Духовенство отстраняет упрек, делаемый великому князю за то, что он держит в службе своей татар: "Если татары живут в земле христианской, то это потому, что ты не хочешь соблюдать договора, следовательно, все слезы христианские, проливаемые от татар, на тебе же. Но как скоро ты с своим старшим братом, великим князем, управишься во всем чисто, по крестному целованию, то мы ручаемся, что великий князь сейчас же вышлет татар вон из земли". Как видно, Шемяка сильно досадовал на духовенство за то, что оно держало сторону Василия, и выражал на словах свою досаду; духовенство пишет: "Ты оскверняешь наши святые епитрахили неподобными своими богомерзкими речами: это делаешь ты не как христианин, но хуже и поганых, ибо сам знаешь, что святые епитрахили изображают страдание господа нашего Иисуса Христа: епитрахили наши твоими речами не могут никак оскверниться, но только ты сам душу свою губишь". В заключение духовенство говорит, что оно по своему долгу било челом за Шемяку великому князю, что тот послушал святительского слова и хочет мира с двоюродным братом, назначая ему срок для исполнения договора. Если же Шемяка и тут не исполнит условий, в таком случае духовенство отлучает его от бога, от церкви божией, от православной христианской веры и предает проклятию.
Шемяка не послушался увещаний духовенства, и в 1448 году великий князь выступил в поход. Тогда Юрьевич, не пугавшийся церковного проклятия, испугался полков Васильевых и послал просить мира к великому князю, который остановился в Костроме. Мир был заключен, как видно, на прежних условиях, и Шемяка дал на себя проклятые грамоты. Иона, посвященный в декабре 1448 года в митрополиты, уведомляя об этом посвящении своем князей, панов, бояр, наместников, воевод и все христоименитое господне людство, пишет: "Знаете, дети, какое зло и запустение земля наша потерпела от князя Дмитрия Юрьевича, сколько крови христианской пролилось; потом князь Дмитрий добил челом старшему брату своему, великому князю, и честный крест целовал, и не однажды, но все изменял; наконец, написал на себя грамоту, что если вооружится опять на великого князя, то не будь на нем милости божией, пречистой богоматери, великого чудотворца Николы, св.
чудотворцев Петра и Леонтия, преподобных Сергия и Кирилла, благословения всех владык и всего духовенства ни в сей век, ни в будущий; поэтому, продолжает Иона, пишу к вам, чтобы вы пощадили себя, не только телесно, но особенно духовно, посылали бить челом к своему господарю великому князю о жалованье, как ему бог положит на сердце. Если же не станете бить челом своему господарю и прольется от того кровь христианская, то вся эта кровь взыщется от бога на вас, за ваше окаменение и неразумие; будете чужды милости божией, своего христианства, благословения и молитвы нашего смирения, да и всего великого священства божия благословения не будет на вас; в земле вашей никто не будет больше называться христианином, ни один священник не будет священствовать, но все божнп церкви затворятся от нашего смирения".
В конце 1448 года уведомлял митрополит о мире великого князя с Шемякою, а весною следующего 1449 года Шемяка уже нарушил крестное целование, свои проклятые грамоты и в самое Светлое воскресенье осадил Кострому, бился долго под городом, но взять его не мог, потому что в нем была сильная застава (гарнизон)
великокняжеская под начальством князя Ивана Стриги и Федора Басенка. Скоро и сам великий князь выступил с полками против Шемяки, с которым опять заодно действовал Иван можайский, а с великим князем шли вместе также могущественные союзники - митрополит и епископы. На Волге, в селе Рудине, близ Ярославля, встретились неприятели, но битвы не было, потому что Можайский оставил Шемяку и помирился с Василием, который придал ему Бежецкий Верх. Мы видели, что Бежецкий Верх был отдан Ивану гораздо прежде, в 1447 году, но это нисколько не может заставить нас заподозрить приведенное летописное известие, потому что до нас не дошло никаких известий о причинах, которые побуждали Шемяку и Можайского восставать на великого князя; очень может быть, что у Можайского почему-нибудь было отнято пожалование 1447 года; мы знаем, что еще в феврале 1448 года Можайский чрез посредство тестя своего князя Федора Воротынского вошел в сношения с великим князем литовским Казимиром, требуя помощи последнего для овладения столом Московским, за что обязывался писаться всегда Казимиру братом младшим, уступить Литве Ржеву, Медынь, не вступаться в Козельск и помогать во всех войнах, особенно против татар. Под 1450 годом встречаем новое известие о походе великого князя на Шемяку, к Галичу: 27 января великокняжеский воевода князь Василий Иванович Оболенский напал на Шемяку, который стоял под городом со всею своею силою; Шемяка потерпел страшное поражение и едва мог спастись бегством; Галич сдался великому князю, который посадил здесь своих наместников.
Лишенный удела, Шемяка скрылся сначала в Новгороде, но потом, собравшись с силами, захватил Устюг; земли он не воевал, говорит летописец, но привел добрых людей к присяге, кто же из них не хотел изменить великому князю Василию, тех бросал в реку Сухону, навязавши камень на шею; из Устюга ходил воевать к Вологде. Великий князь, занятый делами татарскими, не мог действовать против Шемяки в 1451 году и только в начале 1452 выступил против него к Устюгу; Шемяка испугался и убежал на реку Кокшенгу, где у него были городки; но преследуемый и там великокняжескими полками, убежал опять в Новгород. В 1453 году отправился туда из Москвы дьяк Степан Бородатый; он подговорил боярина Шемякина Ивана Котова, а тот подговорил повара: Юрьевич умер, поевши курицы, напитанной ядом.
23 июня пригнал к великому князю из Новгорода подьячий Василий Беда с вестию о смерти Шемякиной и был пожалован за это в дьяки.
Сын Шемяки Иван ушел в Литву, где, как прежде враги отца его, нашел себе почетный прием и кормление. Но кроме Шемяки в Московском княжестве оставались еще другие удельные князья, от которых Василию надобно было избавиться; он начал, как и следовало ожидать, с Ивана можайского: в 1454 году великий князь пошел к Можайску на князя Ивана Андреевича за его неисправление, говорит летописец. Князь Иван не сопротивлялся; он выбрался из города с женою, детьми, со всеми своими и побежал в Литву; Можайск был присоединен к Москве. Какое было неисправление Ивана можайского, узнаем из письма митрополита Ионы к смоленскому епископу. "Вы знаете, - пишет митрополит, - что и прежде этот князь Иван Андреевич сделал с нашим сыном, а своим братом старшим, но не скажу: с братом, с своим господарем, великим князем". Здесь глава русского духовенства ясно говорит, что родовых отношений между князьями более не существует, что князья удельные не суть братья великому, но подданные! Вина Ивана можайского, по словам Ионы, состояла в том, что во время двукратного нашествия татар митрополит посылал к нему с просьбою о помощи великому князю; но Иван но явился. Цель письма - чрез посредство смоленского владыки внушить литовскому правительству, чтоб оно, приняв беглеца, удовольствовалось этим и не позволяло ему враждовать против Москвы, ибо это необходимо должно вызвать неприязненное движение и со стороны Василия Васильевича.