Однако к работе над романом Гете приступил только одиннадцать лет спустя, о чем есть запись в его дневнике: «Утром в половине седьмого начал диктовать первую главу «Годов странствий Вильгельма Мейстера» (17 мая 1807 г.). Эта глава — «Святой Иосиф Второй». В том же году были написаны новеллы «Новая Мелузина» и «Опасное пари». К ним присоединяются задуманный еще в 1803 году рассказ «Пятидесятилетний мужчина» и «Смуглолицая девушка», одновременно Гете перевел с французского «Безумную скиталицу», также вошедшую в состав «Странствий…».
Таким образом, с самого начала «Годы странствий Вильгельма Мейстера» были задуманы как собрание новелл, скрепленных обрамлением — повествованием о путешествиях Вильгельма Мейстера, предпринятых по велению Общества башни (в новом романе его члены называются — Отрекающиеся), в ряды которого он вступил (см. седьмую книгу «Годов учения Вильгельма Мейстера»).
Не торопясь с осуществлением общего замысла, Гете печатает отдельные эпизоды — новеллы: так появляются «Безумная скиталица» (1808) и «Святой Иосиф Второй» (1809); издание второго рассказа Гете сопроводил заметкой, извещавшей читателей, что это произведение — часть «Годов странствий Вильгельма Мейстера». Таким образом, было сообщено читателям о подготовке продолжения «Годов учения Вильгельма Мейстера».
Гете много думал о том, каким должен стать новый роман, изучал для него разные вопросы, делал записи. Однако этот замысел был у него далеко не единственным; в 1810 году Гете занялся сначала автобиографией, а затем, с 1814 года, — «Западно-восточным диваном». Но и продолжение истории Вильгельма Мейстера не было совершенно позабыто, о чем говорит дальнейшая публикация новелл, впоследствии вошедших в роман. В течение ряда лет в печати появились: «Смуглолицая девушка» (1816), «Новая Мелузина» (1817–1818) и начало «Пятидесятилетнего мужчины» (1818). В 1819 году он задумывает новеллу «Кто предатель?» и заканчивает ее через год.
В целом, однако, работа над романом прервалась на десять лет. Гете вернулся к нему лишь в конце 1820 года и, перечитав старую рукопись, испытал странное чувство: «Она кажется мне неким возвратившимся духом, однако гораздо более молодым и приятным, чем нынешний автор и нынешнее время» (Сульпицию Буассерэ, 9 декабря 1810 г.).
В 1821 году роман вышел в свет с обозначением, что это всего лишь первая часть. Она состояла из восемнадцати глав. Книга начиналась историей Иосифа Второго, затем следовали встреча Вильгельма с Монтаном, посещение дяди, поездка к Ленардо, описание Педагогической провинции, новелла «Пятидесятилетний мужчина» (точнее, ее начало), путешествие на Лаго-Маджоре, продолжение описания Педагогической провинции, участие Вильгельма в горном празднике. Далее Вильгельм видит через подзорную трубу Наталию, вместе с группой путешественников, оказавшихся на соседней горе, — этот эпизод в окончательный вариант романа не вошел. Зятем Вильгельм встречается с людьми, намеревающимися эмигрировать, и в их кругу слышит рассказы «Новая Мелузина», «Безумная скиталица» и «Кто предатель?». Заключала первую часть речь Ленардо (в окончательном варианте кн. III, гл. 9). Отсутствовали в первом варианте романа глава о Макарии (I,10), занятия Вильгельма хирургией (II, 11; III, 3), споры о происхождении земли (II, 9), планы переселения бедняков в Америку и товарищество ремесленных и сельскохозяйственных рабочих в Германии (III, 4, 10–12). Введение этих глав в окончательный текст придало роману социально-философскую масштабность, которой недоставало первому варианту: там главные идейные мотивы были выражены в Педагогической провинции. Эта важная часть во втором варианте не только сохранена, но и несколько расширена, хотя здесь она становится лишь одним из аспектов той широкой социальной утопии, которую создает Гете. Окончательный текст был дополнен также историей любви Феликса к Герсилии, дневником Ленардо, содержащим описание быта и трудовой деятельности жителей горных местностей. Все, связанное с Макарией, как уже сказано, в первом варианте полностью отсутствовало; во втором — помимо уже указанной главы 10 первой книги — Гете вводит в разные главы ссылки на значение этой героини для других персонажей. Своей кульминации духовное значение и влияние Макарии достигает в конце романа (III, 14).