи должны сливаться правовые и нравственные требования, в каждом судебном действии наряду с вопросом, что следует произвести, возникает не менее важный вопрос о том, как это произвести. Нравственный долг судьи А. Ф. Кони видел прежде всего в уважении к человеческому достоинству и в справедливом отношении к человеку. «Правосудие не может быть отрешено от справедливости, — писал А. Ф. Кони, — а последняя состоит вовсе не в одном правомерном применении к доказанному деянию карательных определений закона. Судебный деятель всем своим образом действий относительно людей, к деяниям которых он призван приложить свой ум, труд и власть, должен стремиться к осуществлению нравственного закона».
В ряде положений уголовно-процессуального закона А. Ф. Кони видел требования нравственности (право близких родственников и супруга обвиняемого устраниться от дачи показаний о нем, недопущение к свидетельству защитника в отношении признания, сделанного ему обвиняемым во время производства по делу, право обвиняемого на молчание и недопустимость принять это молчание за признание им своей вины и т. д.).
А. Ф. Кони стремился привить нравственную чуткость судье, развивать в нем стремление не только казаться, но и быть справедливым. Судья никогда не должен забывать, что подсудимый почти никогда не находится в спокойном состоянии, что следует всегда учитывать состояние потерпевшего, оскорбленного в своих лучших чувствах, а также состояние свидетелей, большинство которых теряется в необычной, торжественной обстановке суда, и потому надо уметь «вернуть спокойствие и самообладание одним, поддержать бодрость в других».
Он рекомендовал судьям относиться с уважением к науке и ее представителям на суде в лице экспертов, не допуская как рабского преклонения перед авторитетом, так и вредного самомнения. Он стремился к тому, чтобы в осуществление правосудия «вносился вкус, чувство меры и такт, ибо суд есть не только судилище, но и школа».
А. Ф. Кони боролся против переоценки доказательственного значения признания обвиняемым своей вины. «Нравственный долг судьи, — писал он, — не идти слепо по пути «собственного сознания»… свободно, вдумчиво и тревожно исследовать, в чем кроется истинный источник этого доказательства». В связи с этим А. Ф. Кони рассматривает вопрос о доказательственном значении дневника обвиняемого. Хотя закон разрешает пользоваться дневником как доказательством, А. Ф. Кони считает, что, с точки зрения нравственной, «дневник очень опасное, в смысле постижения правды, доказательство».
Он видел нравственную сторону не только в деятельности судьи, но и в деятельности «его ближних помощников» в исследовании истины — обвинителя и защитника. Он предостерегал против слепого подражания русских обвинителей западным образцам, против перенесения «на русскую почву страстных и трескучих приемов французских обвинителей, столь часто обращающих свое участие в судебных прениях в запальчивую травлю подсудимого». Он желал видеть в слагающемся после судебной реформы 1864 года русском типе обвинителя черты спокойствия, отсутствия личного озлобления против подсудимого, опрятности приемов обвинения, чуждых к возбуждению страстей и искажению данных дела, объективности и беспристрастности. А. Ф. Кони часто называл прокурора — государственного обвинителя «публично говорящим судьей». Эта крылатая фраза раскрывает судейскую объективность и беспристрастность, которые должны быть присущи прокурору.
Огромное значение придавал А. Ф. Кони ораторскому искусству, умению «твердо править словом». «Лучшие из наших судебных ораторов, — писал он, — поняли, что в стремлении к истине всегда самые глубокие мысли сливаются с простейшим словом. Слово — одно из величайших орудий человека. Бессильное само по себе — оно становится Могучим и неотразимым, сказанное умело, искренно и вовремя. Оно способно увлекать за собою самого говорящего и ослеплять его и окружающих своим блеском. Поэтому нравственный долг судебного оратора — обращаться осторожной умеренно с этим оружием и делать свое слово лишь слугою глубокого убеждения, не поддаваясь соблазну красивой формы или видимой логичности своих построений и не заботясь о способах увлечь кого-либо своею речью».
Строгое соблюдение этических начал в деятельности прокурора А. Ф. Кони считал столь же обязательным, как и для судей.
Еще в большей мере, чем для прокурора, А. Ф. Кони подчеркивал важность этических устоев в деятельности защитника по уголовным делам. Между защитником и подсудимым, между защитником и обществом существуют сложные и многообразные отношения. Защитник не должен быть слугой своего клиента, пособником ему в стремлении уйти от заслуженной кары правосудия. Защита преступника не должна обращаться в оправдание преступления. Защита — это общественное служение. Она возможна по любому делу о самом тяжком преступлении, «ибо нет такого падшего и преступного человека, в котором безвозвратно был бы затемнен человеческий образ и по отношению к которому не было бы места слову снисхождения». Защитник — «друг, он советник человека, который, по его искреннему убеждению, невиновен вовсе или вовсе не так и не в том виновен, как и в чем его обвиняют». В этом видел А. Ф. Кони призвание присяжной адвокатуры, пришедшей на смену крючкотворцам и челобитчикам «с заднего крыльца».
А. Ф. Кони считал, что «деятели судебного состязания не должны забывать, что суд, в известном отношении, есть школа для народа, из которой, помимо уважения к закону, должны выноситься уроки служения правде и уважения к человеческому достоинству».
Таковы основные этические устои суда, прокуратуры, адвокатуры, которые А. Ф. Кони хотел воплотить в жизнь Это были идеалы, к которым он стремился, но которые не могли быть осуществлены в условиях царской России. Этим и можно объяснить проникнутые пессимизмом заключительные строки его выдающегося произведения «Нравственные начала в уголовном процессе»: «Идеалы постепенно начали затемняться, и нравственные задачи стали отходить на задний план. Служение правосудию понемногу начинает обращаться в службу по судебному ведомству, которая отличается от многих других лишь своею тяжестью и сравнительно слабым материальным вознаграждением».
А. Ф. Кони мечтал, чтобы в курс уголовного судопроизводства входил отдел судебной этики в дополнение к истории и догме процесса. Неоднократные его попытки получить возможность читать такой курс в университете не увенчались успехом. Но мечта его была смелой и дерзкой: утверждать и внедрять нравственные начала в уголовное судопроизводство, хотя и пореформенной, но самодержавной России.
Большую научную ценность имеет включенный в четвертый том очерк «История развития уголовно-процессуального законодательства в России.». Законы о судопроизводстве, подчеркивал А. Ф. Кони, помимо своего назначения регламентировать осуществление правосудия, имеют историческое, политическое и этическое значение.
Метко и образно характеризует А. Ф. Кони старый дореформенный суд, в котором торжествовало «своеобразное правосудие, среди органов которого подчас власть без образования затопляла собою небольшие островки образования без власти».
Волокита и исключительная медлительность производства являлись непременными спутниками этого суда. В работе приводится яркий пример такой волокиты: дело о краже из московского уездного казначейства медной монеты, возникшее в 1844 году, было окончено лишь в 1865 году, т. е. через 21 год. Таких дел было немало.